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42. Diversity Workbench Workshop am IT-Zentrum der SNSB (ZOOM online event)#

Thema: Einführung und Training in DiversityNaviKey (DWB-DNK) und DiversityDescriptions (DWB-DD)

Schwerpunkt: Diagnose und Identifikation anhand strukturierter Merkmalsdaten, Bestimmungsschlüssel; Organisation von beschreibenden (Merkmals-)Daten (focus on identification keys and descriptive (trait) data)

• Die Progressive Web App DiversityNaviKey wird erstmals vorgestellt. Sie erlaubt die interaktive Identifikation von Organismen und ist ein generisches Werkzeug zur Diagnose von Klassen nach einer vorgegebenen Matrix von Merkmalen und Merkmalszuständen. Verschiedene Beispielsdatensätze (u.a. auch LIAS light) sind für DWB-DNK freigegeben und werden vorgeführt.

• Das Forschungsdatenmanagementsystem (RDMS) DiversityDescriptions wird als System zur nachhaltigen Organisation von strukturierten wissenschaftlichen Daten im Bereich Bio- und Geodiversitätsforschung vorgestellt. Die Software ist geeignet für Mess- und Merkmalsdaten, wie sie in systematisch-taxonomischen und ökologischen Projekten sowie Projekten zur Begriffschema- und Ontologie-Verwaltung und aus der Umweltforschung anfallen. Dies umfasst auch die Verwaltung von Merkmalsmatrices mit strukturierten, diagnostisch relevanten Beschreibungsdaten, wie sie für interaktive Bestimmungsschlüssel geeignet sind.

Der Workshop wird als Maßnahme des NFDI4Biodiversity Konsortiums durchgeführt. Er bietet Software Demos und Training für Forscher*innen (e.g., Doktorand*innen, PostDocs) und Datenmanager*innen.

An der Vorbereitung und Durchführung des Workshops beteiligtes Team

• aus München: Dagmar Triebel, Ariane Grunz, Anton Link, Dieter Neubacher, Wolfgang Reichert, Stefan Seifert, Tanja Weibulat, Markus Weiss

• aus Bayreuth, Universität Bayreuth: Alexander Beckert, Tonjock Rosemary Kinge, Gerhard Rambold

• aus Göttingen, Gesellschaft für Wissenschaftliche Datenverarbeitung (GWDG): Sven Bingert

• aus Karlsruhe, Staatliches Museum für Naturkunde und Arachnologische Gesellschaft: Florian Raub

• aus Marburg, Philipps-Universität Marburg Bernhard Seeger

Die Teilnehmer werden angeleitet, (a) mit der DWB-Applikation DiversityNaviKey auf dem eigenen Smartphone oder anderen Endgeräten und (b) mit der DWB-Applikation DiversityDescriptions in einer Trainingsdatenbank über den eigenen PC oder Laptop selbständig zu arbeiten. Verschiedene Vorträge und Demos verdeutlichen den vielfältigen und flexiblen Einsatz der Software.

Organisatorisches und Technisches

Beginn: 8. November 2021, 11.00 Uhr, Ende: 9. November 2021, 15.00 Uhr

• Dieser DWB Workshop wird an zwei aufeinanderfolgenden Tagen remote via ZOOM Konferenzsystem stattfinden. Alle Teilnehmer sollten sich bis zum 4. November für den Praxisteil und bis zum 7. November für den Theorieteil per email an Tanja Weibulat angemeldet haben und bekommen dann die ZOOM-Einladung kurz vor dem Meeting per email zugesandt.

• Es wird Vorträge und chat-Diskussionen, Live-Demos, Zeitfenster mit allgemeiner Diskussion und Zeitfenster zum selbständigem Arbeiten mit DiversityNaviKey (DWB-DNK) und in DiversityDescriptions (DWB-DD) geben.

• Wir unterscheiden dabei zwischen Teilnehmern, die das Modul DiversityDescriptions und seine Möglichkeiten nur kennenlernen wollen, und solchen, die auch an den praktischen Übungen teilnehmen und gemeinsam in DWB-DD arbeiten wollen. Aufgrund des Betreuungsaufwands beschränken wir den Übungsteil in DWB-DD auf 20 angemeldete Personen. Der Übungsteil findet in den beiden Zeitfenstern "Selbständiges Arbeiten mit DWB-DD unter Anleitung" statt. Bitte vermerken Sie ihren Wunsch zur Teilnahme an diesem praktischen Teil bei der Anmeldung über Tanja Weibulat.

• Falls Sie in DWB-DD mitarbeiten wollen, verwenden Sie Ihren eigenen LapTop oder PC:
  • Betriebssystem ab MS Windows 7; .Net Framework 4.8 bitte vorab installieren! Mit dem aktuellsten MS Windows Update sollte .NET 4.8 bereits mitinstalliert sein.

• Falls Sie in DWB-DD mitarbeiten wollen, unterstützen wir Sie bei der Installation von DWB-DD Clients: 5. November 2021, 14.00 Uhr bis 15.00 Uhr oder nach Vereinbarung
  • Personen, die während des Workshops selbständig oder unter Anleitung mit DiversityDescriptions arbeiten möchten, wird dabei über ein Remote-HelpDesk (Anton Link, Tanja Weibulat) der Zugriff auf jeweils eine eigene DiversityDescriptions_Workshop Datenbank in der DWB Trainingsumgebung eingerichtet.

• Im Workshop verwendete DiversityDescriptions (DWB-DD) Client-Applikation:
  • DiversityDescriptions 4.5.0 mit DWB-DD Benutzerhandbuch, November 2021 als pdf (generiert aus CHM files)

8. November 2021

• 11.00 Uhr Vortrag: Diversity Workbench – Einführung (Dagmar Triebel)
• 11.30 Uhr Vortrag: DiversityNaviKey – Progressive Web App (DWB-DNK) (Ariane Grunz)
• 12.00 Uhr DiversityNaviKey Software Demo am Beispiel LIAS (Ariane Grunz)
• 12.30 Uhr Mittagspause
• 13.30 Uhr DiversityNaviKey: Erläuterungen zu den sechs DNK Beispielsdatensätzen (Tanja Weibulat)
• 13.45 Uhr DiversityNaviKey Software, selbständiges Arbeiten (Ariane Grunz)
• 14.45 Uhr Kaffeepause
• 15.00 Uhr Live-Demo: Überblick über Grundfunktionen von DWB-DD, Beispiel Bayernflora-Heilpflanzen-Quiz; Datenfluss zur Erzeugung einer PostgreSQL Cachedatenbank (Anton Link); siehe auch Introduction to DiversityDescriptions
• 16.30 Uhr Vortrag DiversityNaviKey & RDC Infrastructures, Konzept und geplante Umsetzung der NFDI Research Data Commons (Bernhard Seeger) und Diskussion "Wie könnte DiversityNaviKey Teil einer NFDI RDC Application Layer werden?", Graphik als Diskussionsbeitrag (Dagmar Triebel)
• 17.00 Ende

9. November 2021

• 9.00 Uhr Selbständiges Arbeiten mit DiversityDescriptions (DWB-DD) unter Anleitung, Organisation von Beschreibungen, verschiedene Beispiele und Funktionen (Anton Link)
• 10.00 Uhr Kaffeepause
• 10.30 Uhr Selbständiges Arbeiten mit DiversityDescriptions (DWB-DD) unter Anleitung, verschiedene Beispiele und Funktionen (Anton Link)
• 12.00 Uhr Mittagspause
• 13.00 Uhr Live-Demo: Überblick über Funktionen von DWB-DD II, u.a. Import aus tabulator-separierten Tabellen und Export zur Archivierung von EML-CSV und EML-SDD files (Anton Link)
• 13.45 Uhr Live-Demo: DWB-DD als RDMS für morphologisch-anatomische Daten von tropischen Springspinnen der Gattung Corythalia; Publikation eines eigens entwickelten interaktiven Schlüssels unter www.corythalia.com (Florian Raub)
• 14.00 Uhr Vortrag: DWB-DD as RDMS for ethnomycological datasets from African countries (Rosemary Tonjock Kinge)
• 14.15 Uhr Vortrag: DWB-DD als Backend-Datenbank zur Organisation von Datentransformationen zur Archivierung und EML-SDD-Publikation, GFBio Beispiele DSMZbacdivedesc, BELMONTsurveydesc (Stefan Seifert, Tanja Weibulat)
• 14.30 Uhr Vortrag: Diversity Workbench als GFBio und NFDI Service + Live Demo (Sven Bingert, Anton Link), siehe auch GFBio poster auf der GA 2021
• 14.45 Uhr Vortrag: DWB-DD als RDMS für Bestandsverwaltung von Mikroplastiksorten in der Forschung (Alexander Beckert)
• 15.00 Uhr Diskussion und Ende

Open-Access Datenprojekte in DiversityDescriptions#

• DiversityNaviKey Datenquellen

• Trainingsdatensätze für DiversityDescriptions in DWB training environment, auch verfügbar über den DWB Hosting Service an der GWDG

• MOD-CO Projekt mit MOD-CO Schema und Use Cases für das MOD-CO Schema (im Aufbau)

Software rund um DiversityNaviKey und DiversityDescriptions, Standards zum Datenaustausch, Datenpublikation#

• DiversityNaviKey (DWB-DNK)

• Diversity NaviKey Presentation gehalten von A. Grunz auf Online Symposium: CS4Biodiversity – September 27, 2021

• DiversityDescriptions (DWB-DD)

• Beschreibung von SDD, DELTA, EML als GFBio und NFDI relevante Standards und Formate

• Haupttypen biologischer Daten nach GFBio: Typ 3 Daten, strukturiert nach SDD kombiniert mit Metadaten, strukturiert nach EML

• DELTA (taxonomy) data format mit DELTA – DEscription Language for TAxonomy, Intkey

• Open DELTA in ALA Plattform

• xper Software Wiki mit xper3 Collaborative descriptive data platform und xper2 Desktop software

• NaviKey (wird in ersetzt werden durch DiversityNaviKey)

• BiodiversiClés in Google Play Store, Infos unter INPN, BiodiversiClés in J´agis pour la nature und Dokumentation; SDD als Austauschformat

• Annotate (image annotation tool for the natural sciences) und DiversityImageInspector zur Vorbereitung von DD Item- und Descriptor-Matrices mit kontrollierten Vokabularien und Bildresourcen

Weitere Information#

Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken (nach dem Workshop)#

• IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
• Port: 5432
• SQL-Server authentification
  • User: WORKSHOP
  • Password: available on request

Diversity Workbench Entwickler Plattform#

• DWB Support und training materials
• Diversity Workbench Information Models
• Diversity Workbench Software
• DiversityMobile App on Windows Phone Store
• Empfehlungen für Software-Entwickler
• DWB User Manuals with DWB Video Tutorials in German

Diversity Workbench – empfohlen von der DFG und GFBio#

• DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE
• GFBio recommended research data management mit DWB in 10 questions

Dienste des SNSB IT Center in seiner Rolle als GFBio Datenzentrum, GBIF Data Publisher und CETAF Data Provider#

• Archivierung and Publikation von Bio- und Geodiversitätsforschungsdaten, siehe Portfolios der GFBio Data Centers und Profile des Data Center SNSB
• GFBio Datentransfer von GFBio Research Data Submission Tool zum DWB-Datenmanagement und -archivierung am SNSB IT Center
• Datenpublikation, e.g., via DataCite, GFBio Datenportal und GFBio VAT Tool
• DWB BioCASe Data pipelines und RDF services mit Übersicht über Sammlungs- und Verbreitungsdaten bereitgestellt über SNSB und publiziert über diverse Datenportale

Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile#

• DWB Netzwerk an den SNSB
• DWB Software als Dienstleistung an der GWDG, zugänglich via GFBio login
• Flora von Bayern
  • aus DWB Daten dynamisch erzeugte Verbreitungskarten für in Bayern vorkommende Farn- und Blütenpflanzen
  • DWB Datenfluss Grafiken (Version 2015)
  • DiversityMobile im Einsatz
  • DWB Tabellen-Editor für TK25 Rasterdaten und Bayernflora-Editor im Einsatz
  • DiversityGISeditor im Einsatz
  • DiversityTaxonNames im Einsatz
• Regionalised and Domain-specific Taxon Lists
• DiversityMobile – Smartphone App (WindowsPhone) als Teil einer Forschungsumgebung (IBF)

GBOL Data Transfer Applications#

• Lims2Fims und Lims2Fims documentation
• sync gbol data und sync gbol data documentation

Literaturempfehlung zum Thema DiversityDescriptions, DELTA, SDD, DiversityNaviKey#

Coleman, C., Lowry, J. & Macfarlane, T. 2010. DELTA for Beginners. An introduction into the taxonomy software package DELTA. – ZooKeys 45: 1–75. https://doi.org/10.3897/zookeys.45.263. download

Dallwitz, M. J. 1980. A General System for Coding Taxonomic Descriptions. – Taxon 29 (1): 41–46. https://doi.org/10.2307/1219595. JSTOR 1219595. S2CID 85981894. download

Diederich, J. 1997. Basic properties for biological databases: Character development and support. 25(10): 109-127. https://doi.org/10.1016/S0895-7177(97)00078-2. download

Hagedorn, G. 2008/2007. Structuring descriptive data of organisms – Requirement analysis and information models. – Dissertation, Universität Bayreuth. – 1–417. download

Hagedorn, G., Thiele, K., Morris, R., Heidorn, P.B. 2005. Structured Descriptive Data (SDD) w3c-xml-schema, Version 1.0. Biodiversity Information Standards (TDWG) http://www.tdwg.org/standards/116 (version 1.1 available)

Harjes, J., Link, A., Weibulat, T., Triebel, D. & Rambold, G. 2020. FAIR digital objects in environmental and life sciences should comprise workflow operation design data and method information for repeatability of study setups and reproducibility of results, Database, 2020 (Article ID baaa059), 1–20. – https://doi.org/10.1093/database/baaa059

Harjes, J. & Rambold, G. 2020. DELTA, Konzept des RDMS DWB-DD und Einsatz in der universitären Lehre (Beispiel Biosystem Pflanzengallen). – Vortrag, gehalten auf dem 39. DWB Workshop

Harjes, J. & Rambold, G. 2020. RDMS DWB-DD: Management von Forschungsdesign-Daten, Descriptor Trees und Messdaten. – Vortrag, gehalten auf dem 39. DWB Workshop

Link, A., Seifert, S., Weibulat, T., Reichert, W., Weiss, M. & Triebel, D. 2021. FAIR digital objects with structured trait data in the GFBio portal. – GFBio General Assembly 2021. Poster.

Rambold, G., Elix, J. A., Heindl-Tenhunen, B., Köhler, T., Nash III, T. H., Neubacher, D., Reichert, W., Zedda, L. & Triebel, D. 2014. LIAS light – Towards the ten thousand species milestone. – MycoKeys 8 : 11–16. doi: 10.3897/mycokeys.8.6605 download.

Rambold, G., Yilmaz, P., Harjes, J., Link, A., Glöckner, F.O. & Triebel, D. 2018. MOD-CO schema – a conceptual schema for processing sample data in meta’omics research (version 1.0). http://mod-co.net/wiki/MOD-CO_Schema_Reference.

Rambold, G., Yilmaz, P., Harjes, J., Klaster, S., Sanz, V., Link, A., Glöckner, F. O., Triebel, D. 2019. Meta-omics data and collection objects (MOD-CO): A conceptual schema and data model for processing sample data in meta-omics research. – Database, 2019 (Article ID baz002), 1–13. – https://doi.org/10.1093/database/baz002

Rambold, G., Zedda, L., Coyle, J., Peršoh, D., Köhler, T., Triebel, D. 2016. Geographic heat maps of lichen traits derived by combining LIAS light description and GBIF occurrence data, provided on a new platform. – Biodiversity and Conservation 25(13): 2743–2751. (doi:10.1007/s10531-016-1199-2).

Triebel, D., Grunz, A., Seifert, S., Link, A. & Rambold, G., (2021). DiversityNaviKey, a Progressive Web Application for interactive diagnosis and identification. In: , . (Hrsg.), INFORMATIK 2021. Gesellschaft für Informatik, Bonn. (S. 517-538). DOI: 10.18420/informatik2021-040

Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56.

Literaturempfehlung allgemein#

FAIR Principles Special Issue 2019

DiSSCo Knowledge Base Dokumente

NFDI Directorat with B. Seeger and M. Diekmann (4 October 2021)NFDI InfraTalk: Cloud Infrastructures for NFDI YouTube channel

GFBio YouTube Videos: Data Science 4 Ecologists in R - Tidy Data (3 parts)

Dallmeier-Tiessen, S., Khodiyar, V., Murphy, F., Nurnberger, A., Raymond, L. & Whyte, A. 2017. Connecting Data Publication to the Research Workflow: A Preliminary Analysis, International Journal of Digital Curation (IJDC), Vol 12, No 1, 2017, doi.org/10.2218/ijdc.v12i1.533

Diepenbroek, M., Glöckner, F., Grobe, P., Güntsch, A., Huber, R., König-Ries, B., Kostadinov, I., Nieschulze, J., Seeger, B.; Tolksdorf, R., & Triebel, D. 2014. Towards an Integrated Biodiversity and Ecological Research Data Management and Archiving Platform: The German Federation for the Curation of Biological Data (GFBio). – In: Plödereder, E., Grunske, L., Schneider, E. & Ull, D. (eds): Informatik 2014 – Big Data Komplexität meistern. GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) – Proceedings 232: 1711-1724. Köllen Verlag, Bonn.

Gehring, P. 2018. Viele Fronten. Forschungsdatenmanagement als Ermöglichungspolitik. Forschung & Lehre 9/2018: 754-756. – https://www.forschung-und-lehre.de/viele-fronten-985/

GBIF News 2018. Adding-sequence-based-identifiers-to-backbone-taxonomy-reveals-dark-taxa-fungi. – https://www.gbif.org/news/2LrgV5t3ZuGeU2WIymSEuk/adding-sequence-based-identifiers-to-backbone-taxonomy-reveals-dark-taxa-fungi

Gramelsberger, G. & Müller, M. 2018. Datengetriebene Forschung. Ein Beitrag aus wissenschaftlicher Perspektive. Forschung & Lehre 9/2018: 758-760. – https://www.wissenschaftsmanagement-online.de/beitrag/datengetriebene-forschung-ein-beitrag-aus-wissenschaftsreflexiver-perspektive-9347

Hodson, J. et al. 2018. FAIR Data Action Plan. Interim recommendations and actions from the European Commission Expert Group on FAIR data. – https://doi.org/10.5281/zenodo.1285290

Hodson, J. et al. 2018. Turning FAIR data into reality. Interim report of the European Commission Expert Group on FAIR data. – https://doi.org/10.5281/zenodo.1285272

Kerner, A., Bouquin, S., Portier, R. & Vignes Lebbe, R. 2021. The 8 Years of Existence of Xper3: State of the art and future developments of the platform. Biodiversity Information Science and Standards 5: e74250. https://doi.org/10.3897/biss.5.74250

Mons, B., Neylon, C., Velterop, J., Dumontier, M., Bonino da Silva Santos, L. O. & Wilkinson, M. D. 2017. Cloudy, increasingly FAIR; revisiting the FAIR Data guiding principles for the European Open Science Cloud. Information Services & Use 37(1): 49-56. DOI: 10.3233/ISU-170824, (download)

Sansone, SA., McQuilton, P., Rocca-Serra, P. et al. 2019. FAIRsharing as a community approach to standards, repositories and policies. Nat Biotechnol 37, 358–367 (2019). – https://doi.org/10.1038/s41587-019-0080-8

Saucède, T., Eléaume, M., Jossart, Q., Moreau, C., Downey, R., Bax, N., . . . Vignes-Lebbe, R. 2021. Taxonomy 2.0: Computer-aided identification tools to assist Antarctic biologists in the field and in the laboratory. Antarctic Science, 33(1), 39-51. – https://doi.org/10.1017/S0954102020000462

Schweiger, A.H., Ullmann, G.M., Nürk, N.M., Triebel, D., Schobert, R. & Rambold, G. 2021. Chemical properties of key metabolites determine the global distribution of lichens. Ecol. Letters 2021;00:1-11: (doi:10.1111/ele.13930).

Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – doi:10.3897/mycokeys.5.4302 download

Triebel, D., Reichert, W., Bosert, S., Feulner, M., Osieko Okach, D., Slimani, A. & Rambold, G. 2018. A generic workflow for effective sampling of environmental vouchers with UUID assignment and image processing. – Database, 2018 (Article ID bax096), 1–10. – https://doi.org/10.1093/database/bax096

White, E. P., Baldridge, E., Brym, Z. T., Locey, K. J., McGlinn, D. J., Supp, S. R. 2013. Nine simple ways to make it easier to (re)use your data. – Ideas Ecol. Evol. 6(2): 1-10. doi:10.4033/iee.2013.6b.6.f. download.

Wilkinson, M. D. et al. 2016. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. – Sci. Data 3:160018 doi: 10.1038/sdata.2016.18. – (https://www.nature.com/articles/sdata201618). download