Dreißigster Diversity Workbench Workshop am IT-Zentrum der SNSB
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Thema: Allgemeine Einführung in die DWB, besonderer Schwerpunkt: Datenmanagement in Barcoding-Projekten. (Zur Einführung in DiversityDescriptions wird ein eigener Workshop vorbereitet).
An der Organisation und Durchführung des Workshops beteiligtes Team: D. Triebel, K. Bensch
, A. Link
, W. Reichert
, T. Weibulat
, M. Weiss
Organisatorisches #
- Ansprechpartner (Anreise etc.): I. Sebek
, T. Weibulat
. Bitte nicht mehr anmelden, wir können leider keine Teilnehmer mehr aufnehmen.
- Ort: Botanische Staatssammlung München
, Menzinger Str. 67, 1. Stock, Zi 138
- Anreise
- vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes
. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 17 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das Innenraumnetz München
und die MVV Fahrplanauskunft
.
- vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 20 min): Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Details zeigt das Innenraumnetz München
und die MVV Fahrplanauskunft
.
- vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes
- Zeit: 27.10.2016, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.00 Uhr
- Mittagspause: ca. 12.30 Uhr bis 13.15 Uhr
- Kaffeepause: ca. 15.00 Uhr bis 15.15 Uhr
- Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert)
Arbeitsprogramm#
Thema ist das Management von Daten im Bereich Sammlungsverwaltung, Biodiversitätsforschung und Georeferenzierung. Die verschiedenen Typen von Interaktionen der in diesem Kontext zentralen Komponente DiversityCollection (=DC) mit anderen Komponenten der Diversity Workbench (=DWB) werden vorgeführt. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. Neben dem Arbeiten am Laptop wird auch die Dateneingabe über ein Smartphone mit der "DiversityMobile"-App demonstriert.
- 10.00 Uhr Diversity Workbench – Einführung
(D. Triebel)
- 10.30 Uhr Einführung in und Arbeiten mit "DiversityCollection", siehe auch DC manual under DWB user manuals
(M. Weiss)
- 12.00 Uhr Kurze Vorstellung der Möglichkeiten mobiler Datenerfassung mit der DWB
, mit Schwerpunkt auf "DiversityMobile" (T. Weibulat)
- 12.30 Uhr Mittagspause
- 13.15 Uhr Daten-Pipelines: DiversityCollection (M. Weiss)
- Arbeiten mit DC-Import-Wizard und Demo des DC-Export-Wizards
- Demo Datenfluss Geneious, Lims2Fims Data Transfer Application --> DC
- Generierung von PostgreSQL bzw. SQL Lite Datenbanken aus DC-Installationen
- Datenfluss DC --> BioCASe-Provider-Software
- 14.30 Uhr Vorstellung von "DiversityGISeditor" zur Erzeugung von Geo-Daten (W. Reichert)
- 15.15 Uhr Kaffeepause
- 15.30 Uhr Vorstellung von "DiversitySamplingPlots" und "DiversityGazetteers" zum Management und zur Verwendung von Geo-Daten (W. Reichert)
- 16.00 Uhr Kurze Vorstellung "DiversityTaxonNames" mit TaxonReferenzlisten und Vortrag Organisation regionaler Taxonlisten für Forschungsprojekte: Beispiele aus der DGfM und dem GBOL-Projekt
(K. Bensch)
- 16.20 Uhr Kurze Vorstellung weiterer DWB-Module, z.B. "DiversityProjects", DiversityReferences" und "DiversityScientificTerms" (M. Weiss)
- 17.00 Uhr Ende
Teilnehmer | Institut | Fachgebiet |
---|---|---|
Thomas Burri | Naturhistorisches Museum der Burgergemeinde Bern | Erdwissenschaften |
Ulrike Damm | Senckenberg Museum für Naturkunde Görlitz | Mykologie |
Ursula Eberhardt | Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart | Mykologie |
Andreas Gröger | Botanischer Garten München-Nymphenburg | Botanik |
Janno Harjes | Universität Bayreuth | Mykologie |
Gisa Heinemann | Georg-August-Universität Göttingen | Zoologie |
Simone Heitkämper | Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung Braunschweig | Mykologie |
Stefan Hertwig | Naturhistorisches Museum der Burgergemeinde Bern | Zoologie (Wirbeltiere) |
Martin Kemler | Universität Bochum | Mykologie |
Cornelia Krause | Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart | Mykologie |
Sigrid Liede-Schumann | Universität Bayreuth | Botanik |
Eike Neubert | Naturhistorisches Museum der Burgergemeinde Bern | Zoologie (Wirbellose) |
Martin Nickol | Botanischer Garten der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel | Botanik |
Flavius Popa | Nationalpark Schwarzwald | Mykologie und Bodenökologie |
Michaela Schwager | Senckenberg Museum für Naturkunde Görlitz | Mykologie |
Janine Schyra | Senckenberg Naturhistorische Sammlungen Dresden | Zoologie |
Chris Sherry | Naturhistorisches Museum der Burgergemeinde Bern | Informatik |
Cäcilia Spitzweg | Senckenberg Naturhistorische Sammlungen Dresden | Zoologie |
Andreas Weck-Heimann | Senckenberg Naturhistorische Sammlungen Dresden | Zoologie |
Carsten Wortmann | Georg-August-Universität Göttingen | Zoologie |
Diversity Workbench Entwickler Plattform#
- Diversity Workbench Information Models
- Diversity Workbench Software
- DiversityMobile App on Windows Phone Store
- Empfehlungen für Software-Entwickler
- DWB User Manuals
Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken#
- IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
- Port: 5432
- SQL-Server authentification
- User: WORKSHOP
- Password: available on request
GBOL Data Transfer Applications#
Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile#
- Flora von Bayern – Datenfluss
(Version 2015; Seite im Aufbau)
- DiversityMobile
– Smartphone App (WindowsPhone) als Teil einer Forschungsumgebung (IBF
)
Daten in DiversityCollection online#
- via GBIF Portal, z. B. GBIF Data Publisher SNSB
- via BFL-Datenportal (BIB)
, BiNHum (prototype)
, BioCASE Europe
, EDIT Portal
, GBOL Datenportal
, GFBio
, INCT/HV
, JSTOR-GPI
, VH/de
- 44 BioCase-Wrapper Dienste
am SNSB IT-Zentrum (4 under development)
- 10 Webschnittstellen at the SNSB
mit Zugriff auf Daten via DiversityCollectionCache
- other interfaces, e.g., via GBOL
Daten in DiversityTaxonNames online#
- via REST Webservice zu Regionalisierten und Domän-spezifischen Taxonlisten
- Quellen und Beschreibung unter DTN Taxon Lists Services
- Quellen und Beschreibung unter DTN Taxon Lists Services
- via GBIF Checklist Publikationen (DwC) über den GBIF Data Publisher SNSB
- via Webschnittstellen und SOAP/REST Webdienste mit Zugriff auf DTN Datenbanken:
- via Catalogue of Life/ Annual/Dynamic Checklist Portal
: Source database "GSD" LIAS
Daten in DiversityExsiccatae online#
- via IndExs
Diversity Workbench – DFG and GFBio recommended#
DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE
GFBio recommended research data management and GFBio guided research data submission
with Diversity Workbench
Services of the SNSB IT Center in its role as GFBio data center#
- Archiving and publication of bio- and geodiversity research data, see Profile and Portfolio of Data Center SNSB
Literatur zum Workshop#
Chapman, A. D. 2005. Principles and Methods of Data Cleaning – Primary Species and Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 72 pp. download
Chapman, A. D. 2005. Principles of Data Quality. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 58 pp. download
Chapman, A. D. 2005. Uses of Primary Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 106 pp. download
Chapman, A. D. & Grafton, O. 2008. Guide to Best Practices for Generalising Sensitive Species Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 21 pp. download
Chapman, A. D. & Wieczorek, J. 2006 (eds.). Biogeomancer, Guide to Best Practices in Georeferencing. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 80 pp. download
Frazier, C. K., Wall, J. & Grant, S. 2008. Initiating a Natural History Collection
Digitisation Project, version 1.0. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. –
75 pp. download
Gray, J., Liu, D. T., Nieto-Santisteban, M., Szalay, A. S., DeWitt, D. & Heber, G. 2005. Scientific Data Management in the Coming Decade. – Technical Report MSR-TR-2005-10. – 8 pp. download
Hagedorn, G. 2008/2007. Structuring descriptive data of organisms – Requirement analysis and information models. – Dissertation, Universität Bayreuth. – 1–417. download
Jablonski, S., Kehl, A., Neubacher, D., Poschlod, P., Rambold, G., Schneider, T., Triebel, D., Volz, B. & Weiss, M. 2009. DiversityMobile – Mobile data retrieval platform for biodiversity research projects. – In Fischer, S., Maehle, E. & Reischuk, R. (eds.), Informatik 2009 – Im Focus das Leben. Beiträge der 39. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e. V. (GI). GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) - Proceedings 154: 27, 610–624. download
Rambold, G., Elix, J. A., Heindl-Tenhunen, B., Köhler, T., Nash III, T. H., Neubacher, D., Reichert, W., Zedda, L. & Triebel, D. 2014. LIAS light – Towards the ten thousand species milestone. – MycoKeys 8 : 11–16. doi: 10.3897/mycokeys.8.6605 download
.
Tegelberg, R., Mononen, T. & Saarenmaa, H. 2014. High-performance digitization of natural history collections: Automated imaging lines for herbarium and insect specimens. – Taxon 63(6): 1307–1313. – http://dx.doi.org/10.12705/636.13
Tewksbury, J. et al. 2014. Natural History’s Place in Science and Society. - BioScience, biu032. download
Triebel, D. 2009. Pilzherbarien – Neue Aufgaben im Bereich Biodiversitätsinformatik und Datenmanagement. – In Anonymous (ed.), Rundgespräche der Kommission für Ökologie, herausgegeben von der Bayerischen Akademie der Wissenschaften, Band 37: Ökologische Rolle von Pilzen. – 131–145. München. download
Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – doi:10.3897/mycokeys.5.4302 download
Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56.
Triebel, D., Weibulat, T. & Bensch, K. 2014. Sammlungsschätze online – Schritte zur Virtuellen Naturhistorischen Sammlung. – Natur im Museum. – Mitteilungen der Fachgruppe Naturwissenschaftliche Museen im Deutschen Museumsbund 4: 31–35. download.
Walls, R. L. et al. 2014. Semantics in Support of Biodiversity Knowledge Discovery: An Introduction to the Biological Collections Ontology and Related Ontologies – PLOS ONE 9(3): 1–13. download
Wieczorek, J., Guo, Q. & Hijmans, R. J. 2004. The point-radius method for georeferencing locality descriptions and calculating associated uncertainty. Int. J. Geographical Information Science 18(8): 747–767 download