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34. Diversity Workbench Workshop am IT-Zentrum der SNSB#

Thema: DWB Werkzeuge für ökologisch arbeitende Forschungsgruppen und -projekte

• Verwaltung von forschungsprojekt- und datensammlungs-bezogenen (Meta-)Daten mit DiversityProjects, Integration in GFBio Daten-Pipelines

• Projektarbeit und Datenerhebung im Gelände, verschiedene Workflows, a) mit DiversityImageInspector, b) mit DiversityMobile

• Projektarbeit und Management von ökologischen Traitdaten und phylogenetischen Merkmalsdaten mit DiversityDescriptions

• Projektarbeit und Datenmanagement im Labor mit DiversityDescriptions

• DiversityDescriptions als Werkzeug zur Entwicklung und Verwaltung von komplex strukturierten Konzept-Schemata

Im Workshop werden Szenarien mit Bezug zu GFBio, MOD-CO und ARAMOB adressiert.

An der Organisation und Durchführung des Workshops beteiligtes Team

• aus München: Dagmar Triebel, Anton Link, Wolfgang Reichert, Tanja Weibulat, Markus Weiss

• aus Bayreuth, UBT, Abt. Mykologie: Janno Harjes, Daniel Osieko Okach

• aus Karlsruhe, Museum für Naturkunde Florian Raub

• aus Stuttgart, Museum für Naturkunde, Abt. Entomologie Ingo Wendt

Anmerkung: Interessenten an der DWB-Datenbank DiversityCollection und anderen DWB Applikationen wie DiversityTaxonNames und DiversityGisEditor können sich für einen nächsten Workshop, Mitte 2018, anmelden.

Organisatorisches#

• Ansprechpartner (Anreise etc.): W. Reichert

• Ort: Botanische Staatssammlung München, Menzinger Str. 67, 1. Stock, Zi 138

• Anreise
  • vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 17 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das Innenraumnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
  • vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 20 min): Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Details zeigt das Innenraumnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.

• Zeit: 26.04.2018, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.00 Uhr
• Mittagspause: ca. 12.30 Uhr bis 13.15 Uhr
• Kaffeepause: ca. 15.00 Uhr bis 15.30 Uhr

• Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert)

(um einen Unkostenbeitrag von € 15 wird gebeten)

Arbeitsprogramm#

Thema ist das Management von Daten mit DWB Werkzeugen für ökologisch arbeitende Forschungsgruppen und -projekte. Dabei werden auch Fragen der Interoperabiliät und des Datenaustauschs behandelt. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. Neben dem Arbeiten am Laptop wird auch die Dateneingabe über ein Smartphone mit der DiversityMobile-App demonstriert.

• 10.00 Uhr Diversity Workbench – Einführung (D. Triebel)
• 10.30 Uhr Einführung in und Arbeiten mit DiversityProjects (=DP), Verwaltung von forschungsprojekt- und datensammlungs-bezogenen (Meta-)Daten; Vorbereitung von Datenpaketen (mit (Meta-)Daten aus DiversityProjects, DiversityCollection und anderen DWB-Modulen) für die Integration in GFBio Pipelines zur Datenpublikation (T. Weibulat, M. Weiss)
• 11.30 Uhr Vorstellung von ''DiversityImageInspector'' (W. Reichert, D. Osieko Okach)
• 12.00 Uhr Möglichkeiten mobiler Datenerfassung mit der DWB, mit Schwerpunkt auf DiversityMobile (T. Weibulat)
• 12.30 Uhr Mittagspause
• 13.15 Uhr DiversityDescriptions: Einführung (A. Link)
  • Konzept und Grundfunktionen
  • Demo von Import- und Export-Möglichkeiten
  • Beispiele aus Trainingsumgebung
• 14.30 Uhr ''DiversityDescriptions'': Projektarbeit und Management von ökologischen Traitdaten, Interaktion mit anderen DWB-Modulen (F. Raub)
• 15.00 Uhr Kaffeepause
• 15.30 Uhr DiversityDescriptions: Projektarbeit und Management von phylogenetischen Merkmalsdaten, Artbeschreibungen, interaktive Schlüssel, Publikationen (I. Wendt)
• 16.00 Uhr ''DiversityDescriptions'': Werkzeug zur Entwicklung und Verwaltung von komplex strukturierten Konzept-Schemata (J. Harjes, A. Link)
• 16.25 Uhr ''DiversityDescriptions'': Projektarbeit und Datenmanagement im Labor (J. Harjes, A. Link)
• 16.45 Uhr Diskussion
• 17.00 Uhr Ende

Diversity Workbench Entwickler Plattform#

• Training materials
• Diversity Workbench Information Models
• Diversity Workbench Software
• DiversityMobile App on Windows Phone Store
• Empfehlungen für Software-Entwickler
• DWB User Manuals

Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken#

• IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
• Port: 5432
• SQL-Server authentification
  • User: WORKSHOP
  • Password: available on request

Diversity Workbench – empfohlen von DFG und GFBio#

DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE

GFBio recommended research data management und GFBio guided research data submission mit Diversity Workbench

Dienste des SNSB IT Center in seiner Rolle als GFBio Datenzentrum#

• Archivierung and Publikation von Bio- und Geodiversitätsforschungsdaten, siehe Portfolios der GFBio Data Centers und Profile des Data Center SNSB

Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile#

• DWB Netzwerk an den SNSB

• MOD-CO Projekt mit MOD-CO Schema und Use Cases für das MOD-CO Schema (im Aufbau)

• DiversityMobile – Smartphone App (WindowsPhone) als Teil einer Forschungsumgebung (IBF)

• Flora von Bayern
  • aus DWB Daten dynamisch erzeugte Verbreitungskarten für in Bayern vorkommende Farn- und Blütenpflanzen
  • DWB Datenfluss Grafiken (Version 2015)
  • DiversityMobile im Einsatz
  • DiversityGISeditor im Einsatz

GBOL Data Transfer Applications#

• Lims2Fims und Lims2Fims documentation

• sync gbol data und sync gbol data documentation

Literatur zum Workshop#

ARPHA Writing tool under https://arpha.pensoft.net/ and http://arphahub.com/; import of species descriptions via XML/API?

Dallmeier-Tiessen, S., Khodiyar, V., Murphy, F., Nurnberger, A., Raymond, L. &Whyte, A. (2017). Connecting Data Publication to the Research Workflow: A Preliminary Analysis, International Journal of Digital Curation (IJDC), Vol 12, No 1, 2017, doi.org/10.2218/ijdc.v12i1.533

Diederich, J. 1997: Basic properties for biological databases: Character development and support. 25(10): 109-127. https://doi.org/10.1016/S0895-7177(97)00078-2. download

Diepenbroek, M., Glöckner, F., Grobe, P., Güntsch, A., Huber, R., König-Ries, B., Kostadinov, I., Nieschulze, J., Seeger, B.; Tolksdorf, R., & Triebel, D. 2014. Towards an Integrated Biodiversity and Ecological Research Data Management and Archiving Platform: The German Federation for the Curation of Biological Data (GFBio). – In: Plödereder, E., Grunske, L., Schneider, E. & Ull, D. (eds): Informatik 2014 – Big Data Komplexität meistern. GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) – Proceedings 232: 1711-1724. Köllen Verlag, Bonn.

Hagedorn, G. 2008/2007. Structuring descriptive data of organisms – Requirement analysis and information models. – Dissertation, Universität Bayreuth. – 1–417. download

Jablonski, S., Kehl, A., Neubacher, D., Poschlod, P., Rambold, G., Schneider, T., Triebel, D., Volz, B. & Weiss, M. 2009. DiversityMobile – Mobile data retrieval platform for biodiversity research projects. – In Fischer, S., Maehle, E. & Reischuk, R. (eds.), Informatik 2009 – Im Focus das Leben. Beiträge der 39. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e. V. (GI). GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) - Proceedings 154: 27, 610–624. download

Mons, B., Neylon, C., Velterop, J., Dumontier, M., Bonino da Silva Santos, L. O. & Wilkinson, M. D. 2017. Cloudy, increasingly FAIR; revisiting the FAIR Data guiding principles for the European Open Science Cloud. Information Services & Use 37(1): 49-56. DOI: 10.3233/ISU-170824, (download)

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Rambold, G., Yilmaz, P., Harjes, J., Link, A., Glöckner, F.O. & Triebel, D. 2018. MOD-CO schema – a conceptual schema for processing sample data in meta’omics research (version 1.0). http://mod-co.net/wiki/MOD-CO_Schema_Reference.

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