DivWorkbenchWorkshop_34

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34. Diversity Workbench Workshop am IT-Zentrum der SNSB#

Thema: DWB Werkzeuge für ökologisch arbeitende Forschungsgruppen und -projekte

 

Im Workshop werden Szenarien mit Bezug zu GFBio, MOD-CO und ARAMOB adressiert.

 

An der Organisation und Durchführung des Workshops beteiligtes Team

 

Anmerkung: Interessenten an der DWB-Datenbank DiversityCollection und anderen DWB Applikationen wie DiversityTaxonNames und DiversityGisEditor können sich für einen nächsten Workshop, Mitte 2018, anmelden.

 

Organisatorisches#

 

(um einen Unkostenbeitrag von € 15 wird gebeten)

Arbeitsprogramm#

Thema ist das Management von Daten mit DWB Werkzeugen für ökologisch arbeitende Forschungsgruppen und -projekte. Dabei werden auch Fragen der Interoperabiliät und des Datenaustauschs behandelt. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. Neben dem Arbeiten am Laptop wird auch die Dateneingabe über ein Smartphone mit der DiversityMobile-App demonstriert.

 

 

 

Teilnehmer Institut Fachgebiet
Sönke Birk Nationalpark Schwarzwald Freudenstadt Geodatenmanagement
Wolfgang Diewald Botanische Staatssammlung München und SNSB IT Center Botanik
Christoph Dreiser Nationalpark Schwarzwald Freudenstadt Umweltmonitoring und Geodatenmanagement
Asli Ekizoglu Ruhr-Universität Bochum Geobotanik
Janno Harjes Universität Bayreuth Mykologie
Hubert Höfer Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe Zoologie
Martin Kemler Ruhr-Universität Bochum Geobotanik
Daniel Osieko Okach Universität Bayreuth Pflanzenökologie
Anke Penzlin Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung Frankfurt Biodiversitätsinformatik
Silke Petri Nationalpark Schwarzwald Freudenstadt Informatik
Florian Raub Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe Zoologie
Tanja Rollnik Ruhr-Universität Bochum Geobotanik
Carolin Schieren Ruhr-Universität Bochum Geobotanik
Moritz Schröder Ruhr-Universität Bochum Geobotanik
Karthik Shanmugam Universität Bayreuth Mykologie
Ingo Wendt Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart Zoologie

 

 

Diversity Workbench Entwickler Plattform#

Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken#

 

Diversity Workbench – empfohlen von DFG und GFBio#

DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE

GFBio recommended research data management und GFBio guided research data submission mit Diversity Workbench

 

Dienste des SNSB IT Center in seiner Rolle als GFBio Datenzentrum#

 

Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile#

 

GBOL Data Transfer Applications#

 

Literatur zum Workshop#

ARPHA Writing tool under https://arpha.pensoft.net/ and http://arphahub.com/; import of species descriptions via XML/API?

Dallmeier-Tiessen, S., Khodiyar, V., Murphy, F., Nurnberger, A., Raymond, L. &Whyte, A. (2017). Connecting Data Publication to the Research Workflow: A Preliminary Analysis, International Journal of Digital Curation (IJDC), Vol 12, No 1, 2017, doi.org/10.2218/ijdc.v12i1.533

Diederich, J. 1997: Basic properties for biological databases: Character development and support. 25(10): 109-127. https://doi.org/10.1016/S0895-7177(97)00078-2. download

Diepenbroek, M., Glöckner, F., Grobe, P., Güntsch, A., Huber, R., König-Ries, B., Kostadinov, I., Nieschulze, J., Seeger, B.; Tolksdorf, R., & Triebel, D. 2014. Towards an Integrated Biodiversity and Ecological Research Data Management and Archiving Platform: The German Federation for the Curation of Biological Data (GFBio). – In: Plödereder, E., Grunske, L., Schneider, E. & Ull, D. (eds): Informatik 2014 – Big Data Komplexität meistern. GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) – Proceedings 232: 1711-1724. Köllen Verlag, Bonn.

Hagedorn, G. 2008/2007. Structuring descriptive data of organisms – Requirement analysis and information models. – Dissertation, Universität Bayreuth. – 1–417. download

Jablonski, S., Kehl, A., Neubacher, D., Poschlod, P., Rambold, G., Schneider, T., Triebel, D., Volz, B. & Weiss, M. 2009. DiversityMobile – Mobile data retrieval platform for biodiversity research projects. – In Fischer, S., Maehle, E. & Reischuk, R. (eds.), Informatik 2009 – Im Focus das Leben. Beiträge der 39. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e. V. (GI). GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) - Proceedings 154: 27, 610–624. download

Mons, B., Neylon, C., Velterop, J., Dumontier, M., Bonino da Silva Santos, L. O. & Wilkinson, M. D. 2017. Cloudy, increasingly FAIR; revisiting the FAIR Data guiding principles for the European Open Science Cloud. Information Services & Use 37(1): 49-56. DOI: 10.3233/ISU-170824, (download)

Rambold, G., Elix, J. A., Heindl-Tenhunen, B., Köhler, T., Nash III, T. H., Neubacher, D., Reichert, W., Zedda, L. & Triebel, D. 2014. LIAS light – Towards the ten thousand species milestone. – MycoKeys 8 : 11–16. doi: 10.3897/mycokeys.8.6605 download.

Rambold, G., Yilmaz, P., Harjes, J., Link, A., Glöckner, F.O. & Triebel, D. 2018. MOD-CO schema – a conceptual schema for processing sample data in meta’omics research (version 1.0). http://mod-co.net/wiki/MOD-CO_Schema_Reference.

Rambold, G., Zedda, L., Coyle, J., Peršoh, D., Köhler, T., Triebel, D. 2016. Geographic heat maps of lichen traits derived by combining LIAS light description and GBIF occurrence data, provided on a new platform. – Biodiversity and Conservation 25(13): 2743–2751. (doi:10.1007/s10531-016-1199-2).

Roche, D. G., Kruuk, L. E. B., Lanfear, R., & Binning, S. A. 2015. Public Data Archiving in Ecology and Evolution: How Well Are We Doing? – PLoS Biol 13(11): e1002295.

Sansone, S.-A., McQuilton, P., Rocca-Serra, P., Gonzalez-Beltran, A., Izzo, M., Lister, A. & Thurston, M. (2018). FAIRsharing: working with and for the community to describe and link data standards, repositories and policies. BioRxiv. doi.org/10.1101/245183> (preprint, not been peer-reviewed)

Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – doi:10.3897/mycokeys.5.4302 download

Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56.

Triebel, D., Reichert, W., Bosert, S., Feulner, M., Osieko Okach, D., Slimani, A. & Rambold, G. 2018. A generic workflow for effective sampling of environmental vouchers with UUID assignment and image processing. – Database, 2018 (Article ID bax096), 1–10; see doi/10.1093/database/bax096/4797113

White, E. P., Baldridge, E., Brym, Z. T., Locey, K. J., McGlinn, D. J., Supp, S. R. 2013. Nine simple ways to make it easier to (re)use your data. – Ideas Ecol. Evol. 6(2): 1-10. doi:10.4033/iee.2013.6b.6.f. download.

Wilkinson, M. D. et al. 2016. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. – Sci. Data 3:160018 doi: 10.1038/sdata.2016.18. – (https://www.nature.com/articles/sdata201618). download