35. Diversity Workbench Workshop am IT-Zentrum der SNSB
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Thema: DWB Werkzeuge zur Datentransformation und Datenpublikation
Der Workshop richtet sich in erster Linie an DWB Datenbank-Administratoren und Fachdatenkuratoren größerer Datenrepositorien und Forschergruppen, die die vorgestellten Tools bereits einsetzen oder in Zukunft einsetzen wollen.
Im Workshop werden Szenarien mit Bezug zu GFBio und Bayernflora Datenportal BIB adressiert.
An der Organisation und Durchführung des Workshops beteiligtes Team
- Dagmar Triebel, Wolfgang Diewald, Anton Link, Wolfgang Reichert, Marcel Ruff, Stefan Seifert, Tanja Weibulat, Markus Weiss
Organisatorisches#
- Ansprechpartner (Anreise etc.): T. Weibulat (GFBio e.V.)
- Ort: Botanische Staatssammlung München, Menzinger Str. 67, 1. Stock, Zi 138
- Anreise
- vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 17 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das Tram- und Metrobusnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
- vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 20 min): Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Details zeigt das Tram- und Metrobusnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
- vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes
- Zeit: 18.09.2018, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.00 Uhr
- Mittagspause: ca. 12.30 Uhr bis 13.30 Uhr
- Kaffeepause: ca. 15.00 Uhr bis 15.30 Uhr
- Hardware: wird nicht benötigt, außer eine Installation der DWB-Clients direkt durch uns wird gewünscht (dann: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert))
(um einen Unkostenbeitrag von € 15 wird gebeten)
Arbeitsprogramm#
Thema ist das Arbeiten mit DWB Werkzeugen zur Datentransformation und Datenpublikation. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten.
- 10.00 Uhr Diversity Workbench – Allgemeine Einführung
(D. Triebel)
- 10.30 Einführung in die Diversity Workbench Rich Clients und Konzepte des Datenmanagements (M. Weiss); (Video 1: DWB Datenbearbeitung – Verknüpfung von Modulen; Video 2: DWB Datenbearbeitung – Webservices)
- 11.00 Uhr Kuration von (Meta-)Daten mit DiversityProjects (z.B. in Desktop-Installation bei Forschern) mit Upload als CSV im GFBio Submission Portal für die Archivierung in GFBio Data Centers (W. Reichert, T. Weibulat)
- 11.30 Uhr DWB BioCASe Datenpipeline für Biodiversitäts- und Sammlungsdaten aus DiversityCollection nach GFBio (Suchportal und VAT Tool) (T. Weibulat, M. Weiss); (Video: Übersicht DWB Cachedatenbanken zur Datenpublikation)
- 12.30 Uhr Mittagspause
- 13.30 Uhr GIS-gestützte Optimierung und Transformation von Bayernflora-Daten zur Datenpublikation aus DiversityCollection im BIB Portal (M. Ruff, M. Weiss)
- 14.15 Uhr DWB DiversityDescriptions Datenpipeline nach GFBio (unter Einbeziehung von Metadaten aus DiversityProjects) (A. Link, T. Weibulat)
- 15.00 Uhr Kaffeepause
- 15.30 Uhr Prozessierung von DWB Daten für CETAF Identifiers REST Service an den SNSB (S. Seifert, D. Triebel)
- 16.00 Uhr Transformation von ''__DiversityTaxonNames__'' Checklisten zur Publikation via DTN REST Web Services, GFBio Terminologie-Server und GBIF (S. Seifert, T. Weibulat)
- 16.20 Uhr Publikation der Bayerischen TaxRef Liste mit Export als Excel file (W. Diewald, M. Ruff)
- 16.40 Uhr Diskussion
- 17.00 Uhr Ende
| Teilnehmer | Institut | Fachgebiet |
|---|---|---|
| Melanie Kaliwoda | Mineralogische Staatssammlung München | Mineralogie |
| Birgit Klasen | Zoologisches Forschungsmuseum Alexander König Bonn | Zoologie |
| Iris Leininger | Botanische Staatssammlung München, SNSB IT Center | Biogeographie |
| Carlos Monje | Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart | Zoologie |
| Björn Quast | Zoologisches Forschungsmuseum Alexander König Bonn | Zoologie |
| Florian Raub | Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe | Zoologie |
| Aliaksandra Rost | Mineralogische Staatssammlung München | Mineralogie |
| Jörg Spelda | Zoologische Staatssammlung München | Zoologie |
| Alexander Steckel | SUB Göttingen | GFBio Öffentlichkeitsarbeit |
Diversity Workbench Entwickler Plattform#
- Training materials
- Diversity Workbench Information Models
- Diversity Workbench Software
- DiversityMobile App on Windows Phone Store
- Empfehlungen für Software-Entwickler
- DWB User Manuals with DWB Video Tutorials in German
Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken#
- IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
- Port: 5432
- SQL-Server authentification
- User: WORKSHOP
- Password: available on request
Diversity Workbench – empfohlen von DFG und GFBio#
DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE
GFBio recommended research data management mit DWB in 10 questions
GFBio guided research data submission mit DWB
Dienste des SNSB IT Center in seiner Rolle als GFBio Datenzentrum, GBIF Data Publisher und CETAF Data Provider#
- Archivierung and Publikation von Bio- und Geodiversitätsforschungsdaten, siehe Portfolios der GFBio Data Centers und Profile des Data Center SNSB
Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile#
- DiversityMobile – Smartphone App (WindowsPhone) als Teil einer Forschungsumgebung (IBF)
- Flora von Bayern
- aus DWB Daten dynamisch erzeugte Verbreitungskarten für in Bayern vorkommende Farn- und Blütenpflanzen
- DWB Datenfluss Grafiken (Version 2015)
- DiversityMobile im Einsatz
- DiversityGISeditor im Einsatz
- DiversityTaxonNames im Einsatz
- aus DWB Daten dynamisch erzeugte Verbreitungskarten für in Bayern vorkommende Farn- und Blütenpflanzen
GBOL Data Transfer Applications#
Literatur zum Workshop#
Dallmeier-Tiessen, S., Khodiyar, V., Murphy, F., Nurnberger, A., Raymond, L. & Whyte, A. 2017. Connecting Data Publication to the Research Workflow: A Preliminary Analysis, International Journal of Digital Curation (IJDC), Vol 12, No 1, 2017, doi.org/10.2218/ijdc.v12i1.533
David, J., Garrity, G.M., Greuter, W., Hawksworth, D. L., Jahn, R., Kirk, P. M., McNeill, J., Michel, E., Knapp, S., Patterson, D. J., Tindall, B. J., Todd, J. A., van Tol, J. & Turland, N. J. 2012. Biological nomenclature terms for facilitating communication in the naming of organisms. – ZooKeys 192: 67-72. https://zookeys.pensoft.net/article/2774/; doi: 10.3897/zookeys.192.3347; – https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3349063/
Diepenbroek, M., Glöckner, F., Grobe, P., Güntsch, A., Huber, R., König-Ries, B., Kostadinov, I., Nieschulze, J., Seeger, B.; Tolksdorf, R., & Triebel, D. 2014. Towards an Integrated Biodiversity and Ecological Research Data Management and Archiving Platform: The German Federation for the Curation of Biological Data (GFBio). – In: Plödereder, E., Grunske, L., Schneider, E. & Ull, D. (eds): Informatik 2014 – Big Data Komplexität meistern. GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) – Proceedings 232: 1711-1724. Köllen Verlag, Bonn.
Gehring, P. 2018. Viele Fronten. Forschungsdatenmanagement als Ermöglichungspolitik. Forschung & Lehre 9/2018: 754-756. – https://www.forschung-und-lehre.de/viele-fronten-985/
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Gramelsberger, G. & Müller, M. 2018. Datengetriebene Forschung. Ein Beitrag aus wissenschaftlicher Perspektive. Forschung & Lehre 9/2018: 758-760. – https://www.wissenschaftsmanagement-online.de/beitrag/datengetriebene-forschung-ein-beitrag-aus-wissenschaftsreflexiver-perspektive-9347
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Hodson, J. et al. 2018. Turning FAIR data into reality. Interim report of the European Commission Expert Group on FAIR data. – https://doi.org/10.5281/zenodo.1285272
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