→ UPCOMING WORKSHOPS

Dreißigster Diversity Workbench Workshop am IT-Zentrum der SNSB#

Thema: Allgemeine Einführung in die DWB, besonderer Schwerpunkt: Datenmanagement in Barcoding-Projekten. (Zur Einführung in DiversityDescriptions wird ein eigener Workshop vorbereitet).

An der Organisation und Durchführung des Workshops beteiligtes Team: D. Triebel, K. Bensch, A. Link, W. Reichert, T. Weibulat, M. Weiss

Organisatorisches #

• Ansprechpartner (Anreise etc.): I. Sebek, T. Weibulat. Bitte nicht mehr anmelden, wir können leider keine Teilnehmer mehr aufnehmen.

• Ort: Botanische Staatssammlung München, Menzinger Str. 67, 1. Stock, Zi 138

• Anreise
  • vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 17 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das Innenraumnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
  • vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 20 min): Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Details zeigt das Innenraumnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.

• Zeit: 27.10.2016, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.00 Uhr
• Mittagspause: ca. 12.30 Uhr bis 13.15 Uhr
• Kaffeepause: ca. 15.00 Uhr bis 15.15 Uhr

• Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert)

Arbeitsprogramm#

Thema ist das Management von Daten im Bereich Sammlungsverwaltung, Biodiversitätsforschung und Georeferenzierung. Die verschiedenen Typen von Interaktionen der in diesem Kontext zentralen Komponente DiversityCollection (=DC) mit anderen Komponenten der Diversity Workbench (=DWB) werden vorgeführt. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. Neben dem Arbeiten am Laptop wird auch die Dateneingabe über ein Smartphone mit der "DiversityMobile"-App demonstriert.

• 10.00 Uhr Diversity Workbench – Einführung (D. Triebel)
• 10.30 Uhr Einführung in und Arbeiten mit "DiversityCollection", siehe auch DC manual under DWB user manuals (M. Weiss)
• 12.00 Uhr Kurze Vorstellung der Möglichkeiten mobiler Datenerfassung mit der DWB, mit Schwerpunkt auf "DiversityMobile" (T. Weibulat)
• 12.30 Uhr Mittagspause
• 13.15 Uhr Daten-Pipelines: DiversityCollection (M. Weiss)
  • Arbeiten mit DC-Import-Wizard und Demo des DC-Export-Wizards
  • Demo Datenfluss Geneious, Lims2Fims Data Transfer Application --> DC
  • Generierung von PostgreSQL bzw. SQL Lite Datenbanken aus DC-Installationen
  • Datenfluss DC --> BioCASe-Provider-Software
• 14.30 Uhr Vorstellung von "DiversityGISeditor" zur Erzeugung von Geo-Daten (W. Reichert)
• 15.15 Uhr Kaffeepause
• 15.30 Uhr Vorstellung von "DiversitySamplingPlots" und "DiversityGazetteers" zum Management und zur Verwendung von Geo-Daten (W. Reichert)
• 16.00 Uhr Kurze Vorstellung "DiversityTaxonNames" mit TaxonReferenzlisten und Vortrag Organisation regionaler Taxonlisten für Forschungsprojekte: Beispiele aus der DGfM und dem GBOL-Projekt (K. Bensch)
• 16.20 Uhr Kurze Vorstellung weiterer DWB-Module, z.B. "DiversityProjects", DiversityReferences" und "DiversityScientificTerms" (M. Weiss)
• 17.00 Uhr Ende

Diversity Workbench Entwickler Plattform#

• Diversity Workbench Information Models
• Diversity Workbench Software
• DiversityMobile App on Windows Phone Store
• Empfehlungen für Software-Entwickler
• DWB User Manuals

Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken#

• IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
• Port: 5432
• SQL-Server authentification
  • User: WORKSHOP
  • Password: available on request

GBOL Data Transfer Applications#

• Lims2Fims and Lims2Fims documentation

• sync gbol data and sync gbol data documentation

Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile#

• DWB Netzwerk an den SNSB

• Flora von Bayern – Datenfluss (Version 2015; Seite im Aufbau)

• DiversityMobile – Smartphone App (WindowsPhone) als Teil einer Forschungsumgebung (IBF)

Daten in DiversityCollection online#

• via GBIF Portal, z. B. GBIF Data Publisher SNSB
• via BFL-Datenportal (BIB), BiNHum (prototype), BioCASE Europe, EDIT Portal, GBOL Datenportal, GFBio, INCT/HV, JSTOR-GPI, VH/de
• 44 BioCase-Wrapper Dienste am SNSB IT-Zentrum (4 under development)
• 10 Webschnittstellen at the SNSB mit Zugriff auf Daten via DiversityCollectionCache
• other interfaces, e.g., via GBOL

Daten in DiversityTaxonNames online#

• via REST Webservice zu Regionalisierten und Domän-spezifischen Taxonlisten
  • Quellen und Beschreibung unter DTN Taxon Lists Services

• via GBIF Checklist Publikationen (DwC) über den GBIF Data Publisher SNSB

• via Webschnittstellen und SOAP/REST Webdienste mit Zugriff auf DTN Datenbanken:
  • LIAS names
  • Melastomataceae.Net

• via Catalogue of Life/ Annual/Dynamic Checklist Portal: Source database "GSD" LIAS

Daten in DiversityExsiccatae online#

• via IndExs

Diversity Workbench – DFG and GFBio recommended#

DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE

GFBio recommended research data management and GFBio guided research data submission with Diversity Workbench

Services of the SNSB IT Center in its role as GFBio data center#

• Archiving and publication of bio- and geodiversity research data, see Profile and Portfolio of Data Center SNSB

Literatur zum Workshop#

Chapman, A. D. 2005. Principles and Methods of Data Cleaning – Primary Species and Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 72 pp. download

Chapman, A. D. 2005. Principles of Data Quality. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 58 pp. download

Chapman, A. D. 2005. Uses of Primary Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 106 pp. download

Chapman, A. D. & Grafton, O. 2008. Guide to Best Practices for Generalising Sensitive Species Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 21 pp. download

Chapman, A. D. & Wieczorek, J. 2006 (eds.). Biogeomancer, Guide to Best Practices in Georeferencing. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 80 pp. download

Frazier, C. K., Wall, J. & Grant, S. 2008. Initiating a Natural History Collection Digitisation Project, version 1.0. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 75 pp. download

Gray, J., Liu, D. T., Nieto-Santisteban, M., Szalay, A. S., DeWitt, D. & Heber, G. 2005. Scientific Data Management in the Coming Decade. – Technical Report MSR-TR-2005-10. – 8 pp. download

Hagedorn, G. 2008/2007. Structuring descriptive data of organisms – Requirement analysis and information models. – Dissertation, Universität Bayreuth. – 1–417. download

Jablonski, S., Kehl, A., Neubacher, D., Poschlod, P., Rambold, G., Schneider, T., Triebel, D., Volz, B. & Weiss, M. 2009. DiversityMobile – Mobile data retrieval platform for biodiversity research projects. – In Fischer, S., Maehle, E. & Reischuk, R. (eds.), Informatik 2009 – Im Focus das Leben. Beiträge der 39. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e. V. (GI). GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) - Proceedings 154: 27, 610–624. download

Rambold, G., Elix, J. A., Heindl-Tenhunen, B., Köhler, T., Nash III, T. H., Neubacher, D., Reichert, W., Zedda, L. & Triebel, D. 2014. LIAS light – Towards the ten thousand species milestone. – MycoKeys 8 : 11–16. doi: 10.3897/mycokeys.8.6605 download.

Tegelberg, R., Mononen, T. & Saarenmaa, H. 2014. High-performance digitization of natural history collections: Automated imaging lines for herbarium and insect specimens. – Taxon 63(6): 1307–1313. – http://dx.doi.org/10.12705/636.13

Tewksbury, J. et al. 2014. Natural History’s Place in Science and Society. - BioScience, biu032. download

Triebel, D. 2009. Pilzherbarien – Neue Aufgaben im Bereich Biodiversitätsinformatik und Datenmanagement. – In Anonymous (ed.), Rundgespräche der Kommission für Ökologie, herausgegeben von der Bayerischen Akademie der Wissenschaften, Band 37: Ökologische Rolle von Pilzen. – 131–145. München. download

Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – doi:10.3897/mycokeys.5.4302 download

Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56.

Triebel, D., Weibulat, T. & Bensch, K. 2014. Sammlungsschätze online – Schritte zur Virtuellen Naturhistorischen Sammlung. – Natur im Museum. – Mitteilungen der Fachgruppe Naturwissenschaftliche Museen im Deutschen Museumsbund 4: 31–35. download.

Walls, R. L. et al. 2014. Semantics in Support of Biodiversity Knowledge Discovery: An Introduction to the Biological Collections Ontology and Related Ontologies – PLOS ONE 9(3): 1–13. download

Wieczorek, J., Guo, Q. & Hijmans, R. J. 2004. The point-radius method for georeferencing locality descriptions and calculating associated uncertainty. Int. J. Geographical Information Science 18(8): 747–767 download

Papers "Towards a global strategy and action plant for discovery and publishing of natural history collections data" – 2010#

Papers on a GBIF-supported "Data publishing framework for primary biodiversity data" – 2011#

Papers on "Mass digitization of natural history collections" – 2012#