Neunzehnter DiversityWorkbench Workshop am IT Zentrum der SNSB
– in Kooperation mit German Barcode of Life
#
Schwerpunkt: Datenmanagement im Rahmen von Monitoring- und Barcoding-Projekten
Ansprechpartner von GBOL, ZFMK Bonn: S. Pietsch P. Grobe
, B. Rulik
Team am SNSB IT-Zentrum: D. Triebel, M. Weiss
, D. Neubacher
, W. Reichert
, T. Weibulat
, M. Knick
, A. Link
Organisatorisches #
- Ansprechpartner (Anreise etc.): I. Sebek
, T. Weibulat
- Ort: Botanische Staatssammlung München
, Menzinger Str. 67, 1. Stock, Zimmer 139
- Anreise
- vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes
. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 17 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das Innenraumnetz München
und die MVV Fahrplanauskunft
.
- vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 20 min): Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Details zeigt das Innenraumnetz München
und die MVV Fahrplanauskunft
.
- vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes
- Zeit: 12.08.2013, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.00 Uhr
- Mittagspause: ca. 12.30 Uhr bis 13.30 Uhr
- Kaffeepause: ca. 14.45 Uhr bis 15.00 Uhr
- Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert)
Arbeitsprogramm#
Thema ist das Management von wissenschaftlichen Daten im Rahmen von Monitoring- und Barcoding-Projekten: Sammlungs- und Beobachtungsdaten, Taxonreferenzlisten und Georeferenzierung; Datenmobilisierung, Datenimporte. Die in diesem Kontext zentralen Komponenten sind DiversityCollection (=DC) und DiversityTaxonNames. Zur Verwaltung von strukturierten Artbeschreibungen wird DiversityDescriptions eingesetzt. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. Neben dem Arbeiten am Desktop wird auch die Dateneingabe über die Smartphone App "DiversityMobile" demonstriert.
- 10.00 Uhr Diversity Workbench – Systemdesign, Datenflüsse und Datenbank-Infrastruktur für Projekte der DFG und des BMBF
(D. Triebel)
- 10.15 Uhr Einführung in "DiversityCollection" mit DC-Import-Wizard anhand des DC-Manuals (pdf
); Arbeiten mit DWB-Trainingsdatenbanken (M. Weiss)
- 11.30 Uhr DiversityDescriptions: DD 2.0 – DD 3.0
mit Software-Demonstration DD 3.0 (D. Triebel, A. Link)
- 12.00 Uhr Kurze Vorstellung der Möglichkeiten mobiler Datenerfassung
mit der DWB, mit Schwerpunkt auf "DiversityMobile"(T. Weibulat)
- 12.30 Uhr Mittagspause mit Kurzdemo im Botanischen Garten: "DiversityMobile" auf Smartphone (W. Ahlmer, T. Weibulat)
- 13.30 Uhr Einführung in "DiversityTaxonNames" anhand des DTN-Manuals (pdf
), Erstellung und Pflege von Taxonreferenzlisten; Arbeiten mit DWB-Trainingsdatenbanken (M. Weiss)
- 14.30 Uhr German Barcode of Life (GBOL): GBOL Taxon-Referenzlisten für Deutschland
(B. Rulik, P. Grobe, D. Triebel)
- 14.45 Uhr Kaffeepause
- 15.00 Uhr German Barcode of Life (GBOL): DiversityCollection zum Management von GBOL-DNA-Proben
(P. Grobe, T. Weibulat)
- 15.30 Uhr Arbeiten mit DWB-Trainingsdatenbanken (M. Weiss)
- 16.15 Uhr Vorstellung von "DiversityGISeditor", "DiversitySamplingPlots" und "DiversityGazetteer" (W. Reichert)
- 17.00 Uhr Ende
P. S.: "DiversityAgents", "DiversityProjects", "DiversityReferences" und "DiversityScientificTerms" sind nicht Thema dieses 19. DWB Workshops.
Teilnehmer | Institut | Fachgebiet |
---|---|---|
Sandra Franz | LMU München | Ökologie |
Wolfgang Ahlmer | Botanische Staatssammlung München | Botanik |
Karl-Heinz Rexer | Philipps-Universität Marburg | Mykologie |
Stefanie Rudolph | Universität Frankfurt am Main | Mykologie |
Hubert Höfer | Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe | Arthropoda |
Florian Raub | Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe | Arthropoda |
Veronica Sanz | Botanische Staatssammlung München | Mykologie |
Konstanze Bensch | Botanische Staatssammlung München | Mykologie |
Jürgen Klotz | Universität Regensburg | Botanik |
Diversity Workbench Entwickler Plattform#
Zugangsdaten zur DWB Trainingsdatenbank#
- IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
- Port: 5432
- SQL-Server authentification
- User: Training
- Password: available on request
- Restrict to DiversityCollection...
Virtuelle Forschungsumgebung und Diversity Mobile#
- DiversityMobile
on Smartphones with WindowsPhone
Daten in DiversityCollection online#
- via GBIF Portal SNSB GBIF Data Publisher
- 33 BioCase-Wrapper Dienste
am SNSB IT-Zentrum
- 10 Webschnittstellen mit Zugriff auf Daten via DiversityCollectionCache
Daten in DiversityTaxonNames online#
- via Catalogue of Life/ Annual/Dynamic Checklist Portal
: Source databases "GSDs" LIAS
und MELnet
- 2 Webschnittstellen und SOAP webservices mit Zugriff auf DTN Datenbanken:
Literatur zum Workshop#
Chapman, A. D. 2005. Principles and Methods of Data Cleaning – Primary Species and Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 72 pp. download
Chapman, A. D. 2005. Principles of Data Quality. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 58 pp. download
Chapman, A. D. 2005. Uses of Primary Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 106 pp. download
Chapman, A. D. & Grafton, O. 2008. Guide to Best Practices for Generalising Sensitive Species Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 21 pp. download
Chapman, A. D. & Wieczorek, J. 2006 (eds.). Biogeomancer, Guide to Best Practices in Georeferencing. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 80 pp. download
Frazier, C. K., Wall, J. & Grant, S. 2008. Initiating a Natural History Collection
Digitisation Project, version 1.0. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. –
75 pp. download
Gray, J., Liu, D. T., Nieto-Santisteban, M., Szalay, A. S., DeWitt, D. & Heber, G. 2005. Scientific Data Management in the Coming Decade. – Technical Report MSR-TR-2005-10. – 8 pp. download
Jablonski, S., Kehl, A., Neubacher, D., Poschlod, P., Rambold, G., Schneider, T., Triebel, D., Volz, B. & Weiss, M. 2009. DiversityMobile – Mobile data retrieval platform for biodiversity research projects. – In Fischer, S., Maehle, E. & Reischuk, R. (eds.), Informatik 2009 – Im Focus das Leben. Beiträge der 39. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e. V. (GI). GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) - Proceedings 154: 27, 610–624. download
Triebel, D. 2009. Pilzherbarien – Neue Aufgaben im Bereich Biodiversitätsinformatik und Datenmanagement. – In Anonymous (ed.), Rundgespräche der Kommission für Ökologie, herausgegeben von der Bayerischen Akademie der Wissenschaften, Band 37: Ökologische Rolle von Pilzen. – 131–145. München. download
New! Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – doi:10.3897/mycokeys.5.4302
Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56.
Wieczorek, J., Guo, Q. & HiJmans, R. J. 2004. The point-radius method for georeferencing locality descriptions and calculating associated uncertainty. Int. J. Geographical Information Science 18(8): 747–767 download