Zweiundzwanzigster Diversity Workbench Workshop am IT-Zentrum der SNSB
für den LOEWE Schwerpunkt Integrative Pilzforschung#
Thema: Management von biologischen Forschungsdaten im Rahmen des Schwerpunktprojektes "Integrative Pilzforschung"
Team am SNSB IT-Zentrum: D. Triebel, M. Weiss, D. Neubacher, W. Reichert, T. Weibulat, M. Knick, A. Link, V. Sanz, W. Ahlmer
Organisatorisches #
- Ansprechpartner (Anmeldung, Anreise etc.): I. Sebek, T. Weibulat
- Ort: Botanische Staatssammlung München, Menzinger Str. 67, 1. Stock, Zi 138
- Anreise
- vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 17 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das Innenraumnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
- vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 20 min): Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Details zeigt das Innenraumnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
- vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes
- Zeit: 20.03.2014, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.30 Uhr
- Mittagspause: ca. 12.30 Uhr bis 13.30 Uhr
- Kaffeepause: ca. 14.45 Uhr bis 15.00 Uhr
- Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert)
Arbeitsprogramm#
Thema ist das Management von verschiedenen Typen von primären Biodiversitätsforschungsdaten und Vokabularien/ Taxonomien in DWB-Applikationen. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. Neben dem Arbeiten am Laptop/ PC wird auch die Dateneingabe über die Smartphone App "DiversityMobile" demonstriert.
- 10.00 Uhr Diversity Workbench – Systemdesign, Datenflüsse und Datenbank-Infrastruktur für drittmittelgeförderte Forschungsprojekte
(D. Triebel)
- 10.30 Uhr Kurze Vorführung der Diversity Workbench mit ihren 13 Datenbank-Komponenten; Einführung in "DiversityCollection" anhand des DC-Manuals (pdf) (M. Weiss)
- 11.15 Uhr DiversityDescriptions: DD 3.0 mit Software-Demonstration (D. Triebel, A. Link)
- 12.00 Uhr Kurze Vorstellung der Möglichkeiten mobiler Datenerfassung mit der DWB, mit Schwerpunkt auf "DiversityMobile"(T. Weibulat)
- 12.30 Uhr Mittagspause mit anschließender Kurzdemo im Botanischen Garten: "DiversityMobile" auf Smartphone und "DiversityCollection" auf Tablet PC (V. Sanz, T. Weibulat)
- 13.30 Uhr Arbeiten mit "DiversityCollection" (M. Weiss)
- 14.45 Uhr Kaffeepause
- 15.00 Uhr Datenaustausch: Arbeiten mit dem DC-Import-Wizard und einer DWB-Exportschnittstelle (M. Weiss)
- 15.45 Uhr Vorstellung von "DiversityGISeditor", "DiversitySamplingPlots" und "DiversityGazetteers" (W. Reichert)
- 16.30 Uhr Einführung in und Arbeiten mit weiteren DWB-Modulen, z.B. "DiversityProjects", "DiversityTaxonNames" (anhand des DTN-Manuals (pdf); Erstellung und Pflege von Taxonreferenzlisten), "DiversityReferences" und "DiversityScientificTerms" (M. Weiss)
- 17.30 Uhr Ende
| Teilnehmer | Institut | Fachgebiet |
|---|---|---|
| Renata Pavlovic | Goethe-Universität Frankfurt | Mykologie |
| Annette Schriever | Philipps-Universität Marburg | Mykologie |
| Janett Riebesehl | Universität Kassel | Mykologie |
| Viola Bumler | Senckenberg Forschungsinstitut und Naturmuseum Frankfurt | Mykologie |
| Stefanie Rudolph | Goethe-Universität Frankfurt | Mykologie |
| Manuel Striegel | Universität Kassel | Mykologie |
| Florian Hennicke | Goethe-Universität Frankfurt | Mykologie |
| Hermine Lotz-Winter | Goethe-Universität Frankfurt | Mykologie |
| Maike Fibian | Senckenberg Forschungsinstitut und Naturmuseum Frankfurt | Mykologie |
| Ewald Langer | Universität Kassel | Mykologie |
| Alexander Ordynets | Universität Kassel | Mykologie |
Diversity Workbench Entwickler Plattform#
- Diversity Workbench Information Models
- Diversity Workbench Software
- DiversityMobile App on Windows Phone Store
Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken#
- IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
- Port: 5432
- SQL-Server authentification
- User: WORKSHOP
- Password: available on request
Virtuelle Forschungsumgebung und Diversity Mobile#
- DiversityMobile on Smartphones with WindowsPhone
Daten in DiversityCollection online#
- via GBIF Portal SNSB GBIF Data Publisher and GBIF Portal New SNSB GBIF Data Publisher
- 37 BioCase-Wrapper Dienste am SNSB IT-Zentrum
- 10 Webschnittstellen mit Zugriff auf Daten via DiversityCollectionCache
Daten in DiversityTaxonNames online#
- via Catalogue of Life/ Annual/Dynamic Checklist Portal: Source databases "GSDs" LIAS und MELnet
- via Webschnittstellen und SOAP/REST Webdienste mit Zugriff auf DTN Datenbanken:
Diversity Workbench – DFG recommended#
DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE
Literatur zum Workshop#
Chapman, A. D. 2005. Principles and Methods of Data Cleaning – Primary Species and Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 72 pp. download
Chapman, A. D. 2005. Principles of Data Quality. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 58 pp. download
Chapman, A. D. 2005. Uses of Primary Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 106 pp. download
Chapman, A. D. & Grafton, O. 2008. Guide to Best Practices for Generalising Sensitive Species Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 21 pp. download
Chapman, A. D. & Wieczorek, J. 2006 (eds.). Biogeomancer, Guide to Best Practices in Georeferencing. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 80 pp. download
Frazier, C. K., Wall, J. & Grant, S. 2008. Initiating a Natural History Collection
Digitisation Project, version 1.0. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. –
75 pp. download
Gray, J., Liu, D. T., Nieto-Santisteban, M., Szalay, A. S., DeWitt, D. & Heber, G. 2005. Scientific Data Management in the Coming Decade. – Technical Report MSR-TR-2005-10. – 8 pp. download
Hagedorn, G. 2008/2007. Structuring descriptive data of organisms – Requirement analysis and information models. – Dissertation, Universität Bayreuth. – 1–417. download
Jablonski, S., Kehl, A., Neubacher, D., Poschlod, P., Rambold, G., Schneider, T., Triebel, D., Volz, B. & Weiss, M. 2009. DiversityMobile – Mobile data retrieval platform for biodiversity research projects. – In Fischer, S., Maehle, E. & Reischuk, R. (eds.), Informatik 2009 – Im Focus das Leben. Beiträge der 39. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e. V. (GI). GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) - Proceedings 154: 27, 610–624. download
Rambold, G., Elix, J. A., Heindl-Tenhunen, B., Köhler, T., Nash III, T. H., Neubacher, D., Reichert, W., Zedda, L. & Triebel, D. 2014. LIAS light – Towards the ten thousand species milestone. – MycoKeys 8 : 11–16. doi: 10.3897/mycokeys.8.6605 pdf.
Triebel, D. 2009. Pilzherbarien – Neue Aufgaben im Bereich Biodiversitätsinformatik und Datenmanagement. – In Anonymous (ed.), Rundgespräche der Kommission für Ökologie, herausgegeben von der Bayerischen Akademie der Wissenschaften, Band 37: Ökologische Rolle von Pilzen. – 131–145. München. download
Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – doi:10.3897/mycokeys.5.4302 pdf
Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56.
Triebel, D., Weibulat, T. & Bensch, K. 2014. Sammlungsschätze online – Schritte zur Virtuellen Naturhistorischen Sammlung. – Natur im Museum. – Mitteilungen der Fachgruppe Naturwissenschaftliche Museen im Deutschen Museumsbund 4: 31–35. download.
Walls, R. L. et al. 2014. Semantics in Support of Biodiversity Knowledge Discovery: An Introduction to the Biological Collections Ontology and Related Ontologies – PLOS ONE 9(3): 1–13. download
Wieczorek, J., Guo, Q. & Hijmans, R. J. 2004. The point-radius method for georeferencing locality descriptions and calculating associated uncertainty. Int. J. Geographical Information Science 18(8): 747–767 download
