31. Diversity Workbench Workshop am IT-Zentrum der SNSB
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Thema: Allgemeine Einführung in die Diversity Workbench Datenbank-Suite (=DWB); Schwerpunkt: Interoperabilität und Datenaustausch. (Die DWB-Datenbank "DiversityDescriptions" wird am 16. März 2017 am Staatlichen Museum für Naturkunde Stuttgart im 32. DWB Workshop vorgestellt.)
An der Organisation und Durchführung des Workshops beteiligtes Team: D. Triebel, A. Link, W. Reichert, T. Weibulat, M. Weiss
Organisatorisches #
- Ansprechpartner (Anreise etc.): T. Weibulat.
- Ort: Botanische Staatssammlung München, Menzinger Str. 67, 1. Stock, Zi 138
- Anreise
- vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 17 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das Innenraumnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
- vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 20 min): Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Details zeigt das Innenraumnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
- vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes
- Zeit: 10.02.2017, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.00 Uhr
- Mittagspause: ca. 12.30 Uhr bis 13.15 Uhr
- Kaffeepause: ca. 15.00 Uhr bis 15.15 Uhr
- Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert)
(um einen Unkostenbeitrag von € 15 wird gebeten)
Arbeitsprogramm#
Thema ist das Management von Daten im Bereich Sammlungsverwaltung, Biodiversitätsforschung, Monitoringprojekten und Georeferenzierung. Dabei werden Fragen der Interoperabiliät und des Datenaustauschs behandelt und auf die Service-Typen in den GFBio Portfolios der Forschungsdatenzentren mit DWB-Installationen bezuggenommen. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. Neben dem Arbeiten am Laptop wird auch die Dateneingabe über ein Smartphone mit der "DiversityMobile"-App demonstriert.
- 10.00 Uhr Diversity Workbench – Einführung
(D. Triebel)
- 10.30 Uhr Einführung in und Arbeiten mit "DiversityCollection" (=DC), siehe auch DC manual unter DWB user manuals (M. Weiss)
- 12.00 Uhr Kurze Vorstellung der Möglichkeiten mobiler Datenerfassung mit der DWB, mit Schwerpunkt auf "DiversityMobile" (T. Weibulat)
- 12.30 Uhr Mittagspause
- 13.15 Uhr DiversityCollection: vereinfachtes Datenmanagement und Daten-Pipelines (M. Weiss)
- Arbeiten mit dem neu implementierten DC-Spreadsheet
- Demo von Import- und Export-Möglichkeiten
- DC-Datenfluss bis zur Darstellung von Monitoring-Daten der Flora von Bayern im Bayernflora-Portal
- DC-Datenfluss über BioCASe-Provider-Software bis zu Anbindung von Datenbeständen an GBIF und GFBio
- 14.30 Uhr Arbeiten mit dem "DiversityGISeditor" zur Erzeugung von Geo-Daten (W. Reichert)
- 15.15 Uhr Kaffeepause
- 15.30 Uhr Demo "DiversitySamplingPlots" und "DiversityGazetteers" zum Management und zur Verwendung von Geo-Daten (W. Reichert)
- 15.50 Uhr Arbeiten mit "DiversityProjects" und "DiversityTaxonNames" mit Bezug zu GFBio (M. Weiss)
- 16.50 Uhr Demo der neuen DWB-Applikation "DiversityImageInspector" (W. Reichert)
- 17.00 Uhr Ende
| Teilnehmer | Institut | Fachgebiet |
|---|---|---|
| Tina Astor | Georg-August-Universität Göttingen | GFBio Outreach & Training |
| Alexander Bach | RWTH Aachen University | Zoologie |
| Bastian Brenzinger | Zoologische Staatssammlung München | Zoologie, Mollusca |
| Wolfgang Diewald | Botanische Staatssammlung München und SNSB IT Center | Flora von Bayern |
| Anneke van Heteren | Zoologische Staatssammlung München | Zoologie, Mammalia |
| Jonas Kirch | RWTH Aachen University | Zoologie |
| Klara Krämer | RWTH Aachen University | Zoologie |
| Daniela Kugelmann | Ludwig-Maximilians-Universität München, Anatomische Anstalt | Medizin |
| Gertrud Rößner | Bayerische Staatssammlung für Paläontologie und Geologie | Fossile Säugetiere |
| Marco Schmidt | Senckenberg Biodiversity and Climate Research Centre | Botanik, Data & Modelling |
| Peter Schuchert | Muséum d'histoire naturelle, Genève | Zoologie |
| Axel Unverzagt | Ludwig-Maximilians-Universität München, Anatomische Anstalt | Medizin |
Diversity Workbench Entwickler Plattform#
- Diversity Workbench Information Models
- Diversity Workbench Software
- DiversityMobile App on Windows Phone Store
- Empfehlungen für Software-Entwickler
- DWB User Manuals
Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken#
- IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
- Port: 5432
- SQL-Server authentification
- User: WORKSHOP
- Password: available on request
Diversity Workbench – empfohlen von DFG und GFBio#
DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE
GFBio recommended research data management und GFBio guided research data submission mit Diversity Workbench
Dienste des SNSB IT Center in seiner Rolle als GFBio Datenzentrum#
- Archivierung and Publikation von Bio- und Geodiversitätsforschungsdaten, siehe Portfolios der GFBio Data Centers und Profile des Data Center SNSB
GBOL Data Transfer Applications#
Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile#
- Flora von Bayern – Datenfluss (Version 2015; Seite im Aufbau)
- DiversityMobile – Smartphone App (WindowsPhone) als Teil einer Forschungsumgebung (IBF)
Daten in DiversityCollection online#
- via GBIF Portal, z. B. GBIF Data Publisher SNSB
- via BFL-Datenportal (BIB), BiNHum (prototype), BioCASE Europe, EDIT Portal, GBOL Datenportal, GFBio, INCT/HV, JSTOR-GPI, VH/de
- 48 BioCase-Wrapper Dienste am SNSB IT Center
- 10 Webschnittstellen at the SNSB mit Zugriff auf Daten via DiversityCollectionCache
- andere Web-Schnittstellen, z. B., über GBOL
Daten in DiversityTaxonNames online#
- via REST Webservice zu Regionalisierten und Domän-spezifischen Taxonlisten
- Quellen und Beschreibung unter DTN Taxon Lists Services
- Quellen und Beschreibung unter DTN Taxon Lists Services
- via GBIF Checklist Publikationen (DwC) über den GBIF Data Publisher SNSB
- via Webschnittstellen und SOAP/REST Webdienste mit Zugriff auf DTN Datenbanken:
- via Catalogue of Life/ Annual/Dynamic Checklist Portal: Source database "GSD" LIAS
Daten in DiversityExsiccatae online#
- via IndExs
Literatur zum Workshop#
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Chapman, A. D. 2005. Principles of Data Quality. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 58 pp. download
Chapman, A. D. 2005. Uses of Primary Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 106 pp. download
Chapman, A. D. & Grafton, O. 2008. Guide to Best Practices for Generalising Sensitive Species Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 21 pp. download
Chapman, A. D. & Wieczorek, J. 2006 (eds.). Biogeomancer, Guide to Best Practices in Georeferencing. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 80 pp. download
Frazier, C. K., Wall, J. & Grant, S. 2008. Initiating a Natural History Collection
Digitisation Project, version 1.0. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. –
75 pp. download
Gray, J., Liu, D. T., Nieto-Santisteban, M., Szalay, A. S., DeWitt, D. & Heber, G. 2005. Scientific Data Management in the Coming Decade. – Technical Report MSR-TR-2005-10. – 8 pp. download
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Rambold, G., Elix, J. A., Heindl-Tenhunen, B., Köhler, T., Nash III, T. H., Neubacher, D., Reichert, W., Zedda, L. & Triebel, D. 2014. LIAS light – Towards the ten thousand species milestone. – MycoKeys 8 : 11–16. doi: 10.3897/mycokeys.8.6605 download.
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