Einundzwanzigster Diversity Workbench Workshop am IT Zentrum der SNSB
in Kooperation mit DWB-Anwendern und GFBio#
Thema: Management von biologischen Forschungsdaten aus drittmittel-geförderten Projekten in Deutschland
Team am SNSB IT-Zentrum: D. Triebel, M. Weiss, D. Neubacher, W. Reichert, T. Weibulat, M. Knick, A. Link, V. Sanz, W. Ahlmer
Organisatorisches #
- Ansprechpartner (Anmeldung, Anreise etc.): I. Sebek, T. Weibulat
- Ort: Botanische Staatssammlung München, Menzinger Str. 67, 1. Stock, Zi 138
- Anreise
- vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 17 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das Innenraumnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
- vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 20 min): Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Details zeigt das Innenraumnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
- vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes
- Zeit: 18.03.2014, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.30 Uhr
- Mittagspause: ca. 12.30 Uhr bis 13.30 Uhr
- Kaffeepause: ca. 14.45 Uhr bis 15.00 Uhr
- Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert)
Arbeitsprogramm#
Thema ist das Management von verschiedenen Typen von primären Biodiversitätsforschungsdaten und Vokabularien/ Taxonomien in DWB-Applikationen. Der Einsatz in drittmittel-geförderten Forschungsprojekten in Deutschland wird vorgestellt. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. Neben dem Arbeiten am Laptop/ PC wird auch die Dateneingabe über die Smartphone App "DiversityMobile" demonstriert. Eine Einführung in das System BExIS soll Bereiche zur direkten technischen Kooperation zwischen beiden Arbeitsplattformen identifizieren.
- 10.00 Uhr Diversity Workbench – Systemdesign, Datenflüsse und Datenbank-Infrastruktur für DFG und BMBF geförderte Forschungsprojekte
(D. Triebel)
- 10.15 Uhr Einführung in die Diversity Workbench mit 13 Datenbank-Komponenten; Datenbank-Administration; Arbeiten mit DWB-Trainingsdatenbanken (M. Weiss)
- 11.15 Uhr DiversityDescriptions: DD 3.0 mit Software-Demonstration (D. Triebel, A. Link)
- 11.45 Uhr DWB in drittmittel-geförderten ökologischen Forschungsprojekten am SMNK (H. Höfer und F. Raub)
- 12.00 Uhr DWB im BMBF-Verbundprojekt GBOL (P. Grobe)
- 12.15 Uhr Kurze Vorstellung der Möglichkeiten mobiler Datenerfassung mit der DWB, mit Schwerpunkt auf "DiversityMobile"(T. Weibulat)
- 12.30 Uhr Mittagspause mit anschließender Kurzdemo im Botanischen Garten: "DiversityMobile" auf Smartphone und "DiversityCollection" auf Tablet PC (V. Sanz, T. Weibulat)
- 13.30 Uhr Einführung in "DiversityCollection" anhand des DC-Manuals; Arbeiten mit DWB-Trainingsdatenbanken (M. Weiss)
- 14.45 Uhr Kaffeepause
- 15.00 Uhr Vorstellung von "DiversityGISeditor", "DiversitySamplingPlots" und "DiversityGazetteer" (W. Reichert)
- 15.45 Uhr Einführung in den DC-Import-Wizard und "DiversityTaxonNames" anhand des DTN-Manuals; Erstellung und Pflege von Taxonreferenzlisten; Arbeiten mit DWB-Trainingsdatenbanken (M. Weiss)
- 16.45 Uhr BExIS++ Forschungsdatenmanagement (R. Gerlach)
- 17.00 Uhr Demo BExIS++
- 17.30 Uhr Ende
| Teilnehmer | Institut | Fachgebiet |
|---|---|---|
| Roman Gerlach* | Friedrich-Schiller-Universität Jena | Informatik |
| Peter Grobe* | Zoologisches Forschungsmuseum Alexander Koenig | Biodiversitätsinformatik |
| Hubert Höfer* | Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe | Zoologie |
| Florian Raub* | Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe | Zoologie |
| Juan Carlos Monje | Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart | Entomologie |
| Maren Gleisberg | Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin-Dahlem | Landschaftsökologie, Umwelt- und Wissenschaftskommunikation |
| Juliane Steckel | Tropenzentrum – CBL–SeTSAF, Georg-August-Universität Göttingen | Ökologie |
| Janine Felden | PANGAEA/MARUM, Universität Bremen | Biologie, Datenmanagement |
| Ivaylo Kostadinov | Jacobs University Bremen | Bioinformatik |
| Frank Oliver Glöckner | Max-Planck-Institute für Marine Mikrobiologie, Jacobs University Bremen | Mikrobielle Genomik und Bioinformatik |
| Finn Viehberg | Universität zu Köln | Paläobiogeographie |
| Renate Matzke-Karasz | Ludwig-Maximilians-Universität München | Paläontologie |
| Sabrina Klaster | Universität Bayreuth | Molekulare Ökologie |
| Astrid Slizewski | Georg-August-Universität Göttingen | Anthropologie |
| Sigfrid Ingrisch | Zoologisches Forschungsmuseum Alexander König Bonn | Zoologie |
| Torsten Bernauer | Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe | Mykologie |
| Birgitta König-Ries | Friedrich-Schiller-Universität Jena | Informatik |
Vortragende*
Diversity Workbench Entwickler Plattform#
- Diversity Workbench Information Models
- Diversity Workbench Software
- DiversityMobile App on Windows Phone Store
Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken#
- IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
- Port: 5432
- SQL-Server authentification
- User: WORKSHOP
- Password: available on request
Virtuelle Forschungsumgebung und Diversity Mobile#
- DiversityMobile on Smartphones with WindowsPhone
Daten in DiversityCollection online#
- via GBIF Portal SNSB GBIF Data Publisher and GBIF Portal New SNSB GBIF Data Publisher
- 37 BioCase-Wrapper Dienste am SNSB IT-Zentrum
- 10 Webschnittstellen mit Zugriff auf Daten via DiversityCollectionCache
Daten in DiversityTaxonNames online#
- via Catalogue of Life/ Annual/Dynamic Checklist Portal: Source databases "GSDs" LIAS und MELnet
- via Webschnittstellen und SOAP/REST Webdienste mit Zugriff auf DTN Datenbanken:
Diversity Workbench – DFG recommended#
DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE
Literatur zum Workshop#
Chapman, A. D. 2005. Principles and Methods of Data Cleaning – Primary Species and Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 72 pp. download
Chapman, A. D. 2005. Principles of Data Quality. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 58 pp. download
Chapman, A. D. 2005. Uses of Primary Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 106 pp. download
Chapman, A. D. & Grafton, O. 2008. Guide to Best Practices for Generalising Sensitive Species Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 21 pp. download
Chapman, A. D. & Wieczorek, J. 2006 (eds.). Biogeomancer, Guide to Best Practices in Georeferencing. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 80 pp. download
Frazier, C. K., Wall, J. & Grant, S. 2008. Initiating a Natural History Collection
Digitisation Project, version 1.0. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. –
75 pp. download
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Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – doi:10.3897/mycokeys.5.4302 pdf
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