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Zwanzigster DiversityWorkbench Workshop am IT Zentrum der SNSB #

Team am SNSB IT-Zentrum: D. Triebel, M. Weiss, D. Neubacher, W. Reichert, T. Weibulat, M. Knick, A. Link

Organisatorisches #

• Ansprechpartner (Anreise etc.): I. Sebek, T. Weibulat

• Ort: Botanische Staatssammlung München, Menzinger Str. 67, 1. Stock, Zi 139

• Anreise
  • vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 17 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das Innenraumnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
  • vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 20 min): Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Details zeigt das Innenraumnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.

• Zeit: 14.01.2014, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.00 Uhr
• Mittagspause (Restaurant Poseidon): ca. 12.30 Uhr bis 14.00 Uhr
• Kaffeepause: ca. 14.45 Uhr bis 15.00 Uhr
• Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert)

Arbeitsprogramm#

Thema ist das Management von Daten im Bereich Biodiversitätsforschung und Georeferenzierung. Die verschiedenen Typen von Interaktionen der in diesem Kontext zentralen Komponente DiversityCollection (=DC) mit anderen Komponenten der Diversity Workbench (=DWB) werden vorgeführt. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. Neben dem Arbeiten am Desktop wird auch die Dateneingabe über die Smartphone App "DiversityMobile" demonstriert.

• 10.00 Uhr Diversity Workbench – Systemdesign, Datenflüsse und Datenbank-Infrastruktur für Projekte der DFG und des BMBF (D. Triebel)
• 10.15 Uhr Einführung in die Diversity Workbench mit 13 Datenbank-Komponenten; Datenbank-Administration; Arbeiten mit DWB-Trainingsdatenbanken (M. Weiss)
• 11.15 Uhr DiversityDescriptions: DD 2.0 – DD 3.0 mit Software-Demonstration DD 3.0 (D. Triebel, A. Link)
• 12.00 Uhr Kurze Vorstellung der Möglichkeiten mobiler Datenerfassung mit der DWB, mit Schwerpunkt auf "DiversityMobile"(T. Weibulat)
• 12.30 Uhr Mittagspause (Restaurant Poseidon) mit Kurzdemo im Botanischen Garten: "DiversityMobile" auf Smartphone (V. Sanz, T. Weibulat)
• 14.00 Uhr Einführung in "DiversityCollection" mit DC-Import-Wizard anhand des DC-Manuals (pdf); Arbeiten mit DWB-Trainingsdatenbanken (M. Weiss)
• 14.45 Uhr Kaffeepause
• 15.00 Uhr Vorstellung von "DiversityGISeditor", "DiversitySamplingPlots" und "DiversityGazetteer" (W. Reichert)
• 15.45 Uhr Einführung in "DiversityCollection" (Fortsetzung) und "DiversityTaxonNames" anhand des DTN-Manuals (pdf); Erstellung und Pflege von Taxonreferenzlisten; Arbeiten mit DWB-Trainingsdatenbanken (M. Weiss)
• 17.00 Uhr Ende

Diversity Workbench Entwickler Plattform#

• Diversity Workbench Information Models
• Diversity Workbench Software
• DiversityMobile App on Windows Phone Store

Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken#

• IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
• Port: 5432
• SQL-Server authentification
  • User: WORKSHOP
  • Password: available on request

Virtuelle Forschungsumgebung und Diversity Mobile#

• Workflow IBF

• DiversityMobile on Smartphones with WindowsPhone

Daten in DiversityCollection online#

• via GBIF Portal SNSB GBIF Data Publisher and GBIF Portal New SNSB GBIF Data Publisher
• 33 BioCase-Wrapper Dienste am SNSB IT-Zentrum
• 10 Webschnittstellen mit Zugriff auf Daten via DiversityCollectionCache

Daten in DiversityTaxonNames online#

• via Catalogue of Life/ Annual/Dynamic Checklist Portal: Source databases "GSDs" LIAS und MELnet

• via Webschnittstellen und SOAP/REST Webdienste mit Zugriff auf DTN Datenbanken:
  • LIAS names
  • Melastomataceae.Net

Diversity Workbench – DFG recommended#

DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE

Literatur zum Workshop#

Chapman, A. D. 2005. Principles and Methods of Data Cleaning – Primary Species and Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 72 pp. download

Chapman, A. D. 2005. Principles of Data Quality. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 58 pp. download

Chapman, A. D. 2005. Uses of Primary Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 106 pp. download

Chapman, A. D. & Grafton, O. 2008. Guide to Best Practices for Generalising Sensitive Species Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 21 pp. download

Chapman, A. D. & Wieczorek, J. 2006 (eds.). Biogeomancer, Guide to Best Practices in Georeferencing. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 80 pp. download

Frazier, C. K., Wall, J. & Grant, S. 2008. Initiating a Natural History Collection Digitisation Project, version 1.0. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 75 pp. download

Gray, J., Liu, D. T., Nieto-Santisteban, M., Szalay, A. S., DeWitt, D. & Heber, G. 2005. Scientific Data Management in the Coming Decade. – Technical Report MSR-TR-2005-10. – 8 pp. download

Jablonski, S., Kehl, A., Neubacher, D., Poschlod, P., Rambold, G., Schneider, T., Triebel, D., Volz, B. & Weiss, M. 2009. DiversityMobile – Mobile data retrieval platform for biodiversity research projects. – In Fischer, S., Maehle, E. & Reischuk, R. (eds.), Informatik 2009 – Im Focus das Leben. Beiträge der 39. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e. V. (GI). GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) - Proceedings 154: 27, 610–624. download

Rambold, G., Elix, J. A., Heindl-Tenhunen, B., Köhler, T., Nash III, T. H., Neubacher, D., Reichert, W., Zedda, L. & Triebel, D. 2014. LIAS light – Towards the ten thousand species milestone. – MycoKeys 8 : 11–16. doi: 10.3897/mycokeys.8.6605 pdf.

Triebel, D. 2009. Pilzherbarien – Neue Aufgaben im Bereich Biodiversitätsinformatik und Datenmanagement. – In Anonymous (ed.), Rundgespräche der Kommission für Ökologie, herausgegeben von der Bayerischen Akademie der Wissenschaften, Band 37: Ökologische Rolle von Pilzen. – 131–145. München. download

Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – doi:10.3897/mycokeys.5.4302 pdf

Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56.

Wieczorek, J., Guo, Q. & Hijmans, R. J. 2004. The point-radius method for georeferencing locality descriptions and calculating associated uncertainty. Int. J. Geographical Information Science 18(8): 747–767 download

Papers "Towards a global strategy and action plant for discovery and publishing of natural history collections data" – 2010#

Papers on a GBIF-supported "Data publishing framework for primary biodiversity data" – 2011#

Papers on "Mass digitization of natural history collections" – 2012#

Materialien zum Workshop#

Import-Beispiel Flora des Allgäus

Import-Schedule Flora des Allgäus