__ → [UPCOMING WORKSHOPS|http://www.snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/Wiki.jsp?page=UpcomingWorkshops]__

!! 38. Diversity Workbench Workshop am [IT-Zentrum der SNSB|http://www.snsb.info]

Thema: Allgemeine Einführung in die Diversity Workbench Datenbank-Suite (=DWB); Schwerpunkt: Datenmanagement und Interoperabilität.

An der Organisation und Durchführung des Workshops beteiligtes Team

* [Dagmar Triebel|mailto:triebel@snsb.de], [Anton Link|mailto:link@snsb.de], [Wolfgang Reichert|mailto:reichert@snsb.de], [Tanja Weibulat|mailto:tweibulat@gfbio.org], [Markus Weiss|mailto:weiss@snsb.de]

Der Workshop wird in Kooperation mit der __[German Federation for Biological Data (GFBio)|https://www.gfbio.org]__ veranstaltet.






!! Organisatorisches und Technisches

* Die Teilnehmerzahl ist begrenzt. __Melden Sie sich bitte an.__ ​

* Ansprechpartner (Anreise, Anmeldung etc.): [Wolfgang Reichert|mailto:reichert@snsb.de]

* Ort: [Botanische Staatssammlung München|http://www.botanischestaatssammlung.de], Menzinger Str. 67, 1. Stock, Zi 138

* Anreise
** vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die [Übersicht des Schnellbahnnetzes|https://www.mvv-muenchen.de/plaene-bahnhoefe/plaene/index.html]. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 17 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das [Tram- und Metrobusnetz München|https://www.mvv-muenchen.de/plaene-bahnhoefe/plaene/index.html] und die [MVV Fahrplanauskunft|https://www.mvv-muenchen.de/fahrplanauskunft/index.html].
** vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 30 min): Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Auf Grund von Bauarbeiten muss derzeit am Romanplatz in den Ersatzbus 17 umgestiegen werden. Details zeigt das [Tram- und Metrobusnetz München|https://www.mvv-muenchen.de/plaene-bahnhoefe/plaene/index.html] und die [MVV Fahrplanauskunft|https://www.mvv-muenchen.de/fahrplanauskunft/index.html].

* Zeit: __18.10.2019__, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.00 Uhr
* Mittagspause: ca. 12.30 Uhr bis 13.15 Uhr
* Kaffeepause: ca. 15.15 Uhr bis 15.30 Uhr
*__(um einen Unkostenbeitrag von € 15 wird gebeten)__ 
 

* __Hardware__: eigener Laptop (ab __MS Windows 7__; __.Net Framework 4.8 bitte vorab installieren!__ Mit dem aktuellsten Windows Update sollte .NET 4.8 bereits mitinstalliert sein.)

* __Im Workshop verwendete DWB Client-Software__
** [https://diversityworkbench.net/w/media/f/f6/DiversityAgentsSetup_4_1_0.zip]
** [https://diversityworkbench.net/w/media/f/f9/DiversityCollectionSetup_4_2_0.zip]
** [https://diversityworkbench.net/w/media/2/2b/DiversityDescriptionsSetup_4_1_0.zip]
** [https://diversityworkbench.net/w/media/9/90/DiversityGazetteersSetup_4_1_0.zip]
** [https://diversityworkbench.net/w/media/c/c5/DiversityGisEditorSetup_4_1_0.zip]
** [https://diversityworkbench.net/w/media/b/b4/DiversityProjectsSetup_4_1_0.zip]
** [https://diversityworkbench.net/w/media/2/29/DiversityReferencesSetup_4_0_1.zip]
** [https://diversityworkbench.net/w/media/8/89/DiversitySamplingPlotsSetup_4_1_0.zip]
** [https://diversityworkbench.net/w/media/1/15/DiversityScientificTermsSetup_4_1_0.zip]
** [https://diversityworkbench.net/w/media/6/60/DiversityTaxonNamesSetup_4_1_0.zip]

Teilnehmer die den Punkt

* 13.15 Uhr DiversityCollection: vereinfachtes Datenmanagement und Daten-Pipelines
** DC-Datenfluss über BioCASe-Provider-Software bis zu Anbindung von Datenbeständen an GBIF und GFBio

mitmachen wollen, sollten __Postgres__ auf ihren Rechnern installieren: [https://www.postgresql.org/download/windows/]
 

!! Arbeitsprogramm und Teilnehmer

Thema ist das Management von Daten im Bereich Sammlungsverwaltung, Biodiversitätsforschung, Monitoringprojekten und Georeferenzierung. Dabei werden Fragen der Interoperabiliät und des Datenaustauschs behandelt, besonders mit Bezug zur __German Federation for Biological Data__ ([GFBio|https://www.gfbio.org]). Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. Neben dem Arbeiten am Laptop wird auch die Dateneingabe über ein Smartphone mit der "DiversityMobile"-App demonstriert.

* 10.00 Uhr [Diversity Workbench – Einführung|Attachments/Triebel-DWBWorkshop-38_fin.pdf] (D. Triebel)
* 10.30 Uhr Einführung in und Arbeiten mit "DiversityCollection" (=DC), siehe auch DC manual unter [DWB user manuals|http://diversityworkbench.net/Portal/DWB_user_manuals] (M. Weiss)
** DC-Import aus Excel-files (Templates) [Video-Manual|http://media.snsb.info/Tutorials/DiversityCollection/Import/Wizard/Ueberblick.wmv]
** Label-Druck [Video-Manual|http://media.snsb.info/Tutorials/DiversityCollection/Export/Label/Uebersicht.wmv]
* 12.15 Uhr Kurze Vorstellung der [Möglichkeiten mobiler Datenerfassung mit der DWB|http://www.snsb.info/SNSBwiki/attach/Workshops/Weibulat_MobileDatenerfassung_DWB-Workshop_Short.pdf], mit Schwerpunkt auf "DiversityMobile" (T. Weibulat)
* 12.30 Uhr Mittagspause
* 13.15 Uhr DiversityCollection: vereinfachtes Datenmanagement und Daten-Pipelines (M. Weiss)
** Arbeiten mit DC-Spreadsheet [Video-Manual|http://media.snsb.info/Tutorials/DiversityCollection/Editing/Spreadsheet/Uebersicht.wmv]
** Demo von Export-Möglichkeiten [Video-Manual|http://media.snsb.info/Tutorials/DiversityCollection/Export/Wizard/ExportMitAssistent.wmv]
** DC-Datenfluss über BioCASe-Provider-Software bis zu Anbindung von Datenbeständen an GBIF und GFBio [Video-Manual|http://media.snsb.info/Tutorials/DiversityCollection/Export/CacheDatabase/Uebersicht.wmv]
* 14.30 Uhr Arbeiten mit "DiversityDescriptions" am Beispiel morphologisch-anatomischer Beschreibungen von Organismen, Demo von "DiversityReferences" (A. Link)
* 15.15 Uhr Kaffeepause
* 15.30 Uhr Arbeiten mit dem "DiversityGISeditor" zur Erzeugung von Geo-Daten (W. Reichert)
* 16.00 Uhr Demo "DiversitySamplingPlots" und "DiversityGazetteers" zum Management und zur Verwendung von Geo-Daten (W. Reichert)
* 16.20 Uhr Demo von "DiversityAgents", "DiversityProjects", "DiversityScientificTerms" und "DiversityTaxonNames" mit Bezug zu GFBio (D. Triebel, T. Weibulat, M. Weiss)
* 17.00 Uhr Ende

 
|| Teilnehmer || Institut || Fachgebiet
| Marc Appelhans | Universität Göttingen | Botanik
| Maria Aschauer | UMG - Umweltbüro Grabher, Bregenz | Umwelt
| Esther Dielissen | München | Biologie
| Karl Fickenscher | Deutsche Kakteen-Gesellschaft e. V. | Botanik
| Claudia Gruber | Institut für Vorderasiatische Archäologie, Ludwig-Maximilians-Universität München | Archäologie
| Ariane Grunz | IT-Zentrum der Staatlichen Naturwissenschaftlichen Sammlungen Bayerns | Informatik
| Eva-Maria Haiduk | Botanische Staatssammlung München and SNSB IT Center | Lichenologie, Informatik
| Angela Jandl | Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart | Informatik
| Renate Matzke-Karasz | Department of Earth and Environmental Sciences, Ludwig-Maximilians-Universität München (Kempf Database Ostracoda) | Zoologie (Ostracoda)
| Carla Novoa | Institut für Geobotanik, Leibniz Universität Hannover | Geobotanik
| Nadja Pöllath | Staatssammlung für Anthropologie und Paläoanatomie, München | Paläoanatomie
| Cornelia Straubinger | Nationalpark Bayerischer Wald | Botanik
| Christine Tschisner | inatura - Erlebnis Naturschau GmbH, Dornbirn | Datenmanagement
| Wiebke Walbaum | Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart | Informatik

 

 
!! Weitere Information

! Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken (nach dem Workshop)

* IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
* Port: 5432
* SQL-Server authentification
** User: WORKSHOP
** Password: available on request
 
! Diversity Workbench Entwickler Plattform

* [DWB Support und training materials|http://diversityworkbench.net/Portal/Support]
* [Diversity Workbench Information Models|http://www.diversityworkbench.net/Portal/Information_models]
* [Diversity Workbench Software|http://www.diversityworkbench.net/Portal/Software]
* [DiversityMobile App on Windows Phone Store|http://www.windowsphone.com/de-de/store/app/diversitymobile/54215bc5-8640-40df-917d-ae718b7542f3]
* [Empfehlungen für Software-Entwickler|http://diversityworkbench.net/Portal/Recommendations_for_developers]
* [DWB User Manuals|http://diversityworkbench.net/Portal/DWB_user_manuals] with [DWB Video Tutorials in German|http://diversityworkbench.net/Portal/Diversity_Workbench_Video_Tutorials]

! Diversity Workbench – empfohlen von der DFG und GFBio

[DFG RISources|http://risources.dfg.de] mit [Diversity Workbench – Text DE|http://risources.dfg.de/detail/RI_00170_de.html]

[GFBio recommended research data management|https://www.gfbio.org/data/tools] mit DWB in 10 questions

[GFBio guided research data submission|https://www.gfbio.org/submit] mit DWB

! Dienste des SNSB IT Center in seiner Rolle als GFBio Datenzentrum, GBIF Data Publisher und CETAF Data Provider

* Archivierung and Publikation von Bio- und Geodiversitätsforschungsdaten, siehe [Portfolios der GFBio Data Centers|http://www.gfbio.org/about/data-centers] und [Profile des Data Center SNSB|http://www.gfbio.org/snsb]

* [DWB BioCASe Data pipelines und RDF services|http://www.snsb.info/dwb_biocase.html] with [overview on occurrence datasets published via SNSB|http://www.snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/Wiki.jsp?page=BioCASeWrapperSNSB]

! Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile

* [DWB Netzwerk an den SNSB|http://diversityworkbench.net/Portal/DWB_network_and_installations:_Real_life_examples]

* [MOD-CO Projekt|http://www.mod-co.net/wiki/Main_Page] mit [MOD-CO Schema|http://www.mod-co.net/wiki/Schema_Representations] und [Use Cases für das MOD-CO Schema (im Aufbau)|http://www.mod-co.net/wiki/Implementations]

* [DiversityMobile|http://www.diversitymobile.net/wiki/DiversityMobile_WP] – Smartphone App (WindowsPhone) als Teil einer Forschungsumgebung ([IBF|http://www.diversitymobile.net/wiki/IBF_Project])

* [Flora von Bayern|http://wiki.bayernflora.de]
** aus DWB Daten dynamisch erzeugte [Verbreitungskarten für in Bayern vorkommende Farn- und Blütenpflanzen|http://daten.bayernflora.de/de/info_pflanzen.php]
** [DWB Datenfluss Grafiken|http://wiki.bayernflora.de/web/Datenfluss_─_Flora_von_Bayern] (Version 2015)
** [DiversityMobile im Einsatz|http://wiki.bayernflora.de/web/GPS_genaue_BFL_Ergänzungskartierungen_2017]
** [DWB Tabellen-Editor für TK25 Rasterdaten und Bayernflora-Editor im Einsatz|https://wiki.bayernflora.de/web/DWB_Tabellen-Editor_f%C3%BCr_TK25_Rasterdaten_und_Bayernflora-Editor]
** [DiversityGISeditor im Einsatz|http://wiki.bayernflora.de/web/Raumbezogene_Feldforschung_zum_Vorkommen_von_Pflanzen_im_nördlichen_Ostbayern,_1945_bis_1991]
** [DiversityTaxonNames im Einsatz|http://wiki.bayernflora.de/web/Taxonomische_Referenzliste_der_Gefäßpflanzen_Bayerns]

* [Regionalised and Domain-specific Taxon Lists|http://services.snsb.info/DTNtaxonlists/rest/v0.1/static/api-doc.html]

! GBOL Data Transfer Applications

* [Lims2Fims|https://github.com/ZFMK/GermanBarcodeofLife/tree/master/Lims2Fims] und [Lims2Fims documentation|https://github.com/ZFMK/GermanBarcodeofLife/wiki/LIMS2FIMS]

* [sync gbol data|https://github.com/ZFMK/GermanBarcodeofLife/tree/master/sync_gbol_data] und [sync gbol data documentation|https://github.com/ZFMK/GermanBarcodeofLife/wiki]
 

! Literatur zum Workshop

[ICEDIG Dokumente| https://icedig.eu/content/deliverables]

 
Dallmeier-Tiessen, S., Khodiyar, V., Murphy, F., Nurnberger, A., Raymond, L. & Whyte, A. 2017. Connecting Data Publication to the Research Workflow: A Preliminary Analysis, International Journal of Digital Curation (IJDC), Vol 12, No 1, 2017, [doi.org/10.2218/ijdc.v12i1.533|https://doi.org/10.2218/ijdc.v12i1.533]

David, J., Garrity, G.M., Greuter, W., Hawksworth, D. L., Jahn, R., Kirk, P. M., McNeill, J., Michel, E., Knapp, S., Patterson, D. J., Tindall, B. J., Todd, J. A., van Tol, J. & Turland, N. J. 2012. Biological nomenclature terms for facilitating communication in the naming of organisms. – ZooKeys 192: 67-72. https://zookeys.pensoft.net/article/2774/; doi: 10.3897/zookeys.192.3347; – [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3349063/]

Diepenbroek, M., Glöckner, F., Grobe, P., Güntsch, A., Huber, R., König-Ries, B., Kostadinov, I., Nieschulze, J., Seeger, B.; Tolksdorf, R., & Triebel, D. 2014. Towards an Integrated Biodiversity and Ecological Research Data Management and Archiving Platform: The German Federation for the Curation of Biological Data (GFBio). – In: Plödereder, E., Grunske, L., Schneider, E. & Ull, D. (eds): Informatik 2014 – Big Data Komplexität meistern. GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) – Proceedings 232: 1711-1724. Köllen Verlag, Bonn.

Gehring, P. 2018. Viele Fronten. Forschungsdatenmanagement als Ermöglichungspolitik. Forschung & Lehre 9/2018: 754-756. – [https://www.forschung-und-lehre.de/viele-fronten-985/]

GBIF News 2018. Adding-sequence-based-identifiers-to-backbone-taxonomy-reveals-dark-taxa-fungi. – [https://www.gbif.org/news/2LrgV5t3ZuGeU2WIymSEuk/adding-sequence-based-identifiers-to-backbone-taxonomy-reveals-dark-taxa-fungi]

Gramelsberger, G. & Müller, M. 2018. Datengetriebene Forschung. Ein Beitrag aus wissenschaftlicher Perspektive. Forschung & Lehre 9/2018: 758-760. – [https://www.wissenschaftsmanagement-online.de/beitrag/datengetriebene-forschung-ein-beitrag-aus-wissenschaftsreflexiver-perspektive-9347]

Hodson, J. et al. 2018. FAIR Data Action Plan. Interim recommendations and actions from the European Commission Expert Group on FAIR data. – [https://doi.org/10.5281/zenodo.1285290]

Hodson, J. et al. 2018. Turning FAIR data into reality. Interim report of the European Commission Expert Group on FAIR data. – [https://doi.org/10.5281/zenodo.1285272]

Mons, B., Neylon, C., Velterop, J., Dumontier, M., Bonino da Silva Santos, L. O. & Wilkinson, M. D. 2017. Cloudy, increasingly FAIR; revisiting the FAIR Data guiding principles for the European Open Science Cloud. Information Services & Use 37(1): 49-56. DOI: 10.3233/ISU-170824, ([download|http://content.iospress.com/download/information-services-and-use/isu824?id=information-services-and-use/isu824])

Rambold, G., Yilmaz, P., Harjes, J., Link, A., Glöckner, F.O. & Triebel, D. 2018. MOD-CO schema – a conceptual schema for processing sample data in meta’omics research (version 1.0). [http://mod-co.net/wiki/MOD-CO_Schema_Reference].

Rambold, G., Yilmaz, P., Harjes, J., Klaster, S., Sanz, V., Link, A., Glöckner, F. O., Triebel, D. 2019. Meta-omics data and collection objects (MOD-CO): A conceptual schema and data model for processing sample data in meta-omics research. – Database, 2019 (Article ID baz002), 1–13. ([https://doi.org/10.1093/database/baz002 doi.org/10.1093/database/baz002]). see https://academic.oup.com/database/article/doi/10.1093/database/baz002/5303972

Roche, D. G., Kruuk, L. E. B., Lanfear, R., & Binning, S. A. 2015. Public Data Archiving in Ecology and Evolution: How Well Are We Doing? – PLoS Biol 13(11): e1002295.

Sansone, S.-A., McQuilton, P., Rocca-Serra, P., Gonzalez-Beltran, A., Izzo, M., Lister, A. & Thurston, M. 2018. FAIRsharing: working with and for the community to describe and link data standards, repositories and policies. BioRxiv. [doi.org/10.1101/245183>|https://doi.org/10.1101/245183] (preprint, not been peer-reviewed)

Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – [doi:10.3897/mycokeys.5.4302|http://www.pensoft.net/journals/mycokeys/article/4302/] [download|http://www.pensoft.net/J_FILES/19/articles/4302/4302-G-3-layout.pdf]

Triebel, D., Reichert, W., Bosert, S., Feulner, M., Osieko Okach, D., Slimani, A. & Rambold, G. 2018. A generic workflow for effective sampling of environmental vouchers with UUID assignment and image processing. – Database, 2018 (Article ID bax096), 1–10; see [doi/10.1093/database/bax096/4797113|https://academic.oup.com/database/article-abstract/doi/10.1093/database/bax096/4797113]

White, E. P., Baldridge, E., Brym, Z. T., Locey, K. J., McGlinn, D. J., Supp, S. R. 2013. Nine simple ways to make it easier to (re)use your data. – Ideas Ecol. Evol. 6(2): 1-10. doi:10.4033/iee.2013.6b.6.f. [download|https://www.researchgate.net/publication/270061735_Nine_simple_ways_to_make_it_easier_to_reuse_your_data].

Wilkinson, M. D. et al. 2016. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. – Sci. Data 3:160018 doi: 10.1038/sdata.2016.18. – ([https://www.nature.com/articles/sdata201618]). [download|https://www.nature.com/articles/sdata201618.pdf]