DivWorkbenchWorkshop_33
Your trail: 

→ UPCOMING WORKSHOPSContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png

33. Diversity Workbench Workshop am IT-Zentrum der SNSBContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png#

Thema: Allgemeine Einführung in die Diversity Workbench Datenbank-Suite (=DWB); Schwerpunkt: Nachhaltiges Datenmanagement, Archivierung und Datenpublikation mit Bezug zu German Federation for Biological Data (GFBio)Content unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png und GBIF.

An der Organisation und Durchführung des Workshops beteiligtes Team: D. TriebelContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png, A. LinkContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png, W. ReichertContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png, T. WeibulatContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png, M. WeissContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png

Anmerkung: Die DWB-Datenbank "DiversityDescriptions" wird in einem separaten von GFBio veranstalteten Workshop Anfang 2018 vorgestellt.

Organisatorisches #

  • Ansprechpartner (Anreise etc.): T. WeibulatContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png.
  • Anreise
    • vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des SchnellbahnnetzesContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 12 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das Innenraumnetz MünchenContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png und die MVV FahrplanauskunftContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png.
    • vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 20 min): Ab Hauptbahnhof mit der U-Bahn (U1, U7) Richtung Rotkreuzplatz bzw. Olympia-Einkaufszentrum. Die U-Bahn fährt alle 5-10 min. Aussteigen an der Haltestelle Rotkreuzplatz (Ausgang in Fahrtrichtung nehmen). Ab Rotkreuzplatz umsteigen in Tramlinie 12 (Tram 12 Haltestelle Volkartstraße, Richtung Amalienburgstraße). Aussteigen an Haltestelle Botanischer Garten; siehe auch MVV FahrplanauskunftContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png.
  • Zeit: 26.10.2017, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.00 Uhr
  • Mittagspause: ca. 12.30 Uhr bis 13.15 Uhr
  • Kaffeepause: ca. 15.00 Uhr bis 15.15 Uhr
  • Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert)

(um einen Unkostenbeitrag von € 15 wird gebeten)

Arbeitsprogramm#

Thema ist das Management von Daten im Bereich Sammlungsverwaltung, Biodiversitätsforschung, Monitoringprojekten und Georeferenzierung. Dabei werden Fragen der Interoperabiliät und des Datenaustauschs behandelt und auf die Service-Typen in den GFBio Portfolios der Forschungsdatenzentren mit DWB-Installationen bezuggenommen. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. Neben dem Arbeiten am Laptop wird auch die Dateneingabe über ein Smartphone mit der "DiversityMobile"-App demonstriert.

  • 10.00 Uhr Diversity Workbench – EinführungContent unavailable! (broken link)(info) (D. Triebel)
  • 10.30 Uhr Einführung in und Arbeiten mit "DiversityCollection" (=DC), siehe auch DC manual unter DWB user manualsContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png (M. Weiss)
  • 12.00 Uhr Kurze Vorstellung der Möglichkeiten mobiler Datenerfassung mit der DWBContent unavailable! (broken link)(info), mit Schwerpunkt auf "DiversityMobile" (T. Weibulat)
  • 12.30 Uhr Mittagspause
  • 13.15 Uhr DiversityCollection: vereinfachtes Datenmanagement und Daten-Pipelines (M. Weiss)
    • Arbeiten mit dem neu implementierten DC-Spreadsheet
    • Demo von Import- und Export-Möglichkeiten
    • DWB-Datenfluss bis zur Darstellung von Monitoring-Daten der Flora von Bayern im Bayernflora-Portal
    • DWB-Datenfluss über BioCASe-Provider-Software bis zu Anbindung von Datenbeständen an GBIF und GFBio
  • 14.30 Uhr Arbeiten mit dem "DiversityGISeditor" zur Erzeugung von Geo-Daten (W. Reichert)
  • 15.15 Uhr Kaffeepause
  • 15.30 Uhr Demo "DiversitySamplingPlots" und "DiversityGazetteers" zum Management und zur Verwendung von Geo-Daten (W. Reichert)
  • 15.50 Uhr Arbeiten mit "DiversityProjects" und "DiversityTaxonNames" mit Bezug zu GFBio (M. Weiss)
  • 16.50 Uhr Demo der neuen DWB-Applikation "DiversityImageInspector" (W. Reichert)
  • 17.00 Uhr Ende

Teilnehmer Institut Fachgebiet
Christiane Dalitz Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart Botanik (Sammlungsmanagement)
Wolfgang Diewald Botanische Staatssammlung München und SNSB IT Center, München Flora von Bayern
Diane Falkenberg Botanische Staatssammlung München Bryologie, Lichenologie, Mykologie, Phykologie (Sammlungsmanagement)
Milan Pallmann Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart Zoologie (Entomologie; Sammlungsmanagement)
Dieter Prokop SNSB IT Center, München Biodiversitätsinformatik
Alexander Rockinger Ludwig-Maximilians-Universität München Botanik
Anette Rosenbauer Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart Botanik (Sammlungsmanagement)
Tanja Schweizer Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart Zoologie (Entomologie; Sammlungsmanagement)
Holger Thüs Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart Bryologie, Lichenologie, Mykologie, Phykologie (Sammlungsmanagement)
Ingo Wendt Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart Zoologie (Entomologie, ARAMOB-Projekt)

Diversity Workbench Entwickler Plattform#

Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken#

  • IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
  • Port: 5432
  • SQL-Server authentification
    • User: WORKSHOP
    • Password: available on request

Diversity Workbench – empfohlen von DFG und GFBio#

DFG RISourcesContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png mit Diversity Workbench – Text DEContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png

GFBio recommended research data managementContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png und GFBio guided research data submissionContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png mit Diversity Workbench

Dienste des SNSB IT Center in seiner Rolle als GFBio Datenzentrum#

  • Archivierung and Publikation von Bio- und Geodiversitätsforschungsdaten, siehe Portfolios der GFBio Data CentersContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png und Profile des Data Center SNSBContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png

GBOL Data Transfer Applications#

  • Lims2FimsContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png und Lims2Fims documentationContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png
  • sync gbol dataContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png und sync gbol data documentationContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png

Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile#

  • DiversityMobileContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png – Smartphone App (WindowsPhone) als Teil einer Forschungsumgebung (IBFContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png)

Daten in DiversityCollection online#

  • via GBIF Portal, z. B. GBIF Data Publisher SNSBContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png
  • via BFL-Datenportal (BIB)Content unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png, BiNHum (prototype)Content unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png, BioCASE EuropeContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png, EDIT PortalContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png, GBOL DatenportalContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png, GFBioContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png, INCT/HVContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png, JSTOR-GPIContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png, VH/deContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png
  • 48 BioCase-Wrapper DiensteContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png am SNSB IT Center
  • 10 Webschnittstellen at the SNSBContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png mit Zugriff auf Daten via DiversityCollectionCache
  • andere Web-Schnittstellen, z. B., über GBOL

Daten in DiversityTaxonNames online#

  • via GBIF Checklist Publikationen (DwC) über den GBIF Data Publisher SNSBContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png
  • via Webschnittstellen und SOAP/REST Webdienste mit Zugriff auf DTN Datenbanken:
    • LIAS namesContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png
    • Melastomataceae.NetContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png

Daten in DiversityExsiccatae online#

  • via IndExsContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png

Literatur zum Workshop#

Bik, H. M. 2017. Let’s rise up to unite taxonomy and technology. PLoS Biol15(8): e2002231. (https://doi.org/10.1371/journal.pbio.2002231Content unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png) .

Chapman, A. D. 2005. Principles and Methods of Data Cleaning – Primary Species and Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 72 pp. downloadContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png

Chapman, A. D. 2005. Principles of Data Quality. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 58 pp. downloadContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png

Chapman, A. D. 2005. Uses of Primary Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 106 pp. downloadContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png

Chapman, A. D. & Grafton, O. 2008. Guide to Best Practices for Generalising Sensitive Species Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 21 pp. downloadContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png

Chapman, A. D. & Wieczorek, J. 2006 (eds.). Biogeomancer, Guide to Best Practices in Georeferencing. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 80 pp. downloadContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png

Frazier, C. K., Wall, J. & Grant, S. 2008. Initiating a Natural History Collection Digitisation Project, version 1.0. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 75 pp. downloadContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png

Gray, J., Liu, D. T., Nieto-Santisteban, M., Szalay, A. S., DeWitt, D. & Heber, G. 2005. Scientific Data Management in the Coming Decade. – Technical Report MSR-TR-2005-10. – 8 pp. downloadContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png

Hagedorn, G. 2008/2007. Structuring descriptive data of organisms – Requirement analysis and information models. – Dissertation, Universität Bayreuth. – 1–417. downloadContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png

Jablonski, S., Kehl, A., Neubacher, D., Poschlod, P., Rambold, G., Schneider, T., Triebel, D., Volz, B. & Weiss, M. 2009. DiversityMobile – Mobile data retrieval platform for biodiversity research projects. – In Fischer, S., Maehle, E. & Reischuk, R. (eds.), Informatik 2009 – Im Focus das Leben. Beiträge der 39. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e. V. (GI). GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) - Proceedings 154: 27, 610–624. downloadContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png

Rambold, G., Elix, J. A., Heindl-Tenhunen, B., Köhler, T., Nash III, T. H., Neubacher, D., Reichert, W., Zedda, L. & Triebel, D. 2014. LIAS light – Towards the ten thousand species milestone. – MycoKeys 8 : 11–16. doi: 10.3897/mycokeys.8.6605Content unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png downloadContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png.

Rambold, G., Zedda, L., Coyle, J., Peršoh, D., Köhler, T., Triebel, D. (2016). Geographic heat maps of lichen traits derived by combining LIAS light description and GBIF occurrence data, provided on a new platform. – Biodiversity and Conservation 25(13): 2743–2751. (doi:10.1007/s10531-016-1199-2Content unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png).

Tegelberg, R., Mononen, T. & Saarenmaa, H. 2014. High-performance digitization of natural history collections: Automated imaging lines for herbarium and insect specimens. – Taxon 63(6): 1307–1313. – http://dx.doi.org/10.12705/636.13Content unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png

Tewksbury, J. et al. 2014. Natural History’s Place in Science and Society. - BioScience, biu032. downloadContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png

Triebel, D. 2009. Pilzherbarien – Neue Aufgaben im Bereich Biodiversitätsinformatik und Datenmanagement. – In Anonymous (ed.), Rundgespräche der Kommission für Ökologie, herausgegeben von der Bayerischen Akademie der Wissenschaften, Band 37: Ökologische Rolle von Pilzen. – 131–145. München. downloadContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png

Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – doi:10.3897/mycokeys.5.4302Content unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png downloadContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png

Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56.

Triebel, D., Weibulat, T. & Bensch, K. 2014. Sammlungsschätze online – Schritte zur Virtuellen Naturhistorischen Sammlung. – Natur im Museum. – Mitteilungen der Fachgruppe Naturwissenschaftliche Museen im Deutschen Museumsbund 4: 31–35. downloadContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png.

Walls, R. L. et al. 2014. Semantics in Support of Biodiversity Knowledge Discovery: An Introduction to the Biological Collections Ontology and Related Ontologies – PLOS ONE 9(3): 1–13. downloadContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png

Wieczorek, J., Guo, Q. & Hijmans, R. J. 2004. The point-radius method for georeferencing locality descriptions and calculating associated uncertainty. Int. J. Geographical Information Science 18(8): 747–767 downloadContent unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png

Papers "Towards a global strategy and action plant for discovery and publishing of natural history collections data"Content unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png – 2010#

Papers on a GBIF-supported "Data publishing framework for primary biodiversity data"Content unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png – 2011#

Papers on "Mass digitization of natural history collections"Content unavailable! (broken link)http://snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/images/out.png – 2012#

This page (revision-1) was last changed on 30-Oct-2017 12:30 by UnknownAuthor Top

Content unavailable! (broken link)snsb it center
JSPWiki v2.10.3
×