Siebzehnter DiversityWorkbench Workshop am IT Zentrum der SNSB
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Team am SNSB IT-Zentrum: D. Triebel, M. Weiss, D. Neubacher, W. Reichert, T. Weibulat, M. Knick, A. Link
Organisatorisches #
- Ansprechpartner (Anreise etc.): I. Sebek, T. Weibulat
- Ort: Botanische Staatssammlung München, Menzinger Str. 67, 1. Stock, Zi 139
- Anreise
- vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 17 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das Innenraumnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
- vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 20 min): Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Details zeigt das Innenraumnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
- vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes
- Zeit: 9. Oktober 2012, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.00 Uhr
- Mittagspause: ca. 13.00 Uhr bis 14.00 Uhr
- Kaffeepause: ca. 15.00 Uhr bis 15.30 Uhr
- Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert)
Arbeitsprogramm#
Thema ist das Management von Daten im Bereich Sammlungsverwaltung, Biodiversitätsforschung und Georeferenzierung. Die verschiedenen Typen von Interaktionen der in diesem Kontext zentralen Komponente DiversityCollection mit anderen Komponenten der Diversity Workbench wie "DiversityGazetteer", "DiversityGisEditor", "DiversitySamplingPlots", "DiversityScientificTerms", "DiversityTaxonNames", "DiversityAgents" und "DiversityReferences" werden vorgeführt. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den genannten Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. Neben dem Arbeiten an PC und Laptop wird auch die Dateneingabe über TabletPC und Smartphone "DiversityMobile" demonstriert.
- 10.00 Uhr Einrichtung der Accounts
- 10.15 Uhr Diversity Workbench – Systemdesign, Datenflüsse, Netzwerke und Dienste
(D. Triebel)
- 10.45 Uhr Einführung in "DiversityCollection" anhand des DiversityCollection Manuals (pdf, chm) und kurze Vorstellung der DW-Module DiversityTaxonNames, DiversityReferences, DiversityAgents und DiversityScientificTerms (M. Weiss)
- 11.15 Uhr Arbeiten mit Diversity Workbench-Trainingsdatenbanken, Diskussion
- 12.00 Uhr Kurze Vorstellung von "DiversityGISeditor" mit DiversityGazetteer (W. Reichert)
- 12.45 Uhr Kurze Vorstellung von "DiversityMobile" (T. Weibulat)
- 13.00 Uhr Mittagspause
- 14.00 Uhr Demo von "DiversityMobile" (Smartphones) und "DiversityCollection" (Tablet PC) im Botanischen Garten (A. Guhr, T. Weibulat)
- 14.30 Uhr Arbeiten mit Diversity Workbench-Trainingsdatenbanken, Diskussion
- 15.00 Uhr Kaffeepause
- 15.30 Uhr Arbeiten mit Diversity Workbench-Trainingsdatenbanken, Diskussion
| Teilnehmer | Institut | Fachgebiet |
|---|---|---|
| Kerstin Hoffmann | Jena Microbial Resource Collection (JMRC) | Mykologie |
| Grit Walther | Jena Microbial Resource Collection (JMRC) | Mykologie |
| Eva-Maria Gerstner | SGN / BiK-F Frankfurt | Biodiversitätsinformatik |
| Adrian Troya | LMU München | Entomologie |
| Hamada Elsayed Ali | Universität Bayreuth | Biogeographische Modellierung, TERRECO-Projekt |
| Christopher Traiser | SMNS Stuttgart | Paläontologie, Paläobotanik, BiNHum-Projekt |
| Markus Moser | BSPG München | Paläontologie, Niedere Wirbeltiere, IDES-Projekt |
| Andrea Schwarz | BSPG München | Paläontologie, Fische, IDES-Projekt |
| Oskar Schröder | ZFMK Bonn | Mammalogie |
| Alexander Guhr | Universität Bayreuth | Cecidologie, IBF-Projekt |
| Marianne Ruidisch | Universität Bayreuth | Hydrologische Modellierung, TERRECO-Projekt |
Diversity Workbench Entwickler Plattform#
Zugangsdaten zur DWB Trainingsdatenbank#
- IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
- Port: 5432
- SQL-Server authentification
- User: Training
- Password: available on request
- Restrict to DiversityCollection...
Virtuelle Forschungsumgebung und Diversity Mobile#
- DiversityMobile on Smartphones with WindowsPhone
Daten in DiversityCollection online#
- via GBIF Portal SNSB GBIF Data Publisher
- 27 BioCase-Wrapper Dienste am SNSB IT-Zentrum
- 10 Webschnittstellen mit Zugriff auf Daten via DiversityCollectionCache
Daten in DiversityTaxonNames online#
- via Catalogue of Life/ Annual/Dynamic Checklist Portal: Source databases "GSDs" LIAS und MELnet
- 2 Webschnittstellen und SOAP webservices mit Zugriff auf DTN Datenbanken:
Literatur zum Workshop#
Chapman, A. D. 2005. Principles and Methods of Data Cleaning – Primary Species and Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 72 pp. download
Chapman, A. D. 2005. Principles of Data Quality. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 58 pp. download
Chapman, A. D. 2005. Uses of Primary Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 106 pp. download
Chapman, A.D. & Grafton, O. 2008. Guide to Best Practices for Generalising Sensitive Species Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 21 pp. download
Chapman, A. D. & Wieczorek, J. 2006 (eds.). Biogeomancer, Guide to Best Practices in Georeferencing. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 80 pp. download
Frazier, C. K., Wall, J. & Grant, S. 2008. Initiating a Natural History Collection
Digitisation Project, version 1.0. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. –
75 pp. download
Gray, J., Liu, D. T., Nieto-Santisteban, M., Szalay, A. S., DeWitt, D. & Heber, G. 2005. Scientific Data Management in the Coming Decade. – Technical Report MSR-TR-2005-10. – 8 pp. download
Jablonski, S., Kehl, A., Neubacher, D., Poschlod, P., Rambold, G., Schneider, T., Triebel, D., Volz, B. & Weiss, M. 2009. DiversityMobile – Mobile data retrieval platform for biodiversity research projects. – In Fischer, S., Maehle, E. & Reischuk, R. (eds.), Informatik 2009 – Im Focus das Leben. Beiträge der 39. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e. V. (GI). GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) - Proceedings 154: 27, 610–624. download
Triebel, D. 2009. Pilzherbarien – Neue Aufgaben im Bereich Biodiversitätsinformatik und Datenmanagement. – In Anonymous (ed.), Rundgespräche der Kommission für Ökologie, herausgegeben von der Bayerischen Akademie der Wissenschaften, Band 37: Ökologische Rolle von Pilzen. – 131–145. München. download
Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56.
Wieczorek, J., Guo, Q. & HiJmans, R. J. 2004. The point-radius method for georeferencing locality descriptions and calculating associated uncertainty. Int. J. Geographical Information Science 18(8): 747–767 download