DivWorkbenchWorkshop_38
Your trail: 

→ UPCOMING WORKSHOPS

38. Diversity Workbench Workshop am IT-Zentrum der SNSB#

Thema: Allgemeine Einführung in die Diversity Workbench Datenbank-Suite (=DWB); Schwerpunkt: Datenmanagement und Interoperabilität.

An der Organisation und Durchführung des Workshops beteiligtes Team

Der Workshop wird in Kooperation mit der German Federation for Biological Data (GFBio) veranstaltet.

Organisatorisches und Technisches#

  • Die Teilnehmerzahl ist begrenzt. Melden Sie sich bitte an. ​
  • Anreise
    • vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 17 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das Tram- und Metrobusnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
    • vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 30 min): Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Auf Grund von Bauarbeiten muss derzeit am Romanplatz in den Ersatzbus 17 umgestiegen werden. Details zeigt das Tram- und Metrobusnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
  • Zeit: 18.10.2019, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.00 Uhr
  • Mittagspause: ca. 12.30 Uhr bis 13.15 Uhr
  • Kaffeepause: ca. 15.15 Uhr bis 15.30 Uhr
  • (um einen Unkostenbeitrag von € 15 wird gebeten)
 
  • Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows 7; .Net Framework 4.8 bitte vorab installieren! Mit dem aktuellsten Windows Update sollte .NET 4.8 bereits mitinstalliert sein.)

Teilnehmer die den Punkt

  • 13.15 Uhr DiversityCollection: vereinfachtes Datenmanagement und Daten-Pipelines
    • DC-Datenfluss über BioCASe-Provider-Software bis zu Anbindung von Datenbeständen an GBIF und GFBio

mitmachen wollen, sollten Postgres auf ihren Rechnern installieren: https://www.postgresql.org/download/windows/  

Arbeitsprogramm und Teilnehmer#

Thema ist das Management von Daten im Bereich Sammlungsverwaltung, Biodiversitätsforschung, Monitoringprojekten und Georeferenzierung. Dabei werden Fragen der Interoperabiliät und des Datenaustauschs behandelt, besonders mit Bezug zur German Federation for Biological Data (GFBio). Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. Neben dem Arbeiten am Laptop wird auch die Dateneingabe über ein Smartphone mit der "DiversityMobile"-App demonstriert.

  • 10.00 Uhr Diversity Workbench – Einführung(info) (D. Triebel)
  • 10.30 Uhr Einführung in und Arbeiten mit "DiversityCollection" (=DC), siehe auch DC manual unter DWB user manuals (M. Weiss)
  • 12.15 Uhr Kurze Vorstellung der Möglichkeiten mobiler Datenerfassung mit der DWB, mit Schwerpunkt auf "DiversityMobile" (T. Weibulat)
  • 12.30 Uhr Mittagspause
  • 13.15 Uhr DiversityCollection: vereinfachtes Datenmanagement und Daten-Pipelines (M. Weiss)
    • Arbeiten mit DC-Spreadsheet Video-Manual
    • Demo von Export-Möglichkeiten Video-Manual
    • DC-Datenfluss über BioCASe-Provider-Software bis zu Anbindung von Datenbeständen an GBIF und GFBio Video-Manual
  • 14.30 Uhr Arbeiten mit "DiversityDescriptions" am Beispiel morphologisch-anatomischer Beschreibungen von Organismen, Demo von "DiversityReferences" (A. Link)
  • 15.15 Uhr Kaffeepause
  • 15.30 Uhr Arbeiten mit dem "DiversityGISeditor" zur Erzeugung von Geo-Daten (W. Reichert)
  • 16.00 Uhr Demo "DiversitySamplingPlots" und "DiversityGazetteers" zum Management und zur Verwendung von Geo-Daten (W. Reichert)
  • 16.20 Uhr Demo von "DiversityAgents", "DiversityProjects", "DiversityScientificTerms" und "DiversityTaxonNames" mit Bezug zu GFBio (D. Triebel, T. Weibulat, M. Weiss)
  • 17.00 Uhr Ende

 

Teilnehmer Institut Fachgebiet
Marc Appelhans Universität Göttingen Botanik
Maria Aschauer UMG - Umweltbüro Grabher, Bregenz Umwelt
Esther Dielissen München Biologie
Karl Fickenscher Deutsche Kakteen-Gesellschaft e. V. Botanik
Claudia Gruber Institut für Vorderasiatische Archäologie, Ludwig-Maximilians-Universität München Archäologie
Ariane Grunz IT-Zentrum der Staatlichen Naturwissenschaftlichen Sammlungen Bayerns Informatik
Eva-Maria Haiduk Botanische Staatssammlung München and SNSB IT Center Lichenologie, Informatik
Angela Jandl Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart Informatik
Renate Matzke-Karasz Department of Earth and Environmental Sciences, Ludwig-Maximilians-Universität München (Kempf Database Ostracoda) Zoologie (Ostracoda)
Carla Novoa Institut für Geobotanik, Leibniz Universität Hannover Geobotanik
Nadja Pöllath Staatssammlung für Anthropologie und Paläoanatomie, München Paläoanatomie
Cornelia Straubinger Nationalpark Bayerischer Wald Botanik
Christine Tschisner inatura - Erlebnis Naturschau GmbH, Dornbirn Datenmanagement
Wiebke Walbaum Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart Informatik

 

Weitere Information#

Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken (nach dem Workshop)#

  • IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
  • Port: 5432
  • SQL-Server authentification
    • User: WORKSHOP
    • Password: available on request

Diversity Workbench Entwickler Plattform#

Diversity Workbench – empfohlen von der DFG und GFBio#

DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE

GFBio recommended research data management mit DWB in 10 questions

GFBio guided research data submission mit DWB

Dienste des SNSB IT Center in seiner Rolle als GFBio Datenzentrum, GBIF Data Publisher und CETAF Data Provider#

Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile#

  • DiversityMobile – Smartphone App (WindowsPhone) als Teil einer Forschungsumgebung (IBF)

GBOL Data Transfer Applications#

 

Literatur zum Workshop#

ICEDIG Dokumente

Dallmeier-Tiessen, S., Khodiyar, V., Murphy, F., Nurnberger, A., Raymond, L. & Whyte, A. 2017. Connecting Data Publication to the Research Workflow: A Preliminary Analysis, International Journal of Digital Curation (IJDC), Vol 12, No 1, 2017, doi.org/10.2218/ijdc.v12i1.533

David, J., Garrity, G.M., Greuter, W., Hawksworth, D. L., Jahn, R., Kirk, P. M., McNeill, J., Michel, E., Knapp, S., Patterson, D. J., Tindall, B. J., Todd, J. A., van Tol, J. & Turland, N. J. 2012. Biological nomenclature terms for facilitating communication in the naming of organisms. – ZooKeys 192: 67-72. https://zookeys.pensoft.net/article/2774/; doi: 10.3897/zookeys.192.3347; – https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3349063/

Diepenbroek, M., Glöckner, F., Grobe, P., Güntsch, A., Huber, R., König-Ries, B., Kostadinov, I., Nieschulze, J., Seeger, B.; Tolksdorf, R., & Triebel, D. 2014. Towards an Integrated Biodiversity and Ecological Research Data Management and Archiving Platform: The German Federation for the Curation of Biological Data (GFBio). – In: Plödereder, E., Grunske, L., Schneider, E. & Ull, D. (eds): Informatik 2014 – Big Data Komplexität meistern. GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) – Proceedings 232: 1711-1724. Köllen Verlag, Bonn.

Gehring, P. 2018. Viele Fronten. Forschungsdatenmanagement als Ermöglichungspolitik. Forschung & Lehre 9/2018: 754-756. – https://www.forschung-und-lehre.de/viele-fronten-985/

GBIF News 2018. Adding-sequence-based-identifiers-to-backbone-taxonomy-reveals-dark-taxa-fungi. – https://www.gbif.org/news/2LrgV5t3ZuGeU2WIymSEuk/adding-sequence-based-identifiers-to-backbone-taxonomy-reveals-dark-taxa-fungi

Gramelsberger, G. & Müller, M. 2018. Datengetriebene Forschung. Ein Beitrag aus wissenschaftlicher Perspektive. Forschung & Lehre 9/2018: 758-760. – https://www.wissenschaftsmanagement-online.de/beitrag/datengetriebene-forschung-ein-beitrag-aus-wissenschaftsreflexiver-perspektive-9347

Hodson, J. et al. 2018. FAIR Data Action Plan. Interim recommendations and actions from the European Commission Expert Group on FAIR data. – https://doi.org/10.5281/zenodo.1285290

Hodson, J. et al. 2018. Turning FAIR data into reality. Interim report of the European Commission Expert Group on FAIR data. – https://doi.org/10.5281/zenodo.1285272

Mons, B., Neylon, C., Velterop, J., Dumontier, M., Bonino da Silva Santos, L. O. & Wilkinson, M. D. 2017. Cloudy, increasingly FAIR; revisiting the FAIR Data guiding principles for the European Open Science Cloud. Information Services & Use 37(1): 49-56. DOI: 10.3233/ISU-170824, (download)

Rambold, G., Yilmaz, P., Harjes, J., Link, A., Glöckner, F.O. & Triebel, D. 2018. MOD-CO schema – a conceptual schema for processing sample data in meta’omics research (version 1.0). http://mod-co.net/wiki/MOD-CO_Schema_Reference.

Rambold, G., Yilmaz, P., Harjes, J., Klaster, S., Sanz, V., Link, A., Glöckner, F. O., Triebel, D. 2019. Meta-omics data and collection objects (MOD-CO): A conceptual schema and data model for processing sample data in meta-omics research. – Database, 2019 (Article ID baz002), 1–13. (https://doi.org/10.1093/database/baz002 doi.org/10.1093/database/baz002). see https://academic.oup.com/database/article/doi/10.1093/database/baz002/5303972

Roche, D. G., Kruuk, L. E. B., Lanfear, R., & Binning, S. A. 2015. Public Data Archiving in Ecology and Evolution: How Well Are We Doing? – PLoS Biol 13(11): e1002295.

Sansone, S.-A., McQuilton, P., Rocca-Serra, P., Gonzalez-Beltran, A., Izzo, M., Lister, A. & Thurston, M. 2018. FAIRsharing: working with and for the community to describe and link data standards, repositories and policies. BioRxiv. doi.org/10.1101/245183> (preprint, not been peer-reviewed)

Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – doi:10.3897/mycokeys.5.4302 download

Triebel, D., Reichert, W., Bosert, S., Feulner, M., Osieko Okach, D., Slimani, A. & Rambold, G. 2018. A generic workflow for effective sampling of environmental vouchers with UUID assignment and image processing. – Database, 2018 (Article ID bax096), 1–10; see doi/10.1093/database/bax096/4797113

White, E. P., Baldridge, E., Brym, Z. T., Locey, K. J., McGlinn, D. J., Supp, S. R. 2013. Nine simple ways to make it easier to (re)use your data. – Ideas Ecol. Evol. 6(2): 1-10. doi:10.4033/iee.2013.6b.6.f. download.

Wilkinson, M. D. et al. 2016. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. – Sci. Data 3:160018 doi: 10.1038/sdata.2016.18. – (https://www.nature.com/articles/sdata201618). download

 

 

This page (revision-1) was last changed on 18-Oct-2019 18:32 by UnknownAuthor Top

snsb it center
JSPWiki v2.10.3