Thema: Einführung in die Diversity Workbench; Management von Beobachtungsdaten in Projekten zum Artenmonitoring; DWB als Teil von GFBio und NFDI4BioDiversity
Es wird das langfristige Management von Forschungsdaten aus Artenmonitoringprojekten behandelt wie es unter Mitwirkung von Fachgesellschaften, Kennern der heimischen Flora und Fauna sowie Behörden wie Umweltämtern durchgeführt wird. Adressiert wird dabei die Verwaltung von Daten zum Auftreten und Abundanz von Organismen, deskriptive Daten z.B. aus dem Bereich amtlicher Naturschutz wie der Rote-Liste-Status, Daten aus (regionaler) Literatur und historischen Aufzeichnungen, sowie die Verwaltung von Daten aus Taxonomien, wissenschaftlichen Terminologien/ Ontologien und zu Geoobjekten. Dabei werden Fragen der Interoperabiliät, des Datenaustauschs, der Standardisierung sowie der Repräsentation der Daten über Open Access-Portale behandelt. Der Workshop wird zusammen mit der German Federation for Biological Data (GFBio) und unter Einbeziehung von Anwendungsfällen des NFDI Konsortiums NFDI4BioDiversity durchgeführt. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen DiversityAgents, DiversityCollection, DiversityScientificTerms, DiversityTaxonNames in einer Trainingsdatenbank selbständig zu arbeiten. Verschiedene Vorträge und Demos verdeutlichen den vielfältigen und flexiblen Einsatz der Software.
An der Vorbereitung und Durchführung des Workshops beteiligtes Team
27. April 2021
28. April 2021
Teilnehmer | Institut | Fachgebiet |
---|---|---|
Maximilian Albrecht | Zentralmagazin Naturwissenschaftlicher Sammlungen (ZNS) der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg | Geologie, Paläontologie |
Ditta Amran Balke | Zoologische Staatssammlung München, SNSB | Entomologie |
Jörg Brünecke | Helmholtz-Zentrum für Umweltforschung GmbH (UFZ) | Biozönoseforschung, NFDI4BioDiversity |
Zuzana Deisenhofer | IT-Abteilung der Stadt Göppingen | Informatik |
Barbara Ebert | GFBio e.V. | NFDI4BioDiversity |
Christina Ifrim | Jura-Museum Eichstätt, SNSB | Paläontologie |
Birgit Klasen | Zoologisches Forschungsmuseum Alexander König, Bonn | GFBio, NFDI4BioDiversity |
Christian Kolb | Naturkundliches Museum Göppingen | Paläontologie |
Damaris Margaritis | Nationalpark Schwarzwald | Ökologisches Monitoring und Artenschutz |
Maria Meister | GFBio e.V. | Informatik, NFDI4BioDiversity |
Rudi Netzsch | Landesbund für Vogelschutz (LBV), Starnberg | Botanik, Ornithologie |
Katja Neven | Zoologische Staatssammlung München, SNSB | Entomologie |
Carla Novoa | Botanische Staatssammlung München, SNSB | Botanik |
Ratu Ratna-Kania | Zoologische Staatssammlung München, SNSB | Entomologie |
Maura Renninger | Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart | Entomologie |
Robin Schmidt | Technische Universität Braunschweig | Zoologie |
Cornelia Straubinger | Nationalpark Bayerischer Wald | Botanik |
Camila Uribe-Holguin | Botanische Staatssammlung München, SNSB und Ludwig-Maximilians-Universität München | Botanik |
Finn Viehberg | Universität Greifswald und Staatliche Naturwissenschaftliche Sammlungen Bayerns | Zoologie, Paläontologie |
Judith Weber | Universität Bremen | GFBio, NFDI4BioDiversity |
Ingo Wendt | Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart | Entomologie |
Alexander Wietzke | Universität Kassel | Botanik, NFDI4BioDiversity |
DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE
GFBio recommended research data management mit DWB in 10 questions
GFBio guided research data submission mit DWB
Dallmeier-Tiessen, S., Khodiyar, V., Murphy, F., Nurnberger, A., Raymond, L. & Whyte, A. 2017. Connecting Data Publication to the Research Workflow: A Preliminary Analysis, International Journal of Digital Curation (IJDC), Vol 12, No 1, 2017, doi.org/10.2218/ijdc.v12i1.533
David, J., Garrity, G.M., Greuter, W., Hawksworth, D. L., Jahn, R., Kirk, P. M., McNeill, J., Michel, E., Knapp, S., Patterson, D. J., Tindall, B. J., Todd, J. A., van Tol, J. & Turland, N. J. 2012. Biological nomenclature terms for facilitating communication in the naming of organisms. – ZooKeys 192: 67-72. https://zookeys.pensoft.net/article/2774/; doi: 10.3897/zookeys.192.3347; – https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3349063/
Diepenbroek, M., Glöckner, F., Grobe, P., Güntsch, A., Huber, R., König-Ries, B., Kostadinov, I., Nieschulze, J., Seeger, B.; Tolksdorf, R., & Triebel, D. 2014. Towards an Integrated Biodiversity and Ecological Research Data Management and Archiving Platform: The German Federation for the Curation of Biological Data (GFBio). – In: Plödereder, E., Grunske, L., Schneider, E. & Ull, D. (eds): Informatik 2014 – Big Data Komplexität meistern. GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) – Proceedings 232: 1711-1724. Köllen Verlag, Bonn.
Gehring, P. 2018. Viele Fronten. Forschungsdatenmanagement als Ermöglichungspolitik. Forschung & Lehre 9/2018: 754-756. – https://www.forschung-und-lehre.de/viele-fronten-985/
GBIF News 2018. Adding-sequence-based-identifiers-to-backbone-taxonomy-reveals-dark-taxa-fungi. – https://www.gbif.org/news/2LrgV5t3ZuGeU2WIymSEuk/adding-sequence-based-identifiers-to-backbone-taxonomy-reveals-dark-taxa-fungi
Gramelsberger, G. & Müller, M. 2018. Datengetriebene Forschung. Ein Beitrag aus wissenschaftlicher Perspektive. Forschung & Lehre 9/2018: 758-760. – https://www.wissenschaftsmanagement-online.de/beitrag/datengetriebene-forschung-ein-beitrag-aus-wissenschaftsreflexiver-perspektive-9347
Hodson, J. et al. 2018. FAIR Data Action Plan. Interim recommendations and actions from the European Commission Expert Group on FAIR data. – https://doi.org/10.5281/zenodo.1285290
Hodson, J. et al. 2018. Turning FAIR data into reality. Interim report of the European Commission Expert Group on FAIR data. – https://doi.org/10.5281/zenodo.1285272
Mons, B., Neylon, C., Velterop, J., Dumontier, M., Bonino da Silva Santos, L. O. & Wilkinson, M. D. 2017. Cloudy, increasingly FAIR; revisiting the FAIR Data guiding principles for the European Open Science Cloud. Information Services & Use 37(1): 49-56. DOI: 10.3233/ISU-170824, (download)
Rambold, G., Yilmaz, P., Harjes, J., Link, A., Glöckner, F.O. & Triebel, D. 2018. MOD-CO schema – a conceptual schema for processing sample data in meta’omics research (version 1.0). http://mod-co.net/wiki/MOD-CO_Schema_Reference.
Rambold, G., Yilmaz, P., Harjes, J., Klaster, S., Sanz, V., Link, A., Glöckner, F. O., Triebel, D. 2019. Meta-omics data and collection objects (MOD-CO): A conceptual schema and data model for processing sample data in meta-omics research. – Database, 2019 (Article ID baz002), 1–13. (https://doi.org/10.1093/database/baz002 doi.org/10.1093/database/baz002). see https://academic.oup.com/database/article/doi/10.1093/database/baz002/5303972
Roche, D. G., Kruuk, L. E. B., Lanfear, R., & Binning, S. A. 2015. Public Data Archiving in Ecology and Evolution: How Well Are We Doing? – PLoS Biol 13(11): e1002295.
Sansone, S.-A., McQuilton, P., Rocca-Serra, P., Gonzalez-Beltran, A., Izzo, M., Lister, A. & Thurston, M. 2018. FAIRsharing: working with and for the community to describe and link data standards, repositories and policies. BioRxiv. doi.org/10.1101/245183> (preprint, not been peer-reviewed)
Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – doi:10.3897/mycokeys.5.4302 download
Triebel, D., Reichert, W., Bosert, S., Feulner, M., Osieko Okach, D., Slimani, A. & Rambold, G. 2018. A generic workflow for effective sampling of environmental vouchers with UUID assignment and image processing. – Database, 2018 (Article ID bax096), 1–10; see doi/10.1093/database/bax096/4797113
White, E. P., Baldridge, E., Brym, Z. T., Locey, K. J., McGlinn, D. J., Supp, S. R. 2013. Nine simple ways to make it easier to (re)use your data. – Ideas Ecol. Evol. 6(2): 1-10. doi:10.4033/iee.2013.6b.6.f. download.
Wilkinson, M. D. et al. 2016. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. – Sci. Data 3:160018 doi: 10.1038/sdata.2016.18. – (https://www.nature.com/articles/sdata201618). download