Thema#
Erschließung/Aufbereitung vorhandener digitaler Objektdaten, Anpassung etablierter Datenbanksysteme und Entwicklung eines Datenportals. Projekt: Biodiversitäts-Netzwerk des Humboldt-Rings BiNHum#
Antragstellerin/Antragsteller #
Gemeinschaftsantrag von
Johanna Eder, Prof. Dr. (Koordination) Sprecherin der Direktorenkonferenz Naturwissenschaftlicher Forschungssammlungen DNFS und Direktorin des Staatlichen Museums für Naturkunde Stuttgart, Rosenstein 1, 70191 Stuttgart. Tel. 0711-8936-112, Fax 0711-8936-100 e-mail johanna.eder@smns-bw.de
Walter Berendsohn, Prof. Dr. Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin-Dahlem, Freie Universität Berlin Königin-Luise-Straße 6-8, D-14195 Berlin. Tel. 030-838-50143, Fax 030-841729-43 e-mail w.berendsohn@bgbm.org
Gerhard Haszprunar, Prof. Dr. Generaldirektor der Staatlichen Naturwissenschaftlichen Sammlungen Bayerns (SNSB) Münchhausenstr. 21 81247 München Tel. 089-8107-104, Fax 089-8107-300 e-mail haszi@zsm.mwn.de
Norbert Lenz, Prof. Dr. Direktor des Staatlichen Museums für Naturkunde Karlsruhe Erbprinzenstraße 13 76133 Karlsruhe Tel. 0721-175-2160, Fax 0721-175-2110 e-mail norbert.lenz@smnk.de
Wolfgang Wägele, Prof. Dr. Am Lehrstuhl für Spezielle Zoologie Universität Bonn und Direktor des Zoologischen Forschungsmuseums Alexander Koenig Adenauerallee 160, 53113 Bonn. Tel. 0228-9122-200, Fax 0228-9122-202 e-mail w.waegele.zfmk@uni-bonn.de
Zusammenfassung #
BiNHum: Beim vorliegenden Antrag handelt es sich um ein Gemeinschaftsprojekt des Humboldt-Ring
s (HUR) vertreten durch die naturhistorischen Forschungssammlungen und Museen in Berlin, Bonn, Karlsruhe, München und Stuttgart. Es soll die IT-Komponente zur objektbezogenen Sammlungsdigitalisierung im Verbund abdecken. Im Einzelnen geht es um die Erschließung und Aufbereitung vorhandener dezentral verteilter digitaler Objektdaten, Prüfung und Anpassung etablierter Datenbanksysteme, Zuarbeiten für die beantragten bzw. geförderten Projekte zur Sammlungsdigitalisierung und Bereitstellung von IT-Lösungen, Anbindung der Informationen an internationale Initiativen wie z.B. GBIF und die Entwicklung eines eigenen Datenportals.
Die Bearbeitung der genannten Themen macht eine Aufgabenteilung erforderlich, die in Form mehrerer Arbeitspakete beantragt werden.
Arbeitspaket 4: SNSB München (Diversity Workbench als Virtuelle Arbeitsumgebung für die Sammlungen des Humboldt-Rings); Leitung Dr. Dagmar Triebel#
Die Diversity Workbench ist eine Plattform von relationalen Datenbanken und darauf zugreifenden Anwenderschnittstellen. Das Konzept der Systemarchitektur wurde in groben Zügen bereits Ende der 90er Jahre erstellt (zu Geschichte und Profil siehe http://www.diversityworkbench.net/Portal/ Diversity_Workbench_Performance. Sämtliche Entwicklungen erfolgen seitdem aufeinander abgestimmt, seit 2006 unter Federführung des SNSB IT-Zentrums in München. Die einzelnen Komponenten basieren dabei auf ER-Modellen und Schnittstellen, die von der Entwicklergruppe in Kooperation mit Informatikern und Biologen verschiedenster Teildisziplinen weiterentwickelt und veröffentlicht werden. Die Datenbanken können einzeln, aber auch als Komponenten einer virtuellen Forschungsumgebung aus derzeit zwölf domänenspezifischen Datenbanken für die meisten Domänen der Biodiversitätsforschung (Evolutionsforschung und Ökologie) agieren (Triebel 2009). Die Diversity Workbench in ihrer derzeitigen Implementierung, d. h. technischen Umsetzung, als .Net-Plattform-basierten Rich Clients (.Net Framework 3.0) und MS SQL-Server Datenbanken vermag durch die vergleichsweise kurzen Entwicklungszeiten rasch auf hinzukommende Anforderungen neuer Forschungs- und Entwicklungsprojekte zu reagieren. Sämtliche Versionen und Quelltexte sind unter http://www.diversityworkbench.net veröffentlicht. Ein Versionskontrollsystem (‚SVN’) zur zentralisierten Code-Verwaltung ist seit drei Jahren im Einsatz. Die Gesamtheit der Datenbankkomponenten besteht derzeit aus etwa 280 Tabellen und 2.400 Elementen. Die technischen Schnittstellen zum Datenmanagement werden laufend erweitert und sind umfassend dokumentiert. Sie umfassen u. a. Datenimport, -export, Datenqualitätskontrolle, Feedback-Mechanismen, komplexe Suchalgorhythmen, Ausbaumöglichkeiten zur Multilingualität, sowie GIS-Funktionen. Die Komponente DiversityCollection überzeugte im Vergleich zu anderen, international eingesetzten Systemen zum Management von Sammlungs- und Beobachtungsdaten durch die Vielzahl ihrer Features und die Geschwindigkeit in der Anpassung der Applikation an speziellen Bedarf. Ein Überblick über aktuell verfügbare Sammlungsmanagement-Systeme befindet sich unter http://www.diversityworkbench.net/Portal/Comparison_of_major_Database_Systems_with_focus_on_Collection_and_Observation_Data. Ausführliche Informationen zum Thema Sammlungsdatenbanken und Konzepte zur Digitalisierung von Sammlungen finden sich in Frazier et al. (2008).
2006 wurde das SNSB IT-Zentrum an der Botanischen Staatssammlung, gegründet. Die Entwicklungs- und Dienstleistungsabteilung selbst besteht seit 1993 und arbeitet seit über 12 Jahren im Bereich der Biodiversitätsinformatik und Prozessierung von Datenbeständen. Die Aktivitäten umfassen (a) die Entwicklung von Internetportalen, (b) die Entwicklung von Datenbank-Anwendungen, (c) die Beteiligung an Entwicklungen zur Anbindung von Datenbeständen an integrierte Forschungsdatennetzwerke und (d) die Etablierung von Datenrepositorien. Die Programmierung anwenderfreundlicher Datenbank-Schnittstellen geschieht hinsichtlich Konzeption und Modellierung sowie Implementierung basierend auf der Diversity Workbench-Entwickler-Plattform (s. o.). Im Rahmen eines parallel beantragten Vorhabens „Integriertes Datenmanagement für die digitale Erschließung zoologischer und paläontologischer Sammlungsbestände (IDES)“ soll u. a. ein verstärkter technischer Ausbau der Diversity Workbench-Umgebung in Richtung Datenmanagement zoologischer und paläontologischer Sammlungsbestände erfolgen. Dieses Vorhaben soll die IT-Infrastruktur am SNSB IT-Zentrum insoweit stärken, dass es bereits im nächsten Jahr in der Lage sein wird, den Aufbau einer nachhaltigen IT-Infrastruktur an den Einrichtungen des Humboldt-Ringes folgendermaßen zu unterstützen:
Grundsupport durch die SNSB:#
Mit Unterstützung durch Mitarbeiter des SNSB IT-Zentrums werden die 5 beteiligten Einrichtungen des Humboldt-Rings die für ihre Bedürfnisse notwendigen Datenbanken und .Net Clients der Diversity Workbench installieren (siehe dazu Graphik zum BiNHum Datenfluss). Hierbei handelt es sich um jeweils 6-7 unabhängige Datenbanken (DiversityCollection: Verwaltung von Sammlungsdaten, DiversityTaxonNames: Verwaltung von Taxonomien, DiversityReferences: Verwaltung von LIteratur, die Komponenten zur Verwaltung von Accounts, Rechten, Datenflüssen und Transaktionen: DiversityAgents und DiversityMaintenance, die Komponenten DiversityGISEditor, DiversityGazetteer, und DiversitySamplingPlots zur Bearbeitung und Darstellung georeferenzierter Daten, und DiversityScientificTerms zur Einbindung von Standardvokabularien und wissenschaftlicher Klassifikationenssysteme) auf ihrem MS SQL-Datenbankserver. Die benötigten Standardvokabularien und Thesauri sowie weitere Dienste werden in Kooperation importiert bzw. als Webservices angebunden. Die weitere Administration sowohl technisch als auch datenkuratorisch wird von Mitarbeitern der fünf Sammlungen selbständig übernommen. Da die Entwicklung am SNSB IT-Zentrum (unter Einbeziehung der Wünsche der Anwender des HUR) fortgesetzt wird, werden regelmäßige Updates von Datenbankstrukturen und der Rich Clients erforderlich. Eine Mitarbeit an den Open-source-Entwicklungen am SNSB IT-Zentrum ist über die dortige SVN möglich. Ein Ausbau der Dokumentation unter http://diversityworkbench.net wird erfolgen, desgleichen eine bessere Dokumentation von Installationsroutinen usw. Workshops sowohl für Anwender als auch für Systemadministratoren werden durchgeführt. Für den Grundsupport wird 1 Stelle eines Informatikers in München benötigt.