__ → [UPCOMING WORKSHOPS|http://www.snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/Wiki.jsp?page=UpcomingWorkshops]__ !! Dreißigster Diversity Workbench Workshop am [IT-Zentrum der SNSB|http://www.snsb.info] Thema: Allgemeine Einführung in die DWB, besonderer Schwerpunkt: Datenmanagement in Barcoding-Projekten. (Zur Einführung in DiversityDescriptions wird ein eigener Workshop vorbereitet). An der Organisation und Durchführung des Workshops beteiligtes Team: [D. Triebel|mailto:triebel@bsm.mwn.de], [K. Bensch|mailto:bensch@bsm.mwn.de], [A. Link|mailto:link@bsm.mwn.de], [W. Reichert|mailto:reichert@bsm.mwn.de], [T. Weibulat|mailto:weibulat@bsm.mwn.de], [M. Weiss|mailto:weiss@bsm.mwn.de] ! Organisatorisches *Ansprechpartner (Anreise etc.): [I. Sebek|mailto:office@bsm.mwn.de], [T. Weibulat|mailto:weibulat@bsm.mwn.de]. __Bitte nicht mehr anmelden, wir können leider keine Teilnehmer mehr aufnehmen.__ *Ort: [Botanische Staatssammlung München|http://www.botanischestaatssammlung.de], Menzinger Str. 67, 1. Stock, Zi 138 *Anreise **vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die [Übersicht des Schnellbahnnetzes |http://www.mvv-muenchen.de/fileadmin/media/Dateien/4_Service/dokumente/downloadbereich/schnellbahn-netzplan2011.pdf]. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 17 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das [Innenraumnetz München|http://www.mvv-muenchen.de/fileadmin/media/Dateien/plaene/pdf/innenraum_Metrobus_27.04.2012.pdf] und die [MVV Fahrplanauskunft|http://www.mvv-muenchen.de/de/startseite/index.html]. **vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 20 min): Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Details zeigt das [Innenraumnetz München|http://www.mvv-muenchen.de/fileadmin/media/Dateien/plaene/pdf/innenraum_Metrobus_27.04.2012.pdf] und die [MVV Fahrplanauskunft|http://www.mvv-muenchen.de/de/startseite/index.html]. * Zeit: __27.10.2016__, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.00 Uhr * Mittagspause: ca. 12.30 Uhr bis 13.15 Uhr * Kaffeepause: ca. 15.00 Uhr bis 15.15 Uhr * Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert) ! Arbeitsprogramm Thema ist das Management von Daten im Bereich Sammlungsverwaltung, Biodiversitätsforschung und Georeferenzierung. Die verschiedenen Typen von Interaktionen der in diesem Kontext zentralen Komponente DiversityCollection (=DC) mit anderen Komponenten der Diversity Workbench (=DWB) werden vorgeführt. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. Neben dem Arbeiten am Laptop wird auch die Dateneingabe über ein Smartphone mit der "DiversityMobile"-App demonstriert. * 10.00 Uhr [Diversity Workbench – Einführung|Attachments/Triebel-DWBWorkshop-30_fin.pdf] (D. Triebel) * 10.30 Uhr Einführung in und Arbeiten mit "DiversityCollection", siehe auch DC manual under [DWB user manuals|http://diversityworkbench.net/Portal/DWB_user_manuals] (M. Weiss) * 12.00 Uhr Kurze Vorstellung der [Möglichkeiten mobiler Datenerfassung mit der DWB|Attachments/Weibulat_MobileDatenerfassung_DWB-Workshop24_Wiki.pdf], mit Schwerpunkt auf "DiversityMobile" (T. Weibulat) * 12.30 Uhr Mittagspause * 13.15 Uhr Daten-Pipelines: DiversityCollection (M. Weiss) **Arbeiten mit DC-Import-Wizard und Demo des DC-Export-Wizards **Demo Datenfluss Geneious, Lims2Fims Data Transfer Application --> DC **Generierung von PostgreSQL bzw. SQL Lite Datenbanken aus DC-Installationen **Datenfluss DC --> BioCASe-Provider-Software * 14.30 Uhr Vorstellung von "DiversityGISeditor" zur Erzeugung von Geo-Daten (W. Reichert) * 15.15 Uhr Kaffeepause * 15.30 Uhr Vorstellung von "DiversitySamplingPlots" und "DiversityGazetteers" zum Management und zur Verwendung von Geo-Daten (W. Reichert) * 16.00 Uhr Kurze Vorstellung "DiversityTaxonNames" mit TaxonReferenzlisten und Vortrag [Organisation regionaler Taxonlisten für Forschungsprojekte: Beispiele aus der DGfM und dem GBOL-Projekt|Attachments/Bensch-DTN-Organisation regionaler Taxonlisten.pdf] (K. Bensch) * 16.20 Uhr Kurze Vorstellung weiterer DWB-Module, z.B. "DiversityProjects", DiversityReferences" und "DiversityScientificTerms" (M. Weiss) * 17.00 Uhr Ende || Teilnehmer || Institut || Fachgebiet | Thomas Burri | Naturhistorisches Museum der Burgergemeinde Bern | Erdwissenschaften | Ulrike Damm | Senckenberg Museum für Naturkunde Görlitz | Mykologie | Ursula Eberhardt | Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart | Mykologie | Andreas Gröger | Botanischer Garten München-Nymphenburg | Botanik | Janno Harjes| Universität Bayreuth | Mykologie | Gisa Heinemann | Georg-August-Universität Göttingen | Zoologie | Simone Heitkämper | Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung Braunschweig | Mykologie | Stefan Hertwig | Naturhistorisches Museum der Burgergemeinde Bern | Zoologie (Wirbeltiere) | Martin Kemler | Universität Bochum | Mykologie | Cornelia Krause | Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart | Mykologie | Sigrid Liede-Schumann | Universität Bayreuth | Botanik | Eike Neubert | Naturhistorisches Museum der Burgergemeinde Bern | Zoologie (Wirbellose) | Martin Nickol | Botanischer Garten der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel | Botanik | Flavius Popa | Nationalpark Schwarzwald | Mykologie und Bodenökologie | Michaela Schwager | Senckenberg Museum für Naturkunde Görlitz | Mykologie | Janine Schyra | Senckenberg Naturhistorische Sammlungen Dresden | Zoologie | Chris Sherry | Naturhistorisches Museum der Burgergemeinde Bern | Informatik | Cäcilia Spitzweg | Senckenberg Naturhistorische Sammlungen Dresden | Zoologie | Andreas Weck-Heimann | Senckenberg Naturhistorische Sammlungen Dresden | Zoologie | Carsten Wortmann | Georg-August-Universität Göttingen | Zoologie ! Diversity Workbench Entwickler Plattform * [Diversity Workbench Information Models|http://www.diversityworkbench.net/Portal/Information_models] * [Diversity Workbench Software|http://www.diversityworkbench.net/Portal/Software] * [DiversityMobile App on Windows Phone Store|http://www.windowsphone.com/de-de/store/app/diversitymobile/54215bc5-8640-40df-917d-ae718b7542f3] * [Empfehlungen für Software-Entwickler|http://diversityworkbench.net/Portal/Recommendations_for_developers] * [DWB User Manuals|http://diversityworkbench.net/Portal/DWB_user_manuals] !Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken *IP-Adresse: training.diversityworkbench.de *Port: 5432 *SQL-Server authentification **User: WORKSHOP **Password: available on request ! GBOL Data Transfer Applications * [Lims2Fims|https://github.com/ZFMK/GermanBarcodeofLife/tree/master/Lims2Fims] and [Lims2Fims documentation|https://github.com/ZFMK/GermanBarcodeofLife/wiki/LIMS2FIMS] * [sync gbol data|https://github.com/ZFMK/GermanBarcodeofLife/tree/master/sync_gbol_data] and [sync gbol data documentation|https://github.com/ZFMK/GermanBarcodeofLife/wiki] ! Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile * [DWB Netzwerk an den SNSB|http://diversityworkbench.net/Portal/DWB_network_and_installations:_Real_life_examples] * [Flora von Bayern – Datenfluss|http://wiki.bayernflora.de/web/Datenfluss_%E2%94%80_Flora_von_Bayern] (Version 2015; Seite im Aufbau) * [DiversityMobile|http://www.diversitymobile.net/wiki/DiversityMobile_WP] – Smartphone App (WindowsPhone) als Teil einer Forschungsumgebung ([IBF|http://www.diversitymobile.net/wiki/IBF_Project]) ! Daten in DiversityCollection online * via GBIF Portal, z. B. [GBIF Data Publisher SNSB|http://www.gbif.org/publisher/0674aea0-a7e1-11d8-9534-b8a03c50a862] * via [BFL-Datenportal (BIB)|http://daten.bayernflora.de/de/checklist_pflanzen.php], [BiNHum (prototype)|http://www.binhum.net/], [BioCASE Europe|http://search.biocase.org/europe], [EDIT Portal|http://search.biocase.org/edit/index], [GBOL Datenportal|https://www.bolgermany.de/], [GFBio|http://gfbio.org], [INCT/HV|http://inct.florabrasil.net/], [JSTOR-GPI|http://plants.jstor.org/], [VH/de|http://vh.gbif.de/vh/index] * 44 [BioCase-Wrapper Dienste|http://www.snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/Wiki.jsp?page=BioCASeWrapperSNSB] am SNSB IT-Zentrum (4 under development) * 10 [Webschnittstellen at the SNSB|http://www.snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/Wiki.jsp?page=DC_Webschnittstellen] mit Zugriff auf Daten via DiversityCollectionCache * other interfaces, e.g., via GBOL ! Daten in DiversityTaxonNames online * via [REST Webservice zu Regionalisierten und Domän-spezifischen Taxonlisten|http://services.snsb.info/DTNtaxonlists/rest/v0.1/static/api-doc.html] ** Quellen und Beschreibung unter [DTN Taxon Lists Services|http://www.diversitymobile.net/wiki/DTN_Taxon_Lists_Services] * via GBIF Checklist Publikationen (DwC) über den [GBIF Data Publisher SNSB|http://www.gbif.org/publisher/0674aea0-a7e1-11d8-9534-b8a03c50a862] * via Webschnittstellen und SOAP/REST Webdienste mit Zugriff auf DTN Datenbanken: ** [LIAS names|http://liasnames.lias.net/] ** [Melastomataceae.Net|http://www.melastomataceae.net/MELnames/] * via [Catalogue of Life/ Annual/Dynamic Checklist Portal|http://www.catalogueoflife.org/]: Source database "GSD" [LIAS|http://www.catalogueoflife.org/col/details/database/id/79] ! Daten in DiversityExsiccatae online *via [IndExs|http://indexs.botanischestaatssammlung.de/] ! Diversity Workbench – DFG and GFBio recommended [DFG RISources|http://risources.dfg.de] mit [Diversity Workbench – Text DE|http://risources.dfg.de/detail/RI_00170_de.html] [GFBio recommended research data management|http://www.gfbio.org/tools-workbenches] and [GFBio guided research data submission|http://www.gfbio.org/submit ] with Diversity Workbench !Services of the SNSB IT Center in its role as GFBio data center *Archiving and publication of bio- and geodiversity research data, see [Profile and Portfolio of Data Center SNSB|http://www.gfbio.org/snsb] ! Literatur zum Workshop Chapman, A. D. 2005. Principles and Methods of Data Cleaning – Primary Species and Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 72 pp. [download|http://www.gbif.org/orc/?doc_id=1262&l=en] Chapman, A. D. 2005. Principles of Data Quality. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 58 pp. [download|http://www.gbif.org/orc/?doc_id=1229&l=en] Chapman, A. D. 2005. Uses of Primary Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 106 pp. [download|http://www.gbif.org/orc/?doc_id=1300&l=en] Chapman, A. D. & Grafton, O. 2008. Guide to Best Practices for Generalising Sensitive Species Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 21 pp. [download|http://www.gbif.org/orc/?doc_id=1233] Chapman, A. D. & Wieczorek, J. 2006 (eds.). Biogeomancer, Guide to Best Practices in Georeferencing. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 80 pp. [download|http://www.gbif.org/orc/?doc_id=1288&l=en] Frazier, C. K., Wall, J. & Grant, S. 2008. Initiating a Natural History Collection Digitisation Project, version 1.0. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 75 pp. [download|http://www.gbif.org/orc/?doc_id=2176] Gray, J., Liu, D. T., Nieto-Santisteban, M., Szalay, A. S., DeWitt, D. & Heber, G. 2005. Scientific Data Management in the Coming Decade. – Technical Report MSR-TR-2005-10. – 8 pp. [download|http://arxiv.org/ftp/cs/papers/0502/0502008.pdf] Hagedorn, G. 2008/2007. Structuring descriptive data of organisms – Requirement analysis and information models. – Dissertation, Universität Bayreuth. – 1–417. [download|http://opus.ub.uni-bayreuth.de/volltexte/2010/727/pdf/Dissertation_Hagedorn_2007.pdf] Jablonski, S., Kehl, A., Neubacher, D., Poschlod, P., Rambold, G., Schneider, T., Triebel, D., Volz, B. & Weiss, M. 2009. DiversityMobile – Mobile data retrieval platform for biodiversity research projects. – In Fischer, S., Maehle, E. & Reischuk, R. (eds.), Informatik 2009 – Im Focus das Leben. Beiträge der 39. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e. V. (GI). GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) - Proceedings 154: 27, 610–624. [download|http://www.diversitymobile.net/wiki/images/3/30/GI2009_jablonski_et-al.pdf] Rambold, G., Elix, J. A., Heindl-Tenhunen, B., Köhler, T., Nash III, T. H., Neubacher, D., Reichert, W., Zedda, L. & Triebel, D. 2014. LIAS light – Towards the ten thousand species milestone. – MycoKeys 8 : 11–16. [doi: 10.3897/mycokeys.8.6605|http://www.pensoft.net/journals/mycokeys/article/6605/lias-light-%E2%80%93-towards-the-ten-thousand-species-milestone] [download|http://www.pensoft.net/J_FILES/19/articles/6605/6605-G-3-layout.pdf]. Tegelberg, R., Mononen, T. & Saarenmaa, H. 2014. High-performance digitization of natural history collections: Automated imaging lines for herbarium and insect specimens. – Taxon 63(6): 1307–1313. – [http://dx.doi.org/10.12705/636.13] Tewksbury, J. et al. 2014. Natural History’s Place in Science and Society. - BioScience, biu032. [download|http://www.snsb.info/SNSBwiki/attach/Attachments/Tewksbury-et-al-BioScience-2014.pdf] Triebel, D. 2009. Pilzherbarien – Neue Aufgaben im Bereich Biodiversitätsinformatik und Datenmanagement. – In Anonymous (ed.), Rundgespräche der Kommission für Ökologie, herausgegeben von der Bayerischen Akademie der Wissenschaften, Band 37: Ökologische Rolle von Pilzen. – 131–145. München. [download|http://www.diversitymobile.net/wiki/media/Triebel_2009.pdf] Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – [doi:10.3897/mycokeys.5.4302|http://www.pensoft.net/journals/mycokeys/article/4302/] [download|http://www.pensoft.net/J_FILES/19/articles/4302/4302-G-3-layout.pdf] Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56. Triebel, D., Weibulat, T. & Bensch, K. 2014. Sammlungsschätze online – Schritte zur Virtuellen Naturhistorischen Sammlung. – Natur im Museum. – Mitteilungen der Fachgruppe Naturwissenschaftliche Museen im Deutschen Museumsbund 4: 31–35. [download|http://www.snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/attach/Attachments/Triebel-Weibulat-Bensch-2014.pdf]. Walls, R. L. et al. 2014. Semantics in Support of Biodiversity Knowledge Discovery: An Introduction to the Biological Collections Ontology and Related Ontologies – PLOS ONE 9(3): 1–13. [download|http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3940615/pdf/pone.0089606.pdf] Wieczorek, J., Guo, Q. & Hijmans, R. J. 2004. The point-radius method for georeferencing locality descriptions and calculating associated uncertainty. Int. J. Geographical Information Science 18(8): 747–767 [download|http://www.snsb.info/SNSBwiki/attach/Attachments/Wieczorek%20%20et%20al.%202004.pdf] ! Papers ["Towards a global strategy and action plant for discovery and publishing of natural history collections data"|https://journals.ku.edu/index.php/jbi/issue/view/323/showToc] – 2010 ! Papers on a GBIF-supported ["Data publishing framework for primary biodiversity data"|http://www.biomedcentral.com/bmcbioinformatics/supplements/12/S15] – 2011 ! Papers on ["Mass digitization of natural history collections"|http://www.pensoft.net/journals/zookeys/issue/209/] – 2012