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39. Diversity Workbench Workshop am IT-Zentrum der SNSB#

 

Thema: Einführung in DiversityDescriptions (DWB-DD); Schwerpunkt: Management von Merkmals- und Messdaten, Importe, Exporte, DWB-DD als Teil des GFBio Netzwerkes

Es wird das Management von wissenschaftlichen Daten im Bereich Bio- und Geodiversitätsforschung ohne direkten Sammlungsbezug behandelt. Dies betrifft Mess- und Merkmalsdaten, wie sie in ökologischen Projekten mit Prozessen im Labor anfallen, inklusive dem Management von strukturierten Beschreibungsdaten. Dabei werden Fragen der Interoperabiliät, des Datenaustauschs und der Standardisierung behandelt, besonders mit Bezug zur German Federation for Biological Data (GFBio). Die Teilnehmer werden angeleitet, mit der DWB-Applikation DiversityDescriptions in einer Trainingsdatenbank selbständig zu arbeiten. Verschiedene Vorträge und Demos verdeutlichen den vielfältigen und flexiblen Einsatz der Software.

An der Vorbereitung und Durchführung des Workshops beteiligtes Team

  • aus Stuttgart, Staatliches Museum für Naturkunde: Ingo Wendt

Der Workshop wird in Kooperation mit der German Federation for Biological Data (GFBio) veranstaltet.

 

Organisatorisches und Technisches#

  • DWB Workshop: Beginn: 26. Oktober 2020, 11.00 Uhr, Ende: 27. Oktober 2020, 13.00 Uhr
  • Dieser DWB Workshop wird an zwei aufeinanderfolgenden Tagen remote via ZOOM Konferenzsystem stattfinden. Alle Teilnehmer sollten sich bis zum 25. Oktober per email an Tanja Weibulat angemeldet haben und bekommen dann die ZOOM-Einladung kurz vor dem Meeting per email zugesandt.
  • Es wird Vorträge und chat-Diskussionen, Live-Demos, Zeitfenster mit allgemeiner Diskussion und zwei Zeitfenster zum selbständigem Arbeiten in DiversityDescriptions (DWB-DD) geben.
  • Wir unterscheiden dabei zwischen Teilnehmern, die das Modul DiversityDescriptions und seine Möglichkeiten nur kennenlernen wollen, und solchen, die auch an den praktischen Übungen teilnehmen und gemeinsam in DWB-DD arbeiten wollen. Aufgrund des Betreuungsaufwands beschränken wir den Übungsteil auf 20 angemeldete Personen. Der Übungsteil findet in den beiden Zeitfenstern "Selbständiges Arbeiten mit DWB-DD unter Anleitung" statt. Bitte vermerken Sie ihren Wunsch zur Teilnahme an diesem praktischen Teil bei der Anmeldung über Tanja Weibulat.
  • Falls Sie mitarbeiten wollen, verwenden Sie Ihren eigenen LapTop oder PC:
    • Betriebssystem ab MS Windows 7; .Net Framework 4.8 bitte vorab installieren! Mit dem aktuellsten MS Windows Update sollte .NET 4.8 bereits mitinstalliert sein.
  • Falls Sie mitarbeiten wollen, unterstützen wir Sie bei der Installation von DWB-DD Clients: 23. Oktober 2020, 11.00 Uhr bis 15.00 Uhr
    • Personen, die während des Workshops selbständig oder unter Anleitung mit DiversityDescriptions arbeiten möchten, wird dabei über ein Remote-HelpDesk (Anton Link, Tanja Weibulat) der Zugriff auf jeweils eine eigene DiversityDescriptions_Workshop Datenbank in der DWB Trainingsumgebung eingerichtet.

 

Arbeitsprogramm#

 

26. Oktober 2020

27. Oktober 2020

 

 

Teilnehmer Institut Fachgebiet
Christian Beilschmidt Universität Marburg Informatik, GFBio VAT Tool
Thure Dalsgaard Centrum für Naturkunde (CeNak), Universität Hamburg Entomologie
Christoph Dreiser Nationalpark Schwarzwald Umweltmonitoring und Geodatenmanagement
Eva Haiduk SNSB IT Center LIAS, Lichenologie
Janno Harjes Universität Bayreuth Mykologie, molekulare Ökologie
Felix Hentschel Mineralogische Staatssammlung München, SNSB Mineralogie
Robert Huber Universität Bremen Informatik, GFBio Data Harvesting
Malte Junge Mineralogische Staatssammlung München, SNSB Mineralogie
Melanie Kaliwoda Mineralogische Staatssammlung München, SNSB Mineralogie
Henrik Kusche Centrum für Naturkunde (CeNak), Universität Hamburg Sammlungsmanagement, Digitalisierung
Damaris Margaritis Nationalpark Schwarzwald Ökologisches Monitoring und Artenschutz
Thomas Martin Universität Bayreuth Forschungsdatenmanagement
Peter Michalik Universität Greifswald Zoologie
Marco Mraulag Universität Bayreuth Pflanzensystematik Angiospermen
Jens Nieschulze Universität Göttingen Biometrie, GFBio Outreach
Carla Novoa Sepúlveda Botanische Staatssammlung München, SNSB Sammlungsmanagement Botanik und Mykologie
Florian Raub Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe Zoologie, Biodiversitätsinformatik
Vanessa Roden Staatliche Naturwissenschaftliche Sammlungen Bayerns Sammlungsassessment, Paläontologie
Gertrud Rößner Bayerische Staatssammlung für Paläontologie und Geologie Paläontologie (fossile Säugetiere)
Aliaksandra Rost Mineralogische Staatssammlung München, SNSB Mineralogie
Camila Uribe-Holguin Ludwig-Maximilians-Universität München Botanik
Julia Wellsow Botanische Staatssammlung München, SNSB und SNSB IT Center Botanik, Flora von Bayern
Ingo Wendt Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart Zoologie

Open-Access Datenprojekte in DiversityDescriptions#

Weitere Information#

Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken (nach dem Workshop)#

  • IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
  • Port: 5432
  • SQL-Server authentification
    • User: WORKSHOP
    • Password: available on request

Trainingsdateien für Datenimporte in DiversityDescriptions stehen

hier(info) zum Download (zip-Datei) bereit.

Diversity Workbench Entwickler Plattform#

Diversity Workbench – empfohlen von der DFG und GFBio#

DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE

GFBio recommended research data management mit DWB in 10 questions

Dienste des SNSB IT Center in seiner Rolle als GFBio Datenzentrum, GBIF Data Publisher und CETAF Data Provider#

Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile#

  • DiversityMobile – Smartphone App (WindowsPhone) als Teil einer Forschungsumgebung (IBF)

GBOL Data Transfer Applications#

 

Literaturempfehlung zum Thema DiversityDescriptions, DELTA, SDD, EAV#

GFBio relevant standards, protocols and formats mit SDD, DELTA, EML und MOD-CO

GFBio type 3 data mit SDD und EML

DELTA (taxonomy) data format mit DELTA – DEscription Language for TAxonomy, Intkey, NaviKey und Open DELTA

Coleman, C., Lowry, J. & Macfarlane, T. 2010. DELTA for Beginners. An introduction into the taxonomy software package DELTA. – ZooKeys 45: 1–75. https://doi.org/10.3897/zookeys.45.263. download

Dallwitz, M. J. 1980. A General System for Coding Taxonomic Descriptions. – Taxon 29 (1): 41–46. https://doi.org/10.2307/1219595. JSTOR 1219595. S2CID 85981894. download

Diederich, J. 1997. Basic properties for biological databases: Character development and support. 25(10): 109-127. https://doi.org/10.1016/S0895-7177(97)00078-2. download

Hagedorn, G. 2008/2007. Structuring descriptive data of organisms – Requirement analysis and information models. – Dissertation, Universität Bayreuth. – 1–417. download

Hagedorn, G., Thiele, K., Morris, R., Heidorn, P.B. 2005. Structured Descriptive Data (SDD) w3c-xml-schema, Version 1.0. Biodiversity Information Standards (TDWG) http://www.tdwg.org/standards/116 (version 1.1 available)

Harjes, J., Link, A., Weibulat, T., Triebel, D. & Rambold, G. 2020. FAIR digital objects in environmental and life sciences should comprise workflow operation design data and method information for repeatability of study setups and reproducibility of results, Database, 2020 (Article ID baaa059), 1–20. – https://doi.org/10.1093/database/baaa059

Rambold, G., Elix, J. A., Heindl-Tenhunen, B., Köhler, T., Nash III, T. H., Neubacher, D., Reichert, W., Zedda, L. & Triebel, D. 2014. LIAS light – Towards the ten thousand species milestone. – MycoKeys 8 : 11–16. doi: 10.3897/mycokeys.8.6605 download.

Rambold, G., Yilmaz, P., Harjes, J., Link, A., Glöckner, F.O. & Triebel, D. 2018. MOD-CO schema – a conceptual schema for processing sample data in meta’omics research (version 1.0). http://mod-co.net/wiki/MOD-CO_Schema_Reference.

Rambold, G., Yilmaz, P., Harjes, J., Klaster, S., Sanz, V., Link, A., Glöckner, F. O., Triebel, D. 2019. Meta-omics data and collection objects (MOD-CO): A conceptual schema and data model for processing sample data in meta-omics research. – Database, 2019 (Article ID baz002), 1–13. – https://doi.org/10.1093/database/baz002

Rambold, G., Zedda, L., Coyle, J., Peršoh, D., Köhler, T., Triebel, D. 2016. Geographic heat maps of lichen traits derived by combining LIAS light description and GBIF occurrence data, provided on a new platform. – Biodiversity and Conservation 25(13): 2743–2751. (doi:10.1007/s10531-016-1199-2).

Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56.

xper Software Wiki mit xper3 Collaborative descriptive data platform und xper2 Desktop software

Entity attribute value model (EAV), called also "open schema"

 Literaturempfehlung allgemein#

ARPHA Writing tool under https://arpha.pensoft.net/ and http://arphahub.com/; import of species descriptions via XML/API?

FAIR Principles Special Issue 2019

DiSSCo Knowledge Base Dokumente

Dallmeier-Tiessen, S., Khodiyar, V., Murphy, F., Nurnberger, A., Raymond, L. & Whyte, A. 2017. Connecting Data Publication to the Research Workflow: A Preliminary Analysis, International Journal of Digital Curation (IJDC), Vol 12, No 1, 2017, doi.org/10.2218/ijdc.v12i1.533

Diepenbroek, M., Glöckner, F., Grobe, P., Güntsch, A., Huber, R., König-Ries, B., Kostadinov, I., Nieschulze, J., Seeger, B.; Tolksdorf, R., & Triebel, D. 2014. Towards an Integrated Biodiversity and Ecological Research Data Management and Archiving Platform: The German Federation for the Curation of Biological Data (GFBio). – In: Plödereder, E., Grunske, L., Schneider, E. & Ull, D. (eds): Informatik 2014 – Big Data Komplexität meistern. GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) – Proceedings 232: 1711-1724. Köllen Verlag, Bonn.

Gehring, P. 2018. Viele Fronten. Forschungsdatenmanagement als Ermöglichungspolitik. Forschung & Lehre 9/2018: 754-756. – https://www.forschung-und-lehre.de/viele-fronten-985/

GBIF News 2018. Adding-sequence-based-identifiers-to-backbone-taxonomy-reveals-dark-taxa-fungi. – https://www.gbif.org/news/2LrgV5t3ZuGeU2WIymSEuk/adding-sequence-based-identifiers-to-backbone-taxonomy-reveals-dark-taxa-fungi

Gramelsberger, G. & Müller, M. 2018. Datengetriebene Forschung. Ein Beitrag aus wissenschaftlicher Perspektive. Forschung & Lehre 9/2018: 758-760. – https://www.wissenschaftsmanagement-online.de/beitrag/datengetriebene-forschung-ein-beitrag-aus-wissenschaftsreflexiver-perspektive-9347

Hodson, J. et al. 2018. FAIR Data Action Plan. Interim recommendations and actions from the European Commission Expert Group on FAIR data. – https://doi.org/10.5281/zenodo.1285290

Hodson, J. et al. 2018. Turning FAIR data into reality. Interim report of the European Commission Expert Group on FAIR data. – https://doi.org/10.5281/zenodo.1285272

Mons, B., Neylon, C., Velterop, J., Dumontier, M., Bonino da Silva Santos, L. O. & Wilkinson, M. D. 2017. Cloudy, increasingly FAIR; revisiting the FAIR Data guiding principles for the European Open Science Cloud. Information Services & Use 37(1): 49-56. DOI: 10.3233/ISU-170824, (download)

Sansone, S.-A., McQuilton, P., Rocca-Serra, P., Gonzalez-Beltran, A., Izzo, M., Lister, A. & Thurston, M. 2018. FAIRsharing: working with and for the community to describe and link data standards, repositories and policies. BioRxiv. doi.org/10.1101/245183> (preprint, not been peer-reviewed)

Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – doi:10.3897/mycokeys.5.4302 download

Triebel, D., Reichert, W., Bosert, S., Feulner, M., Osieko Okach, D., Slimani, A. & Rambold, G. 2018. A generic workflow for effective sampling of environmental vouchers with UUID assignment and image processing. – Database, 2018 (Article ID bax096), 1–10. – https://doi.org/10.1093/database/bax096

White, E. P., Baldridge, E., Brym, Z. T., Locey, K. J., McGlinn, D. J., Supp, S. R. 2013. Nine simple ways to make it easier to (re)use your data. – Ideas Ecol. Evol. 6(2): 1-10. doi:10.4033/iee.2013.6b.6.f. download.

Wilkinson, M. D. et al. 2016. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. – Sci. Data 3:160018 doi: 10.1038/sdata.2016.18. – (https://www.nature.com/articles/sdata201618). download

Siehe auch 32. und 34. DWB Workshop hier. Beide Workshops behandelten Themen zu DWB-DD.

 

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