Einundzwanzigster Diversity Workbench Workshop am IT Zentrum der SNSB
in Kooperation mit DWB-Anwendern und GFBio#
Thema: Management von biologischen Forschungsdaten aus drittmittel-geförderten Projekten in Deutschland
Team am SNSB IT-Zentrum: D. Triebel, M. Weiss
, D. Neubacher
, W. Reichert
, T. Weibulat
, M. Knick
, A. Link
, V. Sanz
, W. Ahlmer
Organisatorisches #
- Ansprechpartner (Anmeldung, Anreise etc.): I. Sebek
, T. Weibulat
- Ort: Botanische Staatssammlung München
, Menzinger Str. 67, 1. Stock, Zi 138
- Anreise
- vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes
. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 17 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das Innenraumnetz München
und die MVV Fahrplanauskunft
.
- vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 20 min): Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Details zeigt das Innenraumnetz München
und die MVV Fahrplanauskunft
.
- vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes
- Zeit: 18.03.2014, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.30 Uhr
- Mittagspause: ca. 12.30 Uhr bis 13.30 Uhr
- Kaffeepause: ca. 14.45 Uhr bis 15.00 Uhr
- Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert)
Arbeitsprogramm#
Thema ist das Management von verschiedenen Typen von primären Biodiversitätsforschungsdaten und Vokabularien/ Taxonomien in DWB-Applikationen. Der Einsatz in drittmittel-geförderten Forschungsprojekten in Deutschland wird vorgestellt. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. Neben dem Arbeiten am Laptop/ PC wird auch die Dateneingabe über die Smartphone App "DiversityMobile" demonstriert. Eine Einführung in das System BExIS soll Bereiche zur direkten technischen Kooperation zwischen beiden Arbeitsplattformen identifizieren.
- 10.00 Uhr Diversity Workbench – Systemdesign, Datenflüsse und Datenbank-Infrastruktur für DFG und BMBF geförderte Forschungsprojekte
(D. Triebel)
- 10.15 Uhr Einführung in die Diversity Workbench mit 13 Datenbank-Komponenten; Datenbank-Administration; Arbeiten mit DWB-Trainingsdatenbanken (M. Weiss)
- 11.15 Uhr DiversityDescriptions: DD 3.0
mit Software-Demonstration (D. Triebel, A. Link)
- 11.45 Uhr DWB in drittmittel-geförderten ökologischen Forschungsprojekten am SMNK
(H. Höfer und F. Raub)
- 12.00 Uhr DWB im BMBF-Verbundprojekt GBOL
(P. Grobe)
- 12.15 Uhr Kurze Vorstellung der Möglichkeiten mobiler Datenerfassung
mit der DWB, mit Schwerpunkt auf "DiversityMobile"(T. Weibulat)
- 12.30 Uhr Mittagspause mit anschließender Kurzdemo im Botanischen Garten: "DiversityMobile" auf Smartphone und "DiversityCollection" auf Tablet PC (V. Sanz, T. Weibulat)
- 13.30 Uhr Einführung in "DiversityCollection" anhand des DC-Manuals; Arbeiten mit DWB-Trainingsdatenbanken (M. Weiss)
- 14.45 Uhr Kaffeepause
- 15.00 Uhr Vorstellung von "DiversityGISeditor", "DiversitySamplingPlots" und "DiversityGazetteer" (W. Reichert)
- 15.45 Uhr Einführung in den DC-Import-Wizard und "DiversityTaxonNames" anhand des DTN-Manuals; Erstellung und Pflege von Taxonreferenzlisten; Arbeiten mit DWB-Trainingsdatenbanken (M. Weiss)
- 16.45 Uhr BExIS++ Forschungsdatenmanagement
(R. Gerlach)
- 17.00 Uhr Demo BExIS++
- 17.30 Uhr Ende
Teilnehmer | Institut | Fachgebiet |
---|---|---|
Roman Gerlach* | Friedrich-Schiller-Universität Jena | Informatik |
Peter Grobe* | Zoologisches Forschungsmuseum Alexander Koenig | Biodiversitätsinformatik |
Hubert Höfer* | Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe | Zoologie |
Florian Raub* | Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe | Zoologie |
Juan Carlos Monje | Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart | Entomologie |
Maren Gleisberg | Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin-Dahlem | Landschaftsökologie, Umwelt- und Wissenschaftskommunikation |
Juliane Steckel | Tropenzentrum – CBL–SeTSAF, Georg-August-Universität Göttingen | Ökologie |
Janine Felden | PANGAEA/MARUM, Universität Bremen | Biologie, Datenmanagement |
Ivaylo Kostadinov | Jacobs University Bremen | Bioinformatik |
Frank Oliver Glöckner | Max-Planck-Institute für Marine Mikrobiologie, Jacobs University Bremen | Mikrobielle Genomik und Bioinformatik |
Finn Viehberg | Universität zu Köln | Paläobiogeographie |
Renate Matzke-Karasz | Ludwig-Maximilians-Universität München | Paläontologie |
Sabrina Klaster | Universität Bayreuth | Molekulare Ökologie |
Astrid Slizewski | Georg-August-Universität Göttingen | Anthropologie |
Sigfrid Ingrisch | Zoologisches Forschungsmuseum Alexander König Bonn | Zoologie |
Torsten Bernauer | Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe | Mykologie |
Birgitta König-Ries | Friedrich-Schiller-Universität Jena | Informatik |
Vortragende*
Diversity Workbench Entwickler Plattform#
- Diversity Workbench Information Models
- Diversity Workbench Software
- DiversityMobile App on Windows Phone Store
Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken#
- IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
- Port: 5432
- SQL-Server authentification
- User: WORKSHOP
- Password: available on request
Virtuelle Forschungsumgebung und Diversity Mobile#
- DiversityMobile
on Smartphones with WindowsPhone
Daten in DiversityCollection online#
- via GBIF Portal SNSB GBIF Data Publisher
and GBIF Portal New SNSB GBIF Data Publisher
- 37 BioCase-Wrapper Dienste
am SNSB IT-Zentrum
- 10 Webschnittstellen
mit Zugriff auf Daten via DiversityCollectionCache
Daten in DiversityTaxonNames online#
- via Catalogue of Life/ Annual/Dynamic Checklist Portal
: Source databases "GSDs" LIAS
und MELnet
- via Webschnittstellen und SOAP/REST Webdienste mit Zugriff auf DTN Datenbanken:
Diversity Workbench – DFG recommended#
DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE
Literatur zum Workshop#
Chapman, A. D. 2005. Principles and Methods of Data Cleaning – Primary Species and Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 72 pp. download
Chapman, A. D. 2005. Principles of Data Quality. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 58 pp. download
Chapman, A. D. 2005. Uses of Primary Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 106 pp. download
Chapman, A. D. & Grafton, O. 2008. Guide to Best Practices for Generalising Sensitive Species Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 21 pp. download
Chapman, A. D. & Wieczorek, J. 2006 (eds.). Biogeomancer, Guide to Best Practices in Georeferencing. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 80 pp. download
Frazier, C. K., Wall, J. & Grant, S. 2008. Initiating a Natural History Collection
Digitisation Project, version 1.0. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. –
75 pp. download
Gray, J., Liu, D. T., Nieto-Santisteban, M., Szalay, A. S., DeWitt, D. & Heber, G. 2005. Scientific Data Management in the Coming Decade. – Technical Report MSR-TR-2005-10. – 8 pp. download
Hagedorn, G. 2008/2007. Structuring descriptive data of organisms – Requirement analysis and information models. – Dissertation, Universität Bayreuth. – 1–417. download
Jablonski, S., Kehl, A., Neubacher, D., Poschlod, P., Rambold, G., Schneider, T., Triebel, D., Volz, B. & Weiss, M. 2009. DiversityMobile – Mobile data retrieval platform for biodiversity research projects. – In Fischer, S., Maehle, E. & Reischuk, R. (eds.), Informatik 2009 – Im Focus das Leben. Beiträge der 39. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e. V. (GI). GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) - Proceedings 154: 27, 610–624. download
Rambold, G., Elix, J. A., Heindl-Tenhunen, B., Köhler, T., Nash III, T. H., Neubacher, D., Reichert, W., Zedda, L. & Triebel, D. 2014. LIAS light – Towards the ten thousand species milestone. – MycoKeys 8 : 11–16. doi: 10.3897/mycokeys.8.6605 pdf
.
Triebel, D. 2009. Pilzherbarien – Neue Aufgaben im Bereich Biodiversitätsinformatik und Datenmanagement. – In Anonymous (ed.), Rundgespräche der Kommission für Ökologie, herausgegeben von der Bayerischen Akademie der Wissenschaften, Band 37: Ökologische Rolle von Pilzen. – 131–145. München. download
Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – doi:10.3897/mycokeys.5.4302 pdf
Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56.
Triebel, D., Weibulat, T. & Bensch, K. 2014. Sammlungsschätze online – Schritte zur Virtuellen Naturhistorischen Sammlung. – Natur im Museum. – Mitteilungen der Fachgruppe Naturwissenschaftliche Museen im Deutschen Museumsbund 4: 31–35. download.
Walls, R. L. et al. 2014. Semantics in Support of Biodiversity Knowledge Discovery: An Introduction to the Biological Collections Ontology and Related Ontologies – PLOS ONE 9(3): 1–13. download
Wieczorek, J., Guo, Q. & Hijmans, R. J. 2004. The point-radius method for georeferencing locality descriptions and calculating associated uncertainty. Int. J. Geographical Information Science 18(8): 747–767 download