→ UPCOMING WORKSHOPS

36. Diversity Workbench Workshop am IT-Zentrum der SNSB#

Thema: Allgemeine Einführung in die Diversity Workbench Datenbank-Suite (=DWB); Schwerpunkt: Datenmanagement und Interoperabilität.

An der Organisation und Durchführung des Workshops beteiligtes Team

• Dagmar Triebel, Anton Link, Wolfgang Reichert, Tanja Weibulat, Markus Weiss

Organisatorisches#

• Die Teilnehmerzahl ist begrenzt. Melden Sie sich bitte an. ​

• Ansprechpartner (Anreise, Anmeldung etc.): T. Weibulat (GFBio e.V.)

• Ort: Botanische Staatssammlung München, Menzinger Str. 67, 1. Stock, Zi 138

• Anreise
  • vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 17 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das Tram- und Metrobusnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
  • vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 20 min): Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Details zeigt das Tram- und Metrobusnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.

• Zeit: 14.12.2018, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.00 Uhr
• Mittagspause: ca. 12.30 Uhr bis 13.15 Uhr
• Kaffeepause: ca. 15.15 Uhr bis 15.30 Uhr

• Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert)

(um einen Unkostenbeitrag von € 15 wird gebeten)

Arbeitsprogramm#

Thema ist das Management von Daten im Bereich Sammlungsverwaltung, Biodiversitätsforschung, Monitoringprojekten und Georeferenzierung. Dabei werden Fragen der Interoperabiliät und des Datenaustauschs behandelt, besonders mit Bezug zu GFBio. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. Neben dem Arbeiten am Laptop wird auch die Dateneingabe über ein Smartphone mit der "DiversityMobile"-App demonstriert.

• 10.00 Uhr Diversity Workbench – Einführung (D. Triebel)
• 10.30 Uhr Einführung in und Arbeiten mit "DiversityCollection" (=DC), siehe auch DC manual unter DWB user manuals (M. Weiss)
• 12.00 Uhr Kurze Vorstellung der Möglichkeiten mobiler Datenerfassung mit der DWB, mit Schwerpunkt auf "DiversityMobile" (T. Weibulat)
• 12.30 Uhr Mittagspause
• 13.15 Uhr DiversityCollection: vereinfachtes Datenmanagement und Daten-Pipelines (M. Weiss)
  • Arbeiten mit DC-Spreadsheet
  • Demo von Import- und Export-Möglichkeiten
  • DC-Datenfluss über BioCASe-Provider-Software bis zu Anbindung von Datenbeständen an GBIF und GFBio
• 14.30 Uhr Arbeiten mit "DiversityDescriptions" am Beispiel morphologisch-anatomischer Beschreibungen von Organismen (A. Link)
• 15.15 Uhr Kaffeepause
• 15.30 Uhr Arbeiten mit dem "DiversityGISeditor" zur Erzeugung von Geo-Daten (W. Reichert)
• 16.00 Uhr Demo "DiversitySamplingPlots" und "DiversityGazetteers" zum Management und zur Verwendung von Geo-Daten (W. Reichert)
• 16.20 Uhr Demo von "DiversityProjects" und "DiversityTaxonNames" mit Bezug zu GFBio (T. Weibulat, M. Weiss)
• 17.00 Uhr Ende

Diversity Workbench Entwickler Plattform#

• DWB Support und training materials
• Diversity Workbench Information Models
• Diversity Workbench Software
• DiversityMobile App on Windows Phone Store
• Empfehlungen für Software-Entwickler
• DWB User Manuals with DWB Video Tutorials in German

Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken#

• IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
• Port: 5432
• SQL-Server authentification
  • User: WORKSHOP
  • Password: available on request

Diversity Workbench – empfohlen von DFG und GFBio#

DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE

GFBio recommended research data management mit DWB in 10 questions

GFBio guided research data submission mit DWB

Dienste des SNSB IT Center in seiner Rolle als GFBio Datenzentrum, GBIF Data Publisher und CETAF Data Provider#

• Archivierung and Publikation von Bio- und Geodiversitätsforschungsdaten, siehe Portfolios der GFBio Data Centers und Profile des Data Center SNSB

• DWB BioCASe Data pipelines und RDF services with overview on occurrence datasets published via SNSB

Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile#

• DWB Netzwerk an den SNSB

• MOD-CO Projekt mit MOD-CO Schema und Use Cases für das MOD-CO Schema (im Aufbau)

• DiversityMobile – Smartphone App (WindowsPhone) als Teil einer Forschungsumgebung (IBF)

• Flora von Bayern
  • aus DWB Daten dynamisch erzeugte Verbreitungskarten für in Bayern vorkommende Farn- und Blütenpflanzen
  • DWB Datenfluss Grafiken (Version 2015)
  • DiversityMobile im Einsatz
  • DiversityGISeditor im Einsatz
  • DiversityTaxonNames im Einsatz

• Regionalised and Domain-specific Taxon Lists

GBOL Data Transfer Applications#

• Lims2Fims und Lims2Fims documentation

• sync gbol data und sync gbol data documentation

Literatur zum Workshop#

Dallmeier-Tiessen, S., Khodiyar, V., Murphy, F., Nurnberger, A., Raymond, L. & Whyte, A. 2017. Connecting Data Publication to the Research Workflow: A Preliminary Analysis, International Journal of Digital Curation (IJDC), Vol 12, No 1, 2017, doi.org/10.2218/ijdc.v12i1.533

David, J., Garrity, G.M., Greuter, W., Hawksworth, D. L., Jahn, R., Kirk, P. M., McNeill, J., Michel, E., Knapp, S., Patterson, D. J., Tindall, B. J., Todd, J. A., van Tol, J. & Turland, N. J. 2012. Biological nomenclature terms for facilitating communication in the naming of organisms. – ZooKeys 192: 67-72. https://zookeys.pensoft.net/article/2774/; doi: 10.3897/zookeys.192.3347; – https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3349063/

Diepenbroek, M., Glöckner, F., Grobe, P., Güntsch, A., Huber, R., König-Ries, B., Kostadinov, I., Nieschulze, J., Seeger, B.; Tolksdorf, R., & Triebel, D. 2014. Towards an Integrated Biodiversity and Ecological Research Data Management and Archiving Platform: The German Federation for the Curation of Biological Data (GFBio). – In: Plödereder, E., Grunske, L., Schneider, E. & Ull, D. (eds): Informatik 2014 – Big Data Komplexität meistern. GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) – Proceedings 232: 1711-1724. Köllen Verlag, Bonn.

Gehring, P. 2018. Viele Fronten. Forschungsdatenmanagement als Ermöglichungspolitik. Forschung & Lehre 9/2018: 754-756. – https://www.forschung-und-lehre.de/viele-fronten-985/

GBIF News 2018. Adding-sequence-based-identifiers-to-backbone-taxonomy-reveals-dark-taxa-fungi. – https://www.gbif.org/news/2LrgV5t3ZuGeU2WIymSEuk/adding-sequence-based-identifiers-to-backbone-taxonomy-reveals-dark-taxa-fungi

Gramelsberger, G. & Müller, M. 2018. Datengetriebene Forschung. Ein Beitrag aus wissenschaftlicher Perspektive. Forschung & Lehre 9/2018: 758-760. – https://www.wissenschaftsmanagement-online.de/beitrag/datengetriebene-forschung-ein-beitrag-aus-wissenschaftsreflexiver-perspektive-9347

Hodson, J. et al. 2018. FAIR Data Action Plan. Interim recommendations and actions from the European Commission Expert Group on FAIR data. – https://doi.org/10.5281/zenodo.1285290

Hodson, J. et al. 2018. Turning FAIR data into reality. Interim report of the European Commission Expert Group on FAIR data. – https://doi.org/10.5281/zenodo.1285272

Mons, B., Neylon, C., Velterop, J., Dumontier, M., Bonino da Silva Santos, L. O. & Wilkinson, M. D. 2017. Cloudy, increasingly FAIR; revisiting the FAIR Data guiding principles for the European Open Science Cloud. Information Services & Use 37(1): 49-56. DOI: 10.3233/ISU-170824, (download)

Rambold, G., Yilmaz, P., Harjes, J., Link, A., Glöckner, F.O. & Triebel, D. 2018. MOD-CO schema – a conceptual schema for processing sample data in meta’omics research (version 1.0). http://mod-co.net/wiki/MOD-CO_Schema_Reference.

Roche, D. G., Kruuk, L. E. B., Lanfear, R., & Binning, S. A. 2015. Public Data Archiving in Ecology and Evolution: How Well Are We Doing? – PLoS Biol 13(11): e1002295.

Sansone, S.-A., McQuilton, P., Rocca-Serra, P., Gonzalez-Beltran, A., Izzo, M., Lister, A. & Thurston, M. 2018. FAIRsharing: working with and for the community to describe and link data standards, repositories and policies. BioRxiv. doi.org/10.1101/245183> (preprint, not been peer-reviewed)

Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – doi:10.3897/mycokeys.5.4302 download

Triebel, D., Reichert, W., Bosert, S., Feulner, M., Osieko Okach, D., Slimani, A. & Rambold, G. 2018. A generic workflow for effective sampling of environmental vouchers with UUID assignment and image processing. – Database, 2018 (Article ID bax096), 1–10; see doi/10.1093/database/bax096/4797113

White, E. P., Baldridge, E., Brym, Z. T., Locey, K. J., McGlinn, D. J., Supp, S. R. 2013. Nine simple ways to make it easier to (re)use your data. – Ideas Ecol. Evol. 6(2): 1-10. doi:10.4033/iee.2013.6b.6.f. download.

Wilkinson, M. D. et al. 2016. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. – Sci. Data 3:160018 doi: 10.1038/sdata.2016.18. – (https://www.nature.com/articles/sdata201618). download