Dreizehnter DiversityWorkbench Workshop am IT Zentrum der SNSB
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Organisatorisches #
- Ansprechpartner: D. Triebel, M. Weiss, I. Sebek, T. Weibulat
- Ort: Botanische Staatssammlung München, Menzinger Str. 67, 1. Stock, Zi 121a (= LMU-CIP-Raum), Tel. dort 089/17861 178
- Anreise
- vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 90 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1 oder S 8) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Die Haltestellen bis Hauptbahnhof zeigt die Fahrplanübersicht Schnellbahn. Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg.
- vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 20 min): Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg Fahrplan Trambahn.
- vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 90 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1 oder S 8) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Die Haltestellen bis Hauptbahnhof zeigt die Fahrplanübersicht Schnellbahn
- Zeit: 8. Juni 2011, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.00 Uhr
- Mittagspause: ca. 12.30 Uhr bis 13.30 Uhr
- Kaffeepause: ca. 15.00 Uhr bis 15.30 Uhr
- Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert) oder einer der 6 PCs des CIP-Raumes
Arbeitsprogramm#
Thema ist das Datenmanagement von objektbezogenen Daten (inkl. DNA-Proben und Sequenzdaten)im Bereich Biodiversitätsforschung an universitären AGs im Vergleich zum Datenmanagement an institutionellen Forschungssammlungen. Die verschiedenen Typen von Interaktionen der in diesem Kontext zentralen Komponente DiversityCollection mit anderen Komponenten der Diversity Workbench wie "DiversityGisEditor", "DiversitySamplingPlots", "DiversityScientificTerms", "DiversityTaxonNames", "DiversityAgents", "DiversityReferences" und "DiversityMobile" werden vorgeführt. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den genannten Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. Neben dem Arbeiten an PC und Laptop wird auch die Dateneingabe über TabletPC und Smartphone "DiversityMobile" vorgeführt.
- 10.00 Uhr Einrichtung der Accounts
- 10.15 Uhr Diversity Workbench und DiversityCollection
(D. Triebel)
- 10.45 Uhr Einführung in "DiversityCollection" anhand des DiversityCollection Manuals und kurze Vorstellung der DW-Module DiversityTaxonNames, DiversityReferences, DiversityAgents und DiversityScientificTerms (M. Weiss)
- 11.15 Uhr Arbeiten mit Diversity Workbench-Trainingsdatenbanken, Diskussion
- 12.00 Uhr Kurze Vorstellung von "DiversityGisEditor" und "DiversitySamplingPlots"(W. Reichert)
- 12.30 Mittagspause
- 13.30 Uhr Kurze Vorstellung von "DiversityMobile" (M. Weiss)
- 15.00 Uhr Kaffeepause
- 15.30 Uhr Arbeiten mit Diversity Workbench-Trainingsdatenbanken, Diskussion
| Teilnehmer | Institut | Fachgebiet | Rechner |
|---|---|---|---|
| Christoph Oberprieler | Universität Regensburg | molekulare Phylogenie, Botanik | CIP |
| Alfons Weig | Universität Bayreuth | molekulare Ökologie | LT |
| Thomas Köhler | Universität Bayreuth | Ökoinformatik | CIP |
| Gabriele Dröge | BGBM Berlin | Biodiversitätsinformatik, Botanik | LT |
| Anita Roth-Nebelsick | SMNS Stuttgart | Paläobotanik | CIP |
| Fernanda Antunes Carvalho | LMU München | Botanik | CIP |
| Angela Jandl | SMNS Stuttgart | Informatik | LT |
| Anna Lyssenko | BSM München | Biologie | CIP |
Infos zu DiversityCollection online#
- DiversityCollection Information Model
- DiversityCollection Client and Database Downloads
- Daten online via GBIF Portal SNSB GBIF Dataprovider
- 24 BioCase-Wrapper Dienste am SNSB IT-Zentrum
- 10 Webschnittstellen mit Zugriff auf Daten via DiversityCollectionCache
Literatur zum Workshop#
Frazier, C. K., Wall, J., Grant, S.. 2008. Initiating a Natural History Collection
Digitisation Project, version 1.0. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. –
75 pp. download
Jablonski, S., Kehl, A., Neubacher, D., Poschlod, P., Rambold, G., Schneider, T., Triebel, D., Volz, B. & Weiss, M. 2009. DiversityMobile – Mobile data retrieval platform for biodiversity research projects. – In Fischer, S., Maehle, E. & Reischuk, R. (eds.), Informatik 2009 – Im Focus das Leben. Beiträge der 39. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e. V. (GI). GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) - Proceedings 154: 27, 610–624. download
Triebel, D. 2009. Pilzherbarien – Neue Aufgaben im Bereich Biodiversitätsinformatik und Datenmanagement. – In Anonymous (ed.), Rundgespräche der Kommission für Ökologie, herausgegeben von der Bayerischen Akademie der Wissenschaften, Band 37: Ökologische Rolle von Pilzen. – 131–145. München. download
Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56.