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!! Einundzwanzigster Diversity Workbench Workshop am [IT Zentrum der SNSB|http://www.snsb.info] in Kooperation mit DWB-Anwendern und GFBio
Thema: Management von biologischen Forschungsdaten aus drittmittel-geförderten Projekten in Deutschland

Team am SNSB IT-Zentrum: [D. Triebel|mailto:triebel@bsm.mwn.de], [M. Weiss|mailto:weiss@bsm.mwn.de], [D. Neubacher|mailto:neubacher@bsm.mwn.de], [W. Reichert|mailto:reichert@bsm.mwn.de], [T. Weibulat|mailto:weibulat@bsm.mwn.de], [M. Knick|mailto:knick@bsm.mwn.de], [A. Link|mailto:weibulat@bsm.mwn.de], [V. Sanz|mailto:sanz@bsm.mwn.de], [W. Ahlmer|mailto:ahlmer@bsm.mwn.de]

! Organisatorisches 

*Ansprechpartner (Anmeldung, Anreise etc.): [I. Sebek|mailto:office@bsm.mwn.de], [T. Weibulat|mailto:weibulat@bsm.mwn.de]

*Ort: [Botanische Staatssammlung München|http://www.botanischestaatssammlung.de], Menzinger Str. 67, 1. Stock, Zi 138

*Anreise 
**vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die [Übersicht des Schnellbahnnetzes |http://www.mvv-muenchen.de/fileadmin/media/Dateien/4_Service/dokumente/downloadbereich/schnellbahn-netzplan2011.pdf]. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 17 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das [Innenraumnetz München|http://www.mvv-muenchen.de/fileadmin/media/Dateien/plaene/pdf/innenraum_Metrobus_27.04.2012.pdf] und die [MVV Fahrplanauskunft|http://www.mvv-muenchen.de/de/startseite/index.html].
**vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 20 min): Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Details zeigt das [Innenraumnetz München|http://www.mvv-muenchen.de/fileadmin/media/Dateien/plaene/pdf/innenraum_Metrobus_27.04.2012.pdf] und die [MVV Fahrplanauskunft|http://www.mvv-muenchen.de/de/startseite/index.html].

* Zeit: 18.03.2014, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.30 Uhr
* Mittagspause: ca. 12.30 Uhr bis 13.30 Uhr 
* Kaffeepause: ca. 14.45 Uhr bis 15.00 Uhr
* Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert) 

! Arbeitsprogramm

Thema ist das Management von verschiedenen Typen von primären Biodiversitätsforschungsdaten und Vokabularien/ Taxonomien in DWB-Applikationen. Der Einsatz in drittmittel-geförderten Forschungsprojekten in Deutschland wird vorgestellt. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. Neben dem Arbeiten am Laptop/ PC wird auch die Dateneingabe über die Smartphone App "DiversityMobile" demonstriert. Eine Einführung in das System BExIS soll Bereiche zur direkten technischen Kooperation zwischen beiden Arbeitsplattformen identifizieren. 

* 10.00 Uhr [Diversity Workbench – Systemdesign, Datenflüsse und Datenbank-Infrastruktur für DFG und BMBF geförderte Forschungsprojekte|Attachments/Triebel-DWBWorkshop21.pdf] (D. Triebel)
* 10.15 Uhr Einführung in die Diversity Workbench mit 13 Datenbank-Komponenten; Datenbank-Administration; Arbeiten mit DWB-Trainingsdatenbanken (M. Weiss)
* 11.15 Uhr [DiversityDescriptions: DD 3.0|Attachments/Triebel-Link_DD-DWBWorkshop21.pdf] mit Software-Demonstration (D. Triebel, A. Link)
* 11.45 Uhr [DWB in drittmittel-geförderten ökologischen Forschungsprojekten am SMNK|Attachments/Hoefer+Raub_DWB-Workshop21_DWBamSMNK.pdf] (H. Höfer und F. Raub)
* 12.00 Uhr [DWB im BMBF-Verbundprojekt GBOL|Attachments/Grobe_DWB%2BGBOL_Workshop21.pdf] (P. Grobe)
* 12.15 Uhr Kurze Vorstellung der [Möglichkeiten mobiler Datenerfassung|Attachments/Weibulat_MobileDatenerfassung_DWB-Workshop21_Wiki.pdf] mit der DWB, mit Schwerpunkt auf "DiversityMobile"(T. Weibulat)
* 12.30 Uhr Mittagspause mit anschließender Kurzdemo im Botanischen Garten: "DiversityMobile" auf Smartphone und "DiversityCollection" auf Tablet PC (V. Sanz, T. Weibulat)
* 13.30 Uhr Einführung in "DiversityCollection" anhand des DC-Manuals; Arbeiten mit DWB-Trainingsdatenbanken (M. Weiss)
* 14.45 Uhr Kaffeepause
* 15.00 Uhr Vorstellung von "DiversityGISeditor", "DiversitySamplingPlots" und "DiversityGazetteer" (W. Reichert)
* 15.45 Uhr Einführung in den DC-Import-Wizard  und "DiversityTaxonNames" anhand des DTN-Manuals; Erstellung und Pflege von Taxonreferenzlisten; Arbeiten mit DWB-Trainingsdatenbanken (M. Weiss)
* 16.45 Uhr [BExIS++ Forschungsdatenmanagement|Attachments/BEXISpp_DWB_Mar2014_RGerlach.pdf] (R. Gerlach)
* 17.00 Uhr Demo BExIS++
* 17.30 Uhr Ende

|| Teilnehmer || Institut || Fachgebiet
| Roman Gerlach* | Friedrich-Schiller-Universität Jena | Informatik
| Peter Grobe* | Zoologisches Forschungsmuseum Alexander Koenig | Biodiversitätsinformatik
| Hubert Höfer* | Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe | Zoologie
| Florian Raub* | Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe | Zoologie
| Juan Carlos Monje | Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart| Entomologie
| Maren Gleisberg | Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin-Dahlem | Landschaftsökologie, Umwelt- und Wissenschaftskommunikation
| Juliane Steckel | Tropenzentrum – CBL–SeTSAF, Georg-August-Universität Göttingen | Ökologie
| Janine Felden | PANGAEA/MARUM, Universität Bremen | Biologie, Datenmanagement
| Ivaylo Kostadinov | Jacobs University Bremen | Bioinformatik
| Frank Oliver Glöckner | Max-Planck-Institute für Marine Mikrobiologie, Jacobs University Bremen | Mikrobielle Genomik und Bioinformatik
| Finn Viehberg | Universität zu Köln | Paläobiogeographie
| Renate Matzke-Karasz | Ludwig-Maximilians-Universität München | Paläontologie
| Sabrina Klaster | Universität Bayreuth | Molekulare Ökologie
| Astrid Slizewski | Georg-August-Universität Göttingen | Anthropologie
| Sigfrid Ingrisch | Zoologisches Forschungsmuseum Alexander König Bonn | Zoologie
| Torsten Bernauer | Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe | Mykologie
| Birgitta König-Ries | Friedrich-Schiller-Universität Jena | Informatik


Vortragende*

! Diversity Workbench Entwickler Plattform

* [Diversity Workbench Information Models|http://www.diversityworkbench.net/Portal/Information_models]
* [Diversity Workbench Software|http://www.diversityworkbench.net/Portal/Software]
* [DiversityMobile App on Windows Phone Store|http://www.windowsphone.com/de-de/store/app/diversitymobile/54215bc5-8640-40df-917d-ae718b7542f3]

!Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken
*IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
*Port: 5432
*SQL-Server authentification
**User: WORKSHOP
**Password: available on request

! Virtuelle Forschungsumgebung und Diversity Mobile

* [Workflow IBF|http://www.diversitymobile.net/wiki/IBF_Project]

* [DiversityMobile|http://www.diversitymobile.net/wiki/DiversityMobile_WP] on Smartphones with WindowsPhone 

! Daten in DiversityCollection online

* via GBIF Portal [SNSB GBIF Data Publisher|http://data.gbif.org/datasets/provider/158] and GBIF Portal New [SNSB GBIF Data Publisher|http://www.gbif.org/publisher/0674aea0-a7e1-11d8-9534-b8a03c50a862]
* 37 [BioCase-Wrapper Dienste|http://www.snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/Wiki.jsp?page=BioCASeWrapperSNSB] am SNSB IT-Zentrum
* 10 [Webschnittstellen|http://www.snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/Wiki.jsp?page=DC_Webschnittstellen] mit Zugriff auf Daten via DiversityCollectionCache 

! Daten in DiversityTaxonNames online

* via [Catalogue of Life/ Annual/Dynamic Checklist Portal|http://www.catalogueoflife.org/]: Source databases "GSDs" [LIAS|http://www.catalogueoflife.org/col/details/database/id/79] und [MELnet|http://www.catalogueoflife.org/col/details/database/id/102]

* via Webschnittstellen und SOAP/REST Webdienste mit Zugriff auf DTN Datenbanken:
** [LIAS names|http://liasnames.lias.net/]
** [Melastomataceae.Net|http://www.melastomataceae.net/MELnames/] 

! Diversity Workbench – DFG recommended

[DFG RISources|http://risources.dfg.de] mit [Diversity Workbench – Text DE|http://risources.dfg.de/detail/RI_00170_de.html]

! Literatur zum Workshop

Chapman, A. D. 2005. Principles and Methods of Data Cleaning – Primary Species and Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 72 pp. [download|http://www.gbif.org/orc/?doc_id=1262&l=en]

Chapman, A. D. 2005. Principles of Data Quality. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 58 pp. [download|http://www.gbif.org/orc/?doc_id=1229&l=en]

Chapman, A. D. 2005. Uses of Primary Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 106 pp. [download|http://www.gbif.org/orc/?doc_id=1300&l=en]

Chapman, A. D. & Grafton, O. 2008. Guide to Best Practices for Generalising Sensitive Species Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 21 pp. [download|http://www.gbif.org/orc/?doc_id=1233] 

Chapman, A. D. & Wieczorek, J. 2006 (eds.). Biogeomancer, Guide to Best Practices in Georeferencing. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 80 pp. [download|http://www.gbif.org/orc/?doc_id=1288&l=en]

Frazier, C. K., Wall, J. & Grant, S. 2008. Initiating a Natural History Collection
Digitisation Project, version 1.0. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 
75 pp. [download|http://www.gbif.org/orc/?doc_id=2176]

Gray, J., Liu, D. T., Nieto-Santisteban, M., Szalay, A. S., DeWitt, D. & Heber, G. 2005. Scientific Data Management in the Coming Decade. – Technical Report MSR-TR-2005-10. – 8 pp. [download|http://arxiv.org/ftp/cs/papers/0502/0502008.pdf]

Hagedorn, G. 2008/2007. Structuring descriptive data of organisms – Requirement analysis and information models. – Dissertation, Universität Bayreuth. – 1–417. [download|http://opus.ub.uni-bayreuth.de/volltexte/2010/727/pdf/Dissertation_Hagedorn_2007.pdf]

Jablonski, S., Kehl, A., Neubacher, D., Poschlod, P., Rambold, G., Schneider, T., Triebel, D., Volz, B. & Weiss, M. 2009. DiversityMobile – Mobile data retrieval platform for biodiversity research projects. – In Fischer, S., Maehle, E. & Reischuk, R. (eds.), Informatik 2009 – Im Focus das Leben. Beiträge der 39. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e. V. (GI). GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) - Proceedings 154: 27, 610–624. [download|http://www.diversitymobile.net/wiki/images/3/30/GI2009_jablonski_et-al.pdf]

Rambold, G., Elix, J. A., Heindl-Tenhunen, B., Köhler, T., Nash III, T. H., Neubacher, D., Reichert, W., Zedda, L. & Triebel, D. 2014. LIAS light – Towards the ten thousand species milestone. – MycoKeys 8 : 11–16. [doi: 10.3897/mycokeys.8.6605|http://www.pensoft.net/journals/mycokeys/article/6605/lias-light-%E2%80%93-towards-the-ten-thousand-species-milestone] [pdf|http://www.pensoft.net/J_FILES/19/articles/6605/6605-G-3-layout.pdf].

Triebel, D. 2009. Pilzherbarien – Neue Aufgaben im Bereich Biodiversitätsinformatik und Datenmanagement. – In Anonymous (ed.), Rundgespräche der Kommission für Ökologie, herausgegeben von der Bayerischen Akademie der Wissenschaften, Band 37: Ökologische Rolle von Pilzen. – 131–145. München. [download|http://www.diversitymobile.net/wiki/media/Triebel_2009.pdf]

Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – [doi:10.3897/mycokeys.5.4302|http://www.pensoft.net/journals/mycokeys/article/4302/] [pdf|http://www.pensoft.net/J_FILES/19/articles/4302/4302-G-3-layout.pdf]

Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56. 

Triebel, D., Weibulat, T. & Bensch, K. 2014.  Sammlungsschätze online – Schritte zur Virtuellen Naturhistorischen Sammlung. – Natur im Museum. – Mitteilungen der Fachgruppe Naturwissenschaftliche Museen im Deutschen Museumsbund 4: 31–35. [download|http://www.snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/attach/Attachments/Triebel-Weibulat-Bensch-2014.pdf].

Walls, R. L. et al. 2014. Semantics in Support of Biodiversity Knowledge Discovery: An Introduction to the Biological Collections Ontology and Related Ontologies – PLOS ONE 9(3): 1–13. [download|http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3940615/pdf/pone.0089606.pdf]

Wieczorek, J., Guo, Q. & Hijmans, R. J. 2004. The point-radius method for georeferencing locality descriptions and calculating associated uncertainty. Int. J. Geographical Information Science 18(8): 747–767 [download|http://www.snsb.info/SNSBwiki/attach/Attachments/Wieczorek%20%20et%20al.%202004.pdf]

! Papers ["Towards a global strategy and action plant for discovery and publishing of natural history collections data"|https://journals.ku.edu/index.php/jbi/issue/view/323/showToc] – 2010

! Papers on a GBIF-supported ["Data publishing framework for primary biodiversity data"|http://www.biomedcentral.com/bmcbioinformatics/supplements/12/S15] – 2011

! Papers on ["Mass digitization of natural history collections"|http://www.pensoft.net/journals/zookeys/issue/209/] – 2012